Discussion :

[4Ur3L]

Bonjour à tous !

Je suis à la recherche d'une méthode efficace permettant de comparer deux listes, c'est-à-dire récupérer la liste des éléments présents uniquement dans la première liste, puis celle des éléments présents uniquement dans la seconde liste.

Actuellement, je fais :
list1 = [x for x in Y if x not in Z]
list2 = [x for x in Z if x not in Y]

Le problème est que mes listes contiennent environ 200 000 éléments chacune (et ça va augmenter dans l'avenir), et donc, le temps de calcul est trèèès long......

Je recherche donc une méthode (algorithme, module, ...) qui permette de faire mieux que ce simple code, mais qui donne le même résultat !

Je travaille avec Python 2.5.4 (pas de possibilité d'utiliser une version supérieure).

Merci d'avance !

[pacificator]

bonjour,

Essaye en utilisant les set:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>>> r1 = range(1, 150, 3)
>>> r2 = range(12, 64, 13)
>>> r1, r2= set(r1), set(r2)
>>> r1.intersection(r2)
set([25])
>>> r1.difference(r2)
set([1, 130, 4, 133, 7, 136, 10, 139, 13, 142, 16, 145, 19, 148, 22, 28, 31, 34, 37, 40, 43, 46, 49, 52, 55, 58, 61, 64, 67, 70, 73, 76, 79, 82, 85, 88, 91, 94, 97, 100, 103, 106, 109, 112, 115, 118, 121, 124, 127])

[miawaw]

Depuis Python 2.4, le type set est dans les structures 'built-in'. Rien à importer.

Je crois qu'une solution est de combiner quelques unes des fonctions d'ensembles disponibles.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ensembleY = set(Y)
ensembleZ = set(Z)
 
Liste1 = list(ensembleY.difference(ensembleZ)) # ou list(... - ...)
Liste2 = list(ensembleZ - ensembleY)

ATTENTION: si les listes contiennent plusieurs fois le même element, alors les doublons disparaitront. (logique pour un ensemble.)

REMARQUE: Tu vas créer des ensembles ensembleY, ensembleZ, mais les il me semble que tu vas y gagner en temps par rapport à la création de listes. A tester!

[dividee]

J'imagine que tu voulais écrire "x not in Z" et pas "gene not in Z" ?

Essaie comme ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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sY = set(Y)
sZ = set(Z)
list1 = [x for x in Y if x not in sZ]
list2 = [x for x in Z if x not in sY]

Si l'ordre n'est pas important et qu'il n'y a pas de doublons (ou que tu peux te permettre de les éliminer), tu peux utiliser l'opération différence sur les ensembles:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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set1 = sY - sZ
set2 = sZ - sY
list1,list2 = list(set1),list(set2)   #si vraiment nécessaire

Si après tu fais l'union des éléments trouvés, autant calculer la différence symétrique:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

result = sY ^ SZ

Plus d'infos: http://docs.python.org/library/stdty...-set-frozenset

[4Ur3L]

Waow ! Merci à tous, ça marche super bien !

Ce qui prenait plusieurs heures avec les list, prend maintenant 5 secondes avec les set !!!
Extraordinaire !

Je crois que je vais me pencher davantage sur les set, que je connais finalement très peu....

Pour info, j'ai utilisé :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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set1 = sY - sZ
set2 = sZ - sY
list1,list2 = list(set1),list(set2)

Encore merci, j'en reviens pas !