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hum j'ai l'impression que tu as pris le problème à l'envers ...

cf la doc:

je pense que les 2 sont importants, afin que chaque application sache comment communiquer avec l'autre

en configurant les 2 outils de la manière décrite, normalement un bouton 'envoyer cette région à Galaxy' apparait dans gbrowse (testé sur un serveur Galaxy public: Get Data->Wormbase)

c'est bien...

dans les 2 cas le passage de l'un à l'autre se fera via le format GFF.
Je ne connais pas bien gbrowse, mais il semble y avoir un outil inclus appelé gbgff, qui transforme les données visualisées...

si j'ai bien suivi, tu as Galaxy sur ton serveur?

dans ce cas la configuration que tu cites correspond à l'installation d'un nouvel outil dans Galaxy (cf la) où tu détermines le TOOL_ID et tu...