try et tryCatch pour eviter une erreur

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Bnojour,
je reviens vers vous pour un sujet de traitement d'erreurs, j'ai deux variable (x, y) dans une liste z, je veux appliquer une fonction johnsonfit aux deux éléments de la liste z, en cas d'erreur de johnsonfit je veux appliquer une autre méthode(bootstrap) sur le paramètre qui a généré l'erreur sans arrêter l'exécution est-ce que c'est possible avec un tryCatch ou try, ou vous avez une autre méthode pour résoudre ce problème, le code que j'ai testé:

Code:

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for (i in 1:length(z)){ 
   testJohnson <- try(johnsonR(z[[i]], 0.00135)) 
   if(class(testJohnson) != "try-error"){ 
      a= testJohnson$lowup 
      b= testJohnson$median 
      c= testJohnson$highp 
   }else{ 
      prova <- bootstrap(z[i], nboot, theta) 
      a= quantile(prova$thetastar[1,],0.1) 
      b= quantile.central.MADe.BS=quantile(prova$thetastar[2,],0.5) 
      c= quantile.sup.MADe.BS=quantile(prova$thetastar[3,],0.9) 
   } 
}

Code:

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theta<-function(x){quantile(x,c(0.00135,0.5,0.99865))} 
for(i in 1: length(z)){ 
   tryCatch({ 
            johnsonR(z[[i]], 0.00135) 
            a = johnsonR(z[[i]], 0.00135)$lowp 
            b = johnsonR(z[[i]], 0.00135)$median 
            c = johnsonR(z[[i]], 0.00135)$highp 
         } 
         , warning = function(war) { 
 
            # warning handler picks up where error was generated 
            print(paste("MY_WARNING:  ",war)) 
         }, error = function(err) { 
 
            # warning handler picks up where error was generated 
            print(paste("MY_ERROR:  ",err)) 
            prova <- bootstrap(z[i], nboot, theta) 
            a= quantile(prova$thetastar[1,],0.1) 
            b= quantile.central.MADe.BS=quantile(prova$thetastar[2,],0.5) 
            c= quantile.sup.MADe.BS=quantile(prova$thetastar[3,],0.9) 
         }, finally = {     
            print("bonjour") 
         })     
}

merci d'avance
je peux envoyer les deux paramètres et le code de la fonction si nécessaire

Bonjour,

Je ne sais pas avec tryCatch mais avec try, il y a un argument "silent" que vous pouvez régler sur "TRUE" pour ne pas arrêter l'exécution :
Code:

1 2 3 4 # En supposant que l'objet toto n'existe pas toto try(toto) try(toto, silent=TRUE)
Un petit conseil : pour tester la classe d'un objet, utilisez plutôt la fonction inherits. Un objet R peut avoir plusieurs classes, représentées par un vecteur de caractères. Si vous faites un test avec == dans if(), le test va porter seulement sur le premier élément du vecteur. inherits permet de faire le test sur l'ensemble du vecteur de classes :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 # Un data.frame banal test.custom <- data.frame(a=1:2, b=1:2) # Ajout d'une classe supplémentaire class(test.custom) <- c("data.frame", "classe.custom") # Test "classique" if(class(test.custom) == "classe.custom") { print("ma classe custom est trop classe!") } else { print("juste un pauvre data.frame -_-") } # Avec inherits if(inherits(test.custom, "classe.custom")) { print("ma classe custom est trop classe!") } else { print("juste un pauvre data.frame -_-") }
HTH

Vincent

Bonjour vchouraki

merci pour ta réponse et l'utile information(fonction inherits), je pense que j'ai mal exprimé mon problème, en effet j'arrive a tourner le code sans arrêter l’exécution avec la fonction tryCatch ou avec try (try est une version simplifiée de tryCatch),
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 theta<-function(x){quantile(x,c(0.00135,0.5,0.99865))} a= NULL b= NULL c= NULL pa= NULL for(i in 1: length(z)){ tryCatch({ johnsonR(z[[i]], 0.00135) a = c(a, johnsonR(z[[i]], 0.00135)$lowp) b = c(b, johnsonR(z[[i]], 0.00135)$median) c = c(c, johnsonR(z[[i]], 0.00135)$highp) } , warning = function(war) { }, error = function(err) { pa = c(pa, z[[i]]) }, finally = { }) }
mais je veux récupérer le composant z[[i]] qui a causé l'erreur (dans la même boucle ) pour le traiter avec l'autre méthode (bootstrap), pour cela j'ai ajouté dans le cas d'erreur une variable qui récupère les composant qui font objet d'erreur mais ça ne marche pas??
si tu as une idée

amicalement