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Merci Gardyen, j'ai mit le script a tourner, wait and see !
stoyak, je vais essayer d’écrire le script correspondant à l'algo et voir si c'est plus court en terme de temps !

Non il n'y a rien entre la séquence 8 et 14 , mais ce sont les plus petites séquences, la séquence 8 est contenue dans les séquences 1 à 7 et la séquence 14 est contenu dans les séquence 9 à 13 ...

Bonjour,
Non je ne connais pas la similarité entre mes séquences;
J'ai un jeu de données, parmi lequel certaines séquences partagent un morceau de séquence en commun comme l'exemple que j'avais...

Bonjour,
Je ne suis pas sure de bien comprendre, tu suggères de couper le script en deux ? Mais cela serait plus rapide ?
j'ai plus de 2 millions de séquences à analyser

J'ai essayé de supprimer le premier if, mais cela ne me retourne pas le bon résultat, donc je pense qu'il est indispensable ...
Cela me renvoit seulement la séquence n°7 de mon exemple ...

ok comme ceci :

#!/usr/bin/perl
# Input file: a fasta file
# Output file: a unique fasta file
# Command line: perl test.pl infile.fasta

use strict;
use warnings;
use List::MoreUtils...

oui j'avais penser à diviser mon fichier original en plusieurs fichier et faire un script bash pour appliquer ce script à tous ces fichiers temporaires ... Tu penses que cela diminuerai radicalement...

Oui, le "print sort" après la ligne 34 est vraiment très rapide (quelques secondes).
Donc je ne sais pas quoi penser ... comment optimiser car 4 jours sans aucun résultat c'est vraiment long je...

Alors j'ai fait 'htop' :
pour le script que j'ai lancé,
PRI : 20
VIRT 917M
RES : 884M
SHR : 1932
S : R
CPU : 99%
MEM : 11%

Est ce que je ne pourrai pas faire un sort avec une commande bash, creer un fichier trier et ensuite lire ce fichier et faire la suite du programme ? je ne sais pas si le sort unix est plus rapide ...

Non je ne sais pas du tout comment on fait cela ...

oui justement , j'ai mit des print, juste après le hash ( il s'affiche au bout de quelques secondes), et ensuite, avant l'affichage (qui ne s'est toujours pas affiché) depuis 4 jours !
N'y a t'il...

Bonjour,
Je réécris dans ce post car je réutilise ce script, mais cela fait maintenant 4 jours qu'il tourne sur 2196958 séquences, sur un serveur ( disques : 6To brut, mémoire vive : 16Go).
J'aurai...

ah oui effectivement, ce sera surement moins long que ce que j'ai fait !
Merci beaucoup !

j'ai fait comme ceci :

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Carp qw(confess);
use Getopt::Long;
use List::MoreUtils qw(uniq);
use Bio::SeqIO;

Alors j'ai fait quelque choses comme ceci mais qui ne fonctionne pas :

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Carp qw(confess);
use Getopt::Long;
use List::MoreUtils qw(uniq);
use...

Bonjour à tous,
Je suis confrontée à un problème que je n'arrive pas à résoudre.
J'ai un fichier qui ressemble à cela :


>seq1
ACTTTCCACAACGATGGAAGATGATGA
>seq2
ACTTTCCACAACGATGGAAGATGATGAA...