Discussion :

[Bioinfoe]

bonjour

je fais une recherche sur ma base de donnée locale: je blast une série de séquences et je veux récupérer les séquences des hits correspondant.
le programme fonctionne, j'obtiens les bon alignements et j'arrive a obtenir plein d'informations sur mes hits (name, length, score...) mais je n'arrive pas a récupérer la séquence en elle même.

D'après ce que j'ai lu, les hits n'ont pas "d'attribut" séquence.
Comment faire?

[Jasmine80]

documentation

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $qseq = $hsp->query_string;
my $homo_string = $hsp->homology_string;
my $hseq = $hsp->hit_string;
 
print "$qseq\n$homo_string\n$hseq\n\n\n";

Qui ont par exemple pour valeur

'-hit_seq' => 'CGACAATCAATACTACATGA',
'-homology_seq' => '|||| |||||||||||||||',
'-query_seq' => 'CGACTATCAATACTACATGA',

[Bioinfoe]

oui mais je ne voudrai récupérer la séquence en entier, et non la partie alignée.

Exemple

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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hit=CACAAACGCCGGCTCGCTCTCGCTCCGTCTCCCTCCCTCCTCCCCCGCTCC
query =           CGCTCTCGCTCCGTCTCCCTCC

il devrai me retourner :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

hit=CACAAACGCCGGCTCGCTCTCGCTCCGTCTCCCTCCCTCCTCCCCCGCTCC

[Jasmine80]

Je pense que ce n'est pas possible directement.
Comment as-tu créer ta DB blast locale? N'est-ce pas via un fichier fasta dans lequel tu pourrais récupérer ta séquence complète?

[Bioinfoe]

Je pense que ce n'est pas possible directement.
Comment as-tu créer ta DB blast locale? N'est-ce pas via un fichier fasta dans lequel tu pourrais récupérer ta séquence complète?

c'est ce que j'ai constaté . j'ai effectivement un fichier fasta dans lequel j'essaye de récuperer ma séquence en comparant les ID des hits avec ceux de mes séquences dans mon fichier. Mais j'ai un problème au niveau de mes boucles

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	while ( my $hit = $result->next_hit)
	{	while( my $hsp = $hit->next_hsp ) 
		{ 						
			while (my $Gene=$Genome->next_seq)
			{if($hit->name eq $Gene->display_id )
                          print $Gene;
                       }
                }
       }

Ça ne marche pas comme il faut...

[Bioinfoe]

cette boucle fonctionne sauf qu'il faut réinitialisé le fichier du Genome

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while ( my $hit = $result->next_hit)
	{	while( my $hsp = $hit->next_hsp ) 
		{ 	
		my $Genome= Bio::SeqIO->new(-file=>'Genome' , -format => 'Fasta');	
		while ( my $Gene=$Genome->next_seq)	
			{
			if($Gene->display_id  eq $hit->name )
				{	......
			        }			
			}$j++;
		}		
}

[Jasmine80]

cette boucle fonctionne sauf qu'il faut réinitialisé le fichier du Genome

Commence par lire ton fichier, place les id dans les clés d'un tableau et les séquences en valeurs. Il ne te restera plus qu'à utiliser la fonction exists sur $hit->name afin de retrouver la séquence correspondante. Tu éviteras ainsi de devoir relire ton fichier ligne par ligne pour chaque hit.