Indexation et performanance

Bonjour, une petite question,

Dans un un système de gestionnaire d'upload de fichier multi-utilisateur, aux niveaux des performances serveurs ( appache en l’occurrence ), vaut t'il mieux se servir d'un répertoire unique d'upload, ou le scinder en plus petit segments ?

( Y a t'il vraiment une différence ?)

Merci de vos lumières

Note : je pensais par exemple créer un répertoire indexé par niveaux année - mois - jour ( ce qui m'oblige du coup à faire une requete php de parcours, que je n'ai pas à faire si je range dans un seul répertoire )