Discussion :

[Jane Home]

Bonjour,

J'aimerais savoir si quelqu'un sait se servir de RSPerl, un module qui permet d'utiliser R à partir de Perl.
Je bloque rien qu'au niveau de l'installation sur une distribution 10.04.
Il y a énormément de variables d'environnements a reconfigurer et le tutorial n'est pas très clair.

Un grand merci à celui qui pourra m'apporter de l'aide.

[Jane Home]

Bon ça à l'air de parler à personne.
Jvais quand même détaillé un peu ce que j'ai fait.

The RSPerl-interface permet d'appeler des fonctions R dans Perl.
Il est téléchargeable ici.

Pour l'installer, j'ai executé la commande suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 R CMD INSTALL -c -l /home/jp/Bureau/ --configure-args='--with-in-perl' RSPerl_0.92-1.tar.gz

J'ai ensuite configuré les variables d'environnements avec un script qui est fourni dans le dossier RSPerl

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if test -n "${LD_LIBRARY_PATH})" ;  then
 export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/home/jp/Bureau/RSPerl/libs:/usr/lib/R/lib
elsecd ..
 export LD_LIBRARY_PATH=/home/jp/Bureau/RSPerl/libs:/usr/lib/R/lib
fi
 
if test -n "/home/jp/Bureau/RSPerl/perl" ; then
 if test -n "${PERL5LIB}" ; then
   export PERL5LIB=${PERL5LIB}:/home/jp/Bureau/RSPerl/perl
 else
   export PERL5LIB=/home/jp/Bureau/RSPerl/perl
 fi
fi

J'ai fait un essais avec les tests.pl dans le dossier RSPerl/tests/, cela fonctionne.

J'ai voulu réaliser mon propre script, en utilisant un simple test de student mais il semble qu'il manque des dépendances.
Pour ce script :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/perl
 
use warnings;
use R;
use RReferences;
 
&R::initR("--silent");
 
my @tab1 = (1,2,3);
my @tab2 = (5,4,3);
 
my $res = &R::call("t.test", \@tab1, \@tab2);
 
print "resultat : $res\n";

J'ai l'erreur:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Can't locate package RFunctionReference for @RReferences::ISA at test_rsperl.pl line 5.

Pourtant dans les tests.pl, le module RReferences est employé et ne semble pas posé de problèmes. Ce script par exemple fonctionne:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use R;
use RReferences;
use warnings;
 
&R::initR("--silent");
&R::library("RSPerl");
 
$z = &R::call("rnorm",1);
printf "rnorm: $z\n";
 
&R::call("x11");
 
@x=1..3;
&R::call("plot", \@x);
&R::call("plot", (1,2));
sleep(4);

Si quelqu'un a une folle envie de s'y coller avec moi, ce serait cool.
J'ai été surpris de voir qu'il n'y a plus de chose interfacé entre Perl et R.
Voila Bonne journée.

[Beniou]

Bonjour,

Je ne connaissais pas ce module mais il faut dire que je travaille en Perl ou en R mais pas les 2... J'ai donc essayé de tester ce module.

Comme toi, les tests présents dans RSPerl marchent mais ton script non et renvoie le warning que tu as spécifié sans rien avoir dans res.

Ce qui est embêtant c'est qu'en rajoutant le pragma use warnings dans le script de test de RSPerl, le même message apparaît. Il y a donc quelque chose qui ne va pas à l'intérieur du module RReferences.pm.

En essayant d'appeler quelques fonctions simples de R (mean, sum etc.) tout fonctionne avec quand même toujours le même warning. Par contre, je n'ai jamais pu faire fonctionner le test de Student et même réussi à faire apparaître de nombreux messages warnings et d'erreurs dans RReferences.

Donc pour l'instant, je n'ai aucunes pistes. J'essaierai de creuser plus tard.

[Jane Home]

Merci.
J'ai mis deux de mes collègues sur le coup...
Et pareil que toi, le student passe pas...
J'ai vu sur un blog qu'un mec avait réussi a le faire fonctionner
http://www.compbiome.com/2009/10/rsp...thin-perl.html
Si on arrive à trouver, on postera la solution mais on commence a desespérer...
Bonne chance,tiens nous au courant.

[Jane Home]

Bon je sais pas bien pourquoi, mais on a remplacé le RReference.pm par celui téléchargé la:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

http://b-src.cbrc.jp/markup/RSPerl/inst/scripts/RReferences.pm?q=fundef:asString#l66

et ca marche ....

[Beniou]

J'étais arrivé aux mêmes conclusions : à savoir que le module RReferences avait un soucis. En regardant dans le module, j'avais repéré pas mal d'erreurs :
- un cut en trop dans les commentaires ce qui fait que le modules ne se chargeait pas entièrement
- l'utilisation de tie dans un contexte scalaire (classe RHashAccessor en en redéfinissant seulement la méthode FETCH et pas les méthodes TIESCALAR et STORE qui sont obligatoires). En plus, à mon avis il voulait plutôt faire cela dans un contexte de table de hachage en regardant le nom mais bon... passons.

J'ai essayé pas mal de bidouilles mais sans vraiment avoir le résultat...

Dans ton fichier qui date de la version 0.7, il ne passe pas cette classe RHashAccessor et les commentaires sont bien formatés (pas de cut en trop) donc c'est pour cela que ca fonctionne chez toi maintenant.

D'ailleurs, pour ma culture : comment tu récupères le résultat du test depuis ta variable res car chez moi un print ne m'affiche que

<RReferences> 1

Encore une histoire de référence

Enfin, je trouve que sa dernière version est un peu baclée et que, comme je l'ai vu sur certains forums, à la base RSPerl c'était plus pour faire du Perl avec R que l'inverse.

Donc moi je préfères soit faire que l'un ou que l'autre mais pour ce qui est des interactions Per/R je ferai moi même mes scripts R que j'appelerai depuis Perl en utilisant la commande system.

[Beniou]

Juste un complément : as-tu testé les module Statistics::R et/ou Statistics::useR pour communiquer entre Perl et R ?