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  1. #1
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    Par défaut Mise à jour de bioperl 1.5 à 1.6 sous Windows

    Salut,

    Voici une petite explication pour ceux qui sont sous Windows et ont besoin de mettre à jour Bioperl. Beaucoup de personnes utilisent Bioperl version 1.5 sans s'en rendre compte (vieille version). Vous devez passer à la 1.6 pour bénéficier des nouveautés et surtout avoir une adéquation entre les modules et les documentations disponibles sur le CPAN. Voici les démarches à suivre :

    1. Lancer ppm
    2. Supprimer le repository bioperl si vous en aviez un
    3. Desinstaller les modules :
      • - bioperl
      • - bioperl-run
      • - bundle-bioperl-core
      • - Tous les bioperl existant
    4. Rajouter les repositories :

    5. Une fois les repositories ajouter, installer les modules
      • BioPerl (version 1.6.1 du repository BioPerl).
      • Bundle-BioPerl-Core (version 1.6.1 du repository BioPerl).
      • BioPerl-Run (version 1.006000_001.0.0 du repository Bioperl_update), elle match sur le version la plus récente de bioperl.


    Voilà, vous avez maintenant une version de bioperl à jour et fonctionnelle.

    N'hésitez pas à me retourner vos soucis.

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  2. #2
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    Par défaut

    Merci pour cette procédure qui va m'être très utile.

    Faut-il également désinstaller le module Bundle-Bioperl-Run? 'Tous les bioperl existant', signifie bien tous les modules liés à Bioperl?
    -- Jasmine --

    Merci de poser les questions dans le forum, je ne répondrai pas aux MP.

  3. #3
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    Par défaut

    Oui, tous les modules bioperl, même Bundle-Bioperl-Run.

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  4. #4
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    Par défaut

    J'ai bien désinstallé les modules que tu as cités mais j'obtiens l'erreur
    ERROR: File conflict for 'C:/Perl/html/bin/bp_aacomp.html'.
    The package BioPerl has already installed a file that package bioperl
    wants to install.
    [URL=http://img532.imageshack.us/i/ppmo.png/][IMG=http://img532.imageshack.us/img532/5975/ppmo.png][/IMG]


    Pour ce qui est de désinstaller les bibliothèques bioperl, j'avais
    http://bioperl.org/DIST/package.xml

    Quel est le lien avec http://bioperl.org/DIST/? Ce dernier est-il plus général et comprend il tous ses sous-répertoires?

    Merci pour ton aide.
    -- Jasmine --

    Merci de poser les questions dans le forum, je ne répondrai pas aux MP.

  5. #5
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    Par défaut

    c'est le même lien.
    http://bioperl.org/DIST/ pointe vers http://bioperl.org/DIST/package.xml dans ppm.

    Donc tu peux le garder. rajoute celui d'update http://bioperl.org/DIST/RC si tu ne l'as pas. Et ensuite installe les modules bioperl avec les bonnes versions

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  6. #6
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    Par défaut

    Voici une capture d'écran :



    Uploaded with ImageShack.us
    -- Jasmine --

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  7. #7
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    Par défaut

    en effet, bizarre. Dans ce cas, ouvre une console dos et essaye
    Es tu sûr que tu n'as pas un bioperl installé depuis trouchelle ?

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  8. #8
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    Par défaut

    Essaye d'afficher la colonne des repositories :
    Menu View -> View columns -> Repo

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  9. #9
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    Par défaut

    Citation Envoyé par djibril Voir le message
    Essaye d'afficher la colonne des repositories :

    Voici ce que j'obtiens :



    Uploaded with ImageShack.us


    Citation Envoyé par Djibril
    Es tu sûr que tu n'as pas un bioperl installé depuis trouchelle ?
    Comment puis-je le vérifier? Via l'interface Tk, aucun bioperl n'apparait même provenant de Trouchelle.
    -- Jasmine --

    Merci de poser les questions dans le forum, je ne répondrai pas aux MP.

  10. #10
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    Par défaut

    en console essaye et ressaye de l'installer via la console dos avec l'option -f

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  11. #11
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    Par défaut

    Citation Envoyé par djibril Voir le message
    en effet, bizarre. Dans ce cas, ouvre une console dos et essaye
    J'obtiens maintenant l'erreur :
    ppm install failed : Can't save to C:/Perl/html/site/lib/Bio/Align/AlignI.html.ppmbak since it exists
    Ne peut-on pas forcer l'installation et lui dire de remplacer les fichiers existant déjà? Est-ce pour cela le f ?


    Merci,
    -- Jasmine --

    Merci de poser les questions dans le forum, je ne répondrai pas aux MP.

  12. #12
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    Par défaut

    Citation Envoyé par djibril Voir le message
    c'est le même lien.
    http://bioperl.org/DIST/ pointe vers http://bioperl.org/DIST/package.xml dans ppm.

    Donc tu peux le garder. rajoute celui d'update http://bioperl.org/DIST/RC si tu ne l'as pas. Et ensuite installe les modules bioperl avec les bonnes versions
    Vu que j'avais les 3 bibliothèques
    http://bioperl.org/DIST/package.xml
    http://bioperl.org/DIST/
    http://bioperl.org/DIST/RC

    et que les 2 premières sont identiques, j'ai supprimer la première.

    Quand je réouvre l'interface Tk et que je sélectionne BioPerl 1.6.1 du repo BioPerl

    Synchronizing Database ... done
    BioPerl marked for install

    WARNING: Installing AcePerl-1.92 to get Ace:: for Bundle-BioPerl-Core would downgrade Ace::Object from version 1.66 to 1.66

    BioPerl depends on Bundle-BioPerl-Core
    BioPerl depends on Math-Random
    BioPerl depends on SVG-Graph
    BioPerl depends on Bio-ASN1-EntrezGene
    BioPerl depends on Data-Stag
    BioPerl depends on ExtUtils-Manifest
    BioPerl depends on Algorithm-Munkres
    BioPerl depends on GraphViz
    BioPerl depends on HTML-Parser
    BioPerl depends on Spreadsheet-WriteExcel
    BioPerl depends on XML-Writer
    BioPerl depends on Graph
    BioPerl depends on XML-DOM-XPath
    BioPerl depends on AcePerl
    BioPerl depends on Array-Compare
    BioPerl depends on Convert-Binary-C
    BioPerl depends on Set-Scalar
    BioPerl depends on Tree-DAG_Node
    BioPerl depends on Math-Derivative
    BioPerl depends on Statistics-Descriptive
    BioPerl depends on SVG
    BioPerl depends on Math-Spline
    BioPerl depends on bioperl
    BioPerl depends on IPC-Run
    BioPerl depends on OLE-Storage_Lite
    BioPerl depends on XML-DOM
    BioPerl depends on XML-XPathEngine
    BioPerl depends on Cache-Cache
    BioPerl depends on Moose
    BioPerl depends on IO-stringy
    BioPerl depends on XML-RegExp
    BioPerl depends on Error
    BioPerl depends on Test-Exception
    BioPerl depends on Class-MOP
    BioPerl depends on Sub-Exporter
    BioPerl depends on Sub-Name
    BioPerl depends on Data-OptList
    BioPerl depends on Test-Simple
    BioPerl depends on Task-Weaken
    BioPerl depends on Sub-Uplevel
    BioPerl depends on Devel-GlobalDestruction
    BioPerl depends on MRO-Compat
    BioPerl depends on Params-Util
    BioPerl depends on Sub-Install
    BioPerl depends on Scope-Guard
    BioPerl depends on Class-C3
    BioPerl depends on Algorithm-C3
    Installing 48 packages ...
    Downloading BioPerl-1.6.1 ... not found
    Installing 48 packages failed

    ERROR: 404 Not Found

    Comment ne peut-il pas trouver le module qui est pourtant présent dans la liste? http://bioperl.org/DIST/ est-il bien correct?
    -- Jasmine --

    Merci de poser les questions dans le forum, je ne répondrai pas aux MP.

  13. #13
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    Par défaut

    Citation Envoyé par djibril Voir le message
    Que te donnes ?
    J'ai essayé sans l'astérisque et j'obtiens bien 'bioperl : not installed'
    -- Jasmine --

    Merci de poser les questions dans le forum, je ne répondrai pas aux MP.

  14. #14
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    Fait les choses pas à pas.
    - Ouvre ppm
    - désinstalle tout les modules bioperl.
    - supprime les repo bioperl
    - ferme ppm
    - ouvre une console dos
    - essaye de désinstaller bioperl au cas ou.
    - reouvre ppm et réinstalle les repositories bioperl
    - ferme ppm
    - essaye une installation juste de BioPerl en ligne de commande avec l'otpion -f pour forcer l'installation

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  15. #15
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    Par défaut

    Apparemment je ne suis pas la seule à avoir ce genre de problème ... c'est rassurant

    Sat, 16 Jan 2010 19:11:45 -0800

    I was trying to install BioPerl in windows using ppm, by following the
    instruction in
    "http://bioperl.open-bio.org/wiki/Installing_Bioperl_on_Windows";. I set up
    the repositories, and did the search of Bioperl packages. The latest version
    available is BioPerl 1.6.1 on http://bioperl.org/DIST. When I tried to
    install it, a number of prerequisite modules were being installed too, which
    include Bioperl 1.4. Then an error message showed up during installation:

    "ERROR: File conflict for 'C:/Perl/html/bin/bp_aacomp.html'.The package
    BioPerl has already installed a file that package bioperl wants to install."

    It looks to me that BioPerl 1.6.1 had installed a file that bioperl 1.4
    wanted to install again. I don't know why bioperl 1.4 was one of the
    prerequisites for 1.6.1. If I just install 1.4, it will be installed without
    errors. But I need a newer version, because some modules (like
    Bio::Tools::HMM) is not included in 1.4.

    I saw on internet that somebody had the same problem when he was trying to
    install BioPerl 1.5, but I didn't find the solution.

    Anybody has a clue on that? Thank you for your time.
    bioperl 1.6
    -- Jasmine --

    Merci de poser les questions dans le forum, je ne répondrai pas aux MP.

  16. #16
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    Par défaut

    Je n'ai pas eu ce soucis sous perl 5.8 et perl 5.10. Essaye ce que j'ai mis dans mon post précédent.

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  17. #17
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    Par défaut

    Bon je pense que j'ai la solution pour ton souci. Enlève le repository de trouchelle également. Fait tes installations de bioperl. Et ensuite remets trouchelle.

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  18. #18
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    Par défaut

    Citation Envoyé par djibril Voir le message
    Bon je pense que j'ai la solution pour ton souci. Enlève le repository de trouchelle également. Fait tes installations de bioperl. Et ensuite remets trouchelle.

    Oui, c'est également ce que j'ai trouvé sur ce lien

    Hi, The problem is solved now. The bioperl 1.4 version is from the Trouchelle repo, but 1.6 is in the Bioperl Regular Releases repo. When I added all the repo according to the bioperl wiki instruction, somehow 1.4 became a prerequisite for 1.6. But when I removed Trouchelle repo (so removed the 1.4 version), the installation proceeded without errors.

    Comment se fait-il que tu n'aies pas eu le même problème que moi? N'utilises-tu pas Trouchelle?
    -- Jasmine --

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  19. #19
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    Si si j'utilise trouchelle, c'est d'ailleurs un très bon repository. C'est juste que j'avais testé plusieurs versions de perl donc fait des désinstallations et installations pour diverses raisons. Du coup, je n'ai jamais eu ce souci. Du moment où les traces de bioperl 1.4 disparaissent de ton ordi, je pense que c'est ok.

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  20. #20
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    Citation Envoyé par djibril Voir le message
    Je n'ai pas eu ce soucis sous perl 5.8 et perl 5.10. Essaye ce que j'ai mis dans mon post précédent.
    Je suis sous perl 5.8.8
    -- Jasmine --

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