Mise à jour de bioperl 1.5 à 1.6 sous Windows

[djibril]

Salut,

Voici une petite explication pour ceux qui sont sous Windows et ont besoin de mettre à jour Bioperl. Beaucoup de personnes utilisent Bioperl version 1.5 sans s'en rendre compte (vieille version). Vous devez passer à la 1.6 pour bénéficier des nouveautés et surtout avoir une adéquation entre les modules et les documentations disponibles sur le CPAN. Voici les démarches à suivre :

1. Lancer ppm
2. Supprimer le repository bioperl si vous en aviez un
3. Desinstaller les modules :
   • - bioperl
   • - bioperl-run
   • - bundle-bioperl-core
   • - Tous les bioperl existant
4. Rajouter les repositories :
   • - Nom : BioPerl
     Lien : http://bioperl.org/DIST
   • - Nom : BioPerl_update
     Lien : http://bioperl.org/DIST/RC
5. Une fois les repositories ajouter, installer les modules
   • BioPerl (version 1.6.1 du repository BioPerl).
   • Bundle-BioPerl-Core (version 1.6.1 du repository BioPerl).
   • BioPerl-Run (version 1.006000_001.0.0 du repository Bioperl_update), elle match sur le version la plus récente de bioperl.

Voilà, vous avez maintenant une version de bioperl à jour et fonctionnelle.

N'hésitez pas à me retourner vos soucis.

[Jasmine80]

Merci pour cette procédure qui va m'être très utile.

Faut-il également désinstaller le module Bundle-Bioperl-Run? 'Tous les bioperl existant', signifie bien tous les modules liés à Bioperl?

[djibril]

Oui, tous les modules bioperl, même Bundle-Bioperl-Run.

[Jasmine80]

J'ai bien désinstallé les modules que tu as cités mais j'obtiens l'erreur

ERROR: File conflict for 'C:/Perl/html/bin/bp_aacomp.html'.
The package BioPerl has already installed a file that package bioperl
wants to install.

[URL=http://img532.imageshack.us/i/ppmo.png/][IMG=http://img532.imageshack.us/img532/5975/ppmo.png][/IMG]


Pour ce qui est de désinstaller les bibliothèques bioperl, j'avais
http://bioperl.org/DIST/package.xml

Quel est le lien avec http://bioperl.org/DIST/? Ce dernier est-il plus général et comprend il tous ses sous-répertoires?

Merci pour ton aide.

[djibril]

c'est le même lien.
http://bioperl.org/DIST/ pointe vers http://bioperl.org/DIST/package.xml dans ppm.

Donc tu peux le garder. rajoute celui d'update http://bioperl.org/DIST/RC si tu ne l'as pas. Et ensuite installe les modules bioperl avec les bonnes versions

[Jasmine80]

Voici une capture d'écran :



Uploaded with ImageShack.us

[djibril]

en effet, bizarre. Dans ce cas, ouvre une console dos et essaye

Code :

ppm install BioPerl -f

Es tu sûr que tu n'as pas un bioperl installé depuis trouchelle ?

[djibril]

Essaye d'afficher la colonne des repositories :

Menu View -> View columns -> Repo

[Jasmine80]

Envoyé par djibril

Essaye d'afficher la colonne des repositories :

Voici ce que j'obtiens :



Uploaded with ImageShack.us

Envoyé par Djibril

Es tu sûr que tu n'as pas un bioperl installé depuis trouchelle ?

Comment puis-je le vérifier? Via l'interface Tk, aucun bioperl n'apparait même provenant de Trouchelle.

[djibril]

en console essaye

Code :

uninstall bioperl

et ressaye de l'installer via la console dos avec l'option -f

[Jasmine80]

Envoyé par djibril

en effet, bizarre. Dans ce cas, ouvre une console dos et essaye

Code :

ppm install BioPerl -f

J'obtiens maintenant l'erreur :

ppm install failed : Can't save to C:/Perl/html/site/lib/Bio/Align/AlignI.html.ppmbak since it exists

Ne peut-on pas forcer l'installation et lui dire de remplacer les fichiers existant déjà? Est-ce pour cela le f ?


Merci,

[Jasmine80]

Envoyé par djibril

c'est le même lien.
http://bioperl.org/DIST/ pointe vers http://bioperl.org/DIST/package.xml dans ppm.

Donc tu peux le garder. rajoute celui d'update http://bioperl.org/DIST/RC si tu ne l'as pas. Et ensuite installe les modules bioperl avec les bonnes versions

Vu que j'avais les 3 bibliothèques
http://bioperl.org/DIST/package.xml
http://bioperl.org/DIST/
http://bioperl.org/DIST/RC

et que les 2 premières sont identiques, j'ai supprimer la première.

Quand je réouvre l'interface Tk et que je sélectionne BioPerl 1.6.1 du repo BioPerl

Synchronizing Database ... done
BioPerl marked for install

WARNING: Installing AcePerl-1.92 to get Ace:: for Bundle-BioPerl-Core would downgrade Ace::Object from version 1.66 to 1.66

BioPerl depends on Bundle-BioPerl-Core
BioPerl depends on Math-Random
BioPerl depends on SVG-Graph
BioPerl depends on Bio-ASN1-EntrezGene
BioPerl depends on Data-Stag
BioPerl depends on ExtUtils-Manifest
BioPerl depends on Algorithm-Munkres
BioPerl depends on GraphViz
BioPerl depends on HTML-Parser
BioPerl depends on Spreadsheet-WriteExcel
BioPerl depends on XML-Writer
BioPerl depends on Graph
BioPerl depends on XML-DOM-XPath
BioPerl depends on AcePerl
BioPerl depends on Array-Compare
BioPerl depends on Convert-Binary-C
BioPerl depends on Set-Scalar
BioPerl depends on Tree-DAG_Node
BioPerl depends on Math-Derivative
BioPerl depends on Statistics-Descriptive
BioPerl depends on SVG
BioPerl depends on Math-Spline
BioPerl depends on bioperl
BioPerl depends on IPC-Run
BioPerl depends on OLE-Storage_Lite
BioPerl depends on XML-DOM
BioPerl depends on XML-XPathEngine
BioPerl depends on Cache-Cache
BioPerl depends on Moose
BioPerl depends on IO-stringy
BioPerl depends on XML-RegExp
BioPerl depends on Error
BioPerl depends on Test-Exception
BioPerl depends on Class-MOP
BioPerl depends on Sub-Exporter
BioPerl depends on Sub-Name
BioPerl depends on Data-OptList
BioPerl depends on Test-Simple
BioPerl depends on Task-Weaken
BioPerl depends on Sub-Uplevel
BioPerl depends on Devel-GlobalDestruction
BioPerl depends on MRO-Compat
BioPerl depends on Params-Util
BioPerl depends on Sub-Install
BioPerl depends on Scope-Guard
BioPerl depends on Class-C3
BioPerl depends on Algorithm-C3
Installing 48 packages ...
Downloading BioPerl-1.6.1 ... not found
Installing 48 packages failed

ERROR: 404 Not Found

Comment ne peut-il pas trouver le module qui est pourtant présent dans la liste? http://bioperl.org/DIST/ est-il bien correct?

[Jasmine80]

Envoyé par djibril

Que te donnes

Code :

ppm uninstall bioperl*

?

J'ai essayé sans l'astérisque et j'obtiens bien 'bioperl : not installed'

[djibril]

Fait les choses pas à pas.
- Ouvre ppm
- désinstalle tout les modules bioperl.
- supprime les repo bioperl
- ferme ppm
- ouvre une console dos
- essaye de désinstaller bioperl au cas ou.
- reouvre ppm et réinstalle les repositories bioperl
- ferme ppm
- essaye une installation juste de BioPerl en ligne de commande avec l'otpion -f pour forcer l'installation

[Jasmine80]

Apparemment je ne suis pas la seule à avoir ce genre de problème ... c'est rassurant

Sat, 16 Jan 2010 19:11:45 -0800

I was trying to install BioPerl in windows using ppm, by following the
instruction in
"http://bioperl.open-bio.org/wiki/Installing_Bioperl_on_Windows";. I set up
the repositories, and did the search of Bioperl packages. The latest version
available is BioPerl 1.6.1 on http://bioperl.org/DIST. When I tried to
install it, a number of prerequisite modules were being installed too, which
include Bioperl 1.4. Then an error message showed up during installation:

"ERROR: File conflict for 'C:/Perl/html/bin/bp_aacomp.html'.The package
BioPerl has already installed a file that package bioperl wants to install."

It looks to me that BioPerl 1.6.1 had installed a file that bioperl 1.4
wanted to install again. I don't know why bioperl 1.4 was one of the
prerequisites for 1.6.1. If I just install 1.4, it will be installed without
errors. But I need a newer version, because some modules (like
Bio::Tools::HMM) is not included in 1.4.

I saw on internet that somebody had the same problem when he was trying to
install BioPerl 1.5, but I didn't find the solution.

Anybody has a clue on that? Thank you for your time.

bioperl 1.6

[djibril]

Je n'ai pas eu ce soucis sous perl 5.8 et perl 5.10. Essaye ce que j'ai mis dans mon post précédent.

[djibril]

Bon je pense que j'ai la solution pour ton souci. Enlève le repository de trouchelle également. Fait tes installations de bioperl. Et ensuite remets trouchelle.

[Jasmine80]

Envoyé par djibril

Bon je pense que j'ai la solution pour ton souci. Enlève le repository de trouchelle également. Fait tes installations de bioperl. Et ensuite remets trouchelle.

Oui, c'est également ce que j'ai trouvé sur ce lien

Hi, The problem is solved now. The bioperl 1.4 version is from the Trouchelle repo, but 1.6 is in the Bioperl Regular Releases repo. When I added all the repo according to the bioperl wiki instruction, somehow 1.4 became a prerequisite for 1.6. But when I removed Trouchelle repo (so removed the 1.4 version), the installation proceeded without errors.

Comment se fait-il que tu n'aies pas eu le même problème que moi? N'utilises-tu pas Trouchelle?

[djibril]

Si si j'utilise trouchelle, c'est d'ailleurs un très bon repository. C'est juste que j'avais testé plusieurs versions de perl donc fait des désinstallations et installations pour diverses raisons. Du coup, je n'ai jamais eu ce souci. Du moment où les traces de bioperl 1.4 disparaissent de ton ordi, je pense que c'est ok.

[Jasmine80]

Envoyé par djibril

Je n'ai pas eu ce soucis sous perl 5.8 et perl 5.10. Essaye ce que j'ai mis dans mon post précédent.

Je suis sous perl 5.8.8