//Samuel Gabillard
//Laurent Chatelain

/*programme de modélisation d'un réseau biologique
Utilise un fichier de paramètrage pour constituer l'état initiale d'un réseau metabolique 
au niveau structurel et quantitatif*/
#include<fstream>
#include<iostream>
#include<string>
#include "feedback.h"
#include "reaction.h"
#include "node.h"

using namespace std;
main()
{
/*instanciation des noeuds et reactions*/
node a(1.585);
node b(0);
node c(4.1);
node d(0);
/*feedback nom(source,cible,moduleur,valeurSeuil,type,Km,Vm,V)*/
feedback f1(a,b,c,4.1,true,1.4554,4.245,2);
reaction r1(b,c,1.85,0.474,2.47410);
reaction r2(b,d,0.4114,1.245,1.274);

/*initialisation de la durée de la reaction et du modele utilisé*/
cout<<"0:modele lineaire"<<endl;
cout<<"1:modele michaelis-menten"<<endl;
cout<<"choisissez un modèle réactionnel"<<endl;
cout<<"pour calculer les quantités de produit"<<endl;
cin>>reaction::_model;
cout<<"0:modele boolen"<<endl;
cout<<"1:modele stochastique"<<endl;
cout<<"choisissez un modèle réactionnel"<<endl;
cout<<"pour piloter les reaction de retro-contrôle"<<endl;
cin>>feedback::_model2;
/*lancement de la modelisation*/
cout <<"*****************************initialisation*****************************" <<endl;
cout <<"a:" << a.get_quantite()<<" | b:" << b.get_quantite()<<" | c:" << c.get_quantite()<<" | d:" << d.get_quantite() <<endl;
for(int i=0;i<=20;i++){
cout <<"*****************************tour" << i <<"*****************************" <<endl;
f1.active();
r1.active();
r2.active();

cout <<"a:" << a.get_quantite()<<" | b:" << b.get_quantite()<<" | c:" << c.get_quantite()<<" | d:" << d.get_quantite() <<endl;
			}
cout <<"************************************fin*********************************" <<endl;
cout <<reaction::_model<<" " <<feedback::_model2 <<endl;





   
}