// Ouverture avec une boucle les imlages d'un dossier

//Fonctionnement sans ouverture des images (=TRUE)
//setBatchMode(TRUE);

//Chemin des images
path=getDirectory("Choose a folder");
print(path);
//listing des images présentes dans le dossier
list=getFileList(path);

//Création dossiers pour enregistrer sorties
path_ROI=path+"\ROI\\";
//print(path_ROI);
path_segmented_croped_rectangle=path+"\segmented_croped_rectangle\\";
//print(path_segmented_croped_rectangle);
path_segmented_cropped=path+"\segmented_cropped\\";
//print(path_segmented_cropped);
path_colorchart=path+"\segmented_colorchart\\";
//print(path_segmented_colorchart);
File.makeDirectory(path+"\ROI");
File.makeDirectory(path+"\segmented_croped_rectangle");
File.makeDirectory(path+"\segmented_cropped");
File.makeDirectory(path+"\segmented_colorchart");

//------------------------------------------------------------------------------------
//Etape 1 : Segmentation feuille entiere

//Ouvrir chaque image
for (i=0;i<list.length;i++){
if (endsWith(list[i],".JPG")){
print(list[i]);
open(list[i]);
title = getTitle();
//print(title);

// Rotation photo
run("Rotate... ", "angle=180 grid=1 interpolation=Bilinear");

// Decomposition image en plan Lab, selection plan a*
run("Lab Stack");
run("Stack to Images");
selectWindow("b*");
close();
selectWindow("L*");
close();
selectWindow("a*");


// segmentation des images methode Huang dark
//setOption("BlackBackground", true);
//Binarise l'image
run("Make Binary");
//Apliquer la mise en forme rouge pour selectionner les objets
//run("Threshold...");
setAutoThreshold("Huang dark");
//Selectionner objects et créer ROI
run("Analyze Particles...", "size=80000-Infinity circularity=0.10-1.00 clear include add");

//Fermer l'image de travail
selectWindow("a*");
close();

//Réouverture de l'image
open(list[i]);

// Rotation photo
run("Rotate... ", "angle=180 grid=1 interpolation=Bilinear");

//Enregister ROI 
roiManager("Select", 0);
roiManager("Rename", File.nameWithoutExtension);
roiManager("save selected", path_ROI+File.nameWithoutExtension+".roi")

//Mesures ROI
run("Set Measurements...", "area mean centroid redirect=None decimal=9");
roiManager("multi-measure measure_all append");

//Crop image
roiManager("Select", 0);
run("Crop");
roiManager("Select", 0);
roiManager("Measure");

//Savegarde image crop
selectImage(title);
saveAs("Tiff", path_segmented_cropped+File.nameWithoutExtension+"_cropped.tif");
run("Close");

//Retrait des ROI dans le ROI Manager
roiManager("deselect");
roiManager("Delete");
close("ROI Manager");

//récupérer les coordonnées du poitn central pour tracer un recangle
//x1 = round(getResult("X",0));
//y1 = round(getResult("Y",0));

}
//Fin boucle if

}
//Fin boucle for

saveAs("Results", path+"Results_AllMeasurements.xls");