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Bioinformatique Perl Discussion :

récupérer une séquence protéique par l' access number avec python


Sujet :

Bioinformatique Perl

  1. #1
    Futur Membre du Club
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    Par défaut récupérer une séquence protéique par l' access number avec python
    Bonjour ,

    Comme le titre l'indique je voudrais récupérer une séquence protéique via un access number sur la base de donnée swissprot.
    Quelqu' un saurait-il comment on s' y prend , la documentation la-dessus est vague ou trop compliqué et ça m'a l'air simple pourtant, ou alors je le fais en perl .:-P


    Merci beaucoup

  2. #2
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    Avatar de Jasmine80
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    Je ne connais pas python et je travaille en Perl sur des séquences d'ADN en utilisant le module Bio-DB-Genbank, très simple à utiliser. Son équivalent protéique est Bio-DB-SwissProt et semble tout aussi simple.
    -- Jasmine --

  3. #3
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    Salut et bienvenu,

    Voilà un pitit code biopython pour récupérer des fiches GenBank :
    Code python : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    #!/usr/bin/python
     
    #-*- coding: utf-8 -*-
     
    from Bio import GenBank
    from Bio import SeqIO
    handle = GenBank.download_many(['1', '2', '3'])
    for seqrecord in SeqIO . parse (handle, "genbank" ) :
    	print seqrecord.id, seqrecord.description [:50] + "..."
    	print "Sequence length %i," %len ( seqrecord.seq )
    	print "%i features," %len ( seqrecord.features )
    	print "from: %s" %seqrecord.annotations ['source']
    handle . close ()

    Pour l'exécuter : dans ta console, tu fais
    Code bash : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    $ python mon_fichier.py
    La sortie est sur l'écran.

    Tu devrais juste l'adapter pour SwissProt Le module est
    Code python : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    from Bio.SwissProt import Sprot


    EDIT : si tu n'es pas assez à l'aise en Python, fais-le en Perl. Je crois que ce sera plus simple et plus rapide.
    Le tact dans l'audace c'est de savoir jusqu'où on peut aller trop loin. Cocteau
    L'abjection la plus totale, ce n'est pas de trahir, c'est de ne jamais donner un commencement de réalité à ses rêves les plus fous. M. Moreau


    Les indispensables : Les règles, , FAQ et tutos avant de poster, et !
    Traduction de Linux Device Drivers 3 : venez participer
    membre de l'April - Promouvoir et défendre les logiciels libres

  4. #4
    Futur Membre du Club
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    Merci !!

  5. #5
    Responsable Perl et Outils

    Avatar de djibril
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