Integration de R dans perl

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Bonjour,
J'ai intégré quelques fonctions R dans un script perl.
Les fichiers voulus sont bien créés en revanche j'ai un petit problème avec le fichier de sortie R. Dans ce fichier je doit retrouver le résultat des fonctions R et non le script lui même.
Quelqu'un pourrait il m'aider SVP Merci.
Voici le code utilisé

Code:

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#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;
 
my ($sample1,$sample2);
GetOptions(	"sample1:s" => \$sample1,
		"sample2:s" => \$sample2			
);
 
if (!defined $sample1) {
	die "Error : samlpe1 missing\n";
}
if (!defined $sample2) {
	die "Error : samlpe2 missing\n";
}
 
#create R file instructions file
my $routfile = "$sample1\_$sample2.R";
open (ROUT,">$routfile")or die "\nError : $routfile file could not be created: $!\n";
print ROUT qq(
m <- read.table ("$sample1\")
p <- read.table ("$sample2\")
res <- numeric(ncol(m))
for(i in 1:ncol(m))
	res[i] <- var.test(m[,i]  , p[,i])\$p.value  
	res
);
close ROUT;
 
 
#create qsub file
my $qsuboutfile = "$sample1\_$sample2.qsub";
open (QSUB,">$qsuboutfile")or die "\nError : $qsuboutfile file could not be created: $!\n";
print QSUB qq(#!/bin/bash
#\$ -S /bin/bash
#\$ -V
#\$ -m ea
#\$ -o $qsuboutfile.out
#\$ -e $qsuboutfile.err
#\$ -cwd
#\$ -q short.q
#\$ -pe thread 3
 
# command(s):
R CMD BATCH  $routfile
);
close QSUB;

19/03/2012, 14h54
Beniou

Bonjour,

Citation:

Envoyé par karaudrey88

Les fichiers voulus sont bien créés en revanche j'ai un petit problème avec le fichier de sortie R. Dans ce fichier je doit retrouver le résultat des fonctions R et non le script lui même.

C'est un peu flou comme demande : que veux-tu dire ?

Le fichier de sortie de R pour toi est le fichier $routfile (ROUT) ou bien le fichier de sortie après l'exécution de la commande R CMD BATCH ??

Donne un exemple de ce que tu as et de ce que tu souhaites pour comprendre un peu mieux...
19/03/2012, 16h29
karaudrey88

re integration de R dans perl

Les fichiers .R et .qsub sont bien créés mais pas par contre les fichiers .qsub.err et .qsub.out ne sont pas créés. Or moi j'aimerai ce qu'il se créé quand je lance le programme ainsi je n'ai pas besoin de taper la commande qsub file.qsub pour chaque échantillon.
19/03/2012, 16h44
Beniou
Grosso modo, tu veux lancer la commande qsub sur ton fichier à la fin de ton script si je comprends bien. Pour lancer uen commande en PERL et récupérer la sortie (ici ton Job ID), tu peux utiliser les backquotes (`)
Code:

1 2 3 # Launch file on cluster my $job_id = `qsub $qsuboutfile`; print "JOB ID : $job_id\n";
Note : attention les backquotes (`) sont différents des quotes normales (')...
20/03/2012, 09h45
karaudrey88

RE : integration de R dans perl

Merci beaucoup BENJOU
Cela fonctionne très bien
20/03/2012, 14h19
mathgon

qsub, ça sent la grille Sun. Bon courage :P