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Bioinformatique Perl Discussion :

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Sujet :

Bioinformatique Perl

  1. #21
    Responsable Perl et Outils

    Avatar de djibril
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    mouais . Pour mon exemple, je ne comprends pas ton résultat :
    AAGCGGTCCATCCTCACTCAGGCTCTAACTTCTTTC

    Pour moi position 1 => seq = A => 1 A, 0 T, 0 C, ...
    position 2 => seq = AA => 2 A, 0 T, 0 C, ...
    position 3 => seq = AAG => 2 A, 0 T, 0 C, 1 G...

    Or ça ne correspond pas à ton résultat.

  2. #22
    Responsable Perl et Outils

    Avatar de djibril
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    Bon tu ne réponds plus. Voici un script test que j'ai fait :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    use strict;
    use warnings;
     
    my $LesSequences = <<SEQ;
    HWI-EAS387	90810	1	1	10	1773	0	1	ACAGAGTGCCATGCTGGGGCTGTGCCTTCATGGGAG	``a[a``a``aa__a\_a_`aZXRW[GYV\]VOYPQ	chr21.fa		43058980	R	T35	80						Y
    HWI-EAS387	90810	1	1	10	754	0	1	GACCTGCCCACCCTACTAACACCCCGGTACCCTCCC	``aaa_aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa`aaaaaaaa	chr13.fa		24191148	F	36	118						Y
    HWI-EAS387	90810	1	1	10	107	0	1	GGGCAGACTTTGCAGGGTTGTTTCAGGCTAAATTGG	aabK_S_b`b_I[aaab`bba]aabaaba`[G\aZZ	NM											N
    HWI-EAS387	90810	1	1	10	707	0	1	ACGGGCTAGGAAACAACACCAGTAACCCGCTGTTGG	IIZDZ[HWQG^^X`BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB	NM											N
    HWI-EAS387	90810	1	1	10	1975	0	1	GATTGACAATGATTTTTATTATGATGTGACTTCTCA	a`baaaaaaba`aabaaaaa`a`aa__^[`aa`a`_	NM
    SEQ
    printf( "%-6s\t%-6s\t%-6s\t%-6s\t%-6s\t%-6s\t%-6s\n", 'Tile', 'Cycle', 'A', 'C', 'G', 'T', 'N' );
     
    my $tile = 1;
    foreach my $ligne ( split( /\n/, $LesSequences ) ) {
      my ( undef, undef, undef, undef, undef, undef, undef, undef, $sequence ) = split( /\t/, $ligne );
     
      for ( 1 .. 36 ) {
        last if ( length($sequence) < $_ );
        my ($seq) = substr $sequence, 0, $_;
        my $a = () = $seq =~ m{A}g;
        my $c = () = $seq =~ m{C}g;
        my $g = () = $seq =~ m{G}g;
        my $t = () = $seq =~ m{T}g;
        my $n = () = $seq =~ m{N}g;
        printf( "%-6s\t%-6s\t%-6s\t%-6s\t%-6s\t%-6s\t%-6s\n", $tile, $_, $a, $c, $g, $t, $n );
      }
      $tile++;
    }
    Et voici le résultat obtenu, dis moi s'il correspond à tes attentes :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    3     	17    	3     	3     	8     	3     	0     
    3     	18    	3     	3     	8     	4     	0     
    3     	19    	3     	3     	8     	5     	0     
    3     	20    	3     	3     	9     	5     	0     
    3     	21    	3     	3     	9     	6     	0     
    3     	22    	3     	3     	9     	7     	0     
    3     	23    	3     	3     	9     	8     	0     
    3     	24    	3     	4     	9     	8     	0     
    3     	25    	4     	4     	9     	8     	0     
    3     	26    	4     	4     	10    	8     	0     
    3     	27    	4     	4     	11    	8     	0     
    3     	28    	4     	5     	11    	8     	0     
    3     	29    	4     	5     	11    	9     	0     
    3     	30    	5     	5     	11    	9     	0     
    3     	31    	6     	5     	11    	9     	0     
    3     	32    	7     	5     	11    	9     	0     
    3     	33    	7     	5     	11    	10    	0     
    3     	34    	7     	5     	11    	11    	0     
    3     	35    	7     	5     	12    	11    	0     
    3     	36    	7     	5     	13    	11    	0     
    4     	1     	1     	0     	0     	0     	0     
    4     	2     	1     	1     	0     	0     	0     
    4     	3     	1     	1     	1     	0     	0     
    4     	4     	1     	1     	2     	0     	0     
    4     	5     	1     	1     	3     	0     	0     
    4     	6     	1     	2     	3     	0     	0     
    4     	7     	1     	2     	3     	1     	0     
    4     	8     	2     	2     	3     	1     	0     
    4     	9     	2     	2     	4     	1     	0     
    4     	10    	2     	2     	5     	1     	0     
    4     	11    	3     	2     	5     	1     	0     
    4     	12    	4     	2     	5     	1     	0     
    4     	13    	5     	2     	5     	1     	0     
    4     	14    	5     	3     	5     	1     	0     
    4     	15    	6     	3     	5     	1     	0     
    4     	16    	7     	3     	5     	1     	0     
    4     	17    	7     	4     	5     	1     	0     
    4     	18    	8     	4     	5     	1     	0     
    4     	19    	8     	5     	5     	1     	0     
    4     	20    	8     	6     	5     	1     	0     
    4     	21    	9     	6     	5     	1     	0     
    4     	22    	9     	6     	6     	1     	0     
    4     	23    	9     	6     	6     	2     	0     
    4     	24    	10    	6     	6     	2     	0     
    4     	25    	11    	6     	6     	2     	0     
    4     	26    	11    	7     	6     	2     	0     
    4     	27    	11    	8     	6     	2     	0     
    4     	28    	11    	9     	6     	2     	0     
    4     	29    	11    	9     	7     	2     	0     
    4     	30    	11    	10    	7     	2     	0     
    4     	31    	11    	10    	7     	3     	0     
    4     	32    	11    	10    	8     	3     	0     
    4     	33    	11    	10    	8     	4     	0     
    4     	34    	11    	10    	8     	5     	0     
    4     	35    	11    	10    	9     	5     	0     
    4     	36    	11    	10    	10    	5     	0     
    5     	1     	0     	0     	1     	0     	0     
    5     	2     	1     	0     	1     	0     	0     
    5     	3     	1     	0     	1     	1     	0     
    5     	4     	1     	0     	1     	2     	0     
    5     	5     	1     	0     	2     	2     	0     
    5     	6     	2     	0     	2     	2     	0     
    5     	7     	2     	1     	2     	2     	0     
    5     	8     	3     	1     	2     	2     	0     
    5     	9     	4     	1     	2     	2     	0     
    5     	10    	4     	1     	2     	3     	0     
    5     	11    	4     	1     	3     	3     	0     
    5     	12    	5     	1     	3     	3     	0     
    5     	13    	5     	1     	3     	4     	0     
    5     	14    	5     	1     	3     	5     	0     
    5     	15    	5     	1     	3     	6     	0     
    5     	16    	5     	1     	3     	7     	0     
    5     	17    	5     	1     	3     	8     	0     
    5     	18    	6     	1     	3     	8     	0     
    5     	19    	6     	1     	3     	9     	0     
    5     	20    	6     	1     	3     	10    	0     
    5     	21    	7     	1     	3     	10    	0     
    5     	22    	7     	1     	3     	11    	0     
    5     	23    	7     	1     	4     	11    	0     
    5     	24    	8     	1     	4     	11    	0     
    5     	25    	8     	1     	4     	12    	0     
    5     	26    	8     	1     	5     	12    	0     
    5     	27    	8     	1     	5     	13    	0     
    5     	28    	8     	1     	6     	13    	0     
    5     	29    	9     	1     	6     	13    	0     
    5     	30    	9     	2     	6     	13    	0     
    5     	31    	9     	2     	6     	14    	0     
    5     	32    	9     	2     	6     	15    	0     
    5     	33    	9     	3     	6     	15    	0     
    5     	34    	9     	3     	6     	16    	0     
    5     	35    	9     	4     	6     	16    	0     
    5     	36    	10    	4     	6     	16    	0
    Voilà

  3. #23
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    Par défaut
    Je tiens d'abord a indiquer que je n'ai pas regarde le code ni meme reflechi a la facon de resoudre le probleme...

    Mais en ce qui concerne le probleme lui meme je crois JP2mars n'as pas su faire passer correctement l'ennonce, (mais peut etre que je me trompe).

    Si on prend les sequences suivantes :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
    4
    5
    HWI-EAS387	90810	1	1	10	1773	0	1	ACAGAGTGCCATGCTGGGGCTGTGCCTTCATGGGAG
    HWI-EAS387	90810	1	1	10	754	0	1	GACCTGCCCACCCTACTAACACCCCGGTACCCTCCC
    HWI-EAS387	90810	1	1	10	107	0	1	GGGCAGACTTTGCAGGGTTGTTTCAGGCTAAATTGG
    HWI-EAS387	90810	1	1	10	707	0	1	ACGGGCTAGGAAACAACACCAGTAACCCGCTGTTGG
    HWI-EAS387	90810	1	1	10	1975	0	1	GATTGACAATGATTTTTATTATGATGTGACTTCTCA
    Celles-ci correspondent toutes au tile 1 et pour les cycles il faut regarder cela via les colonnes

    Pour le cycle 1 on a donc :
    A
    G
    G
    A
    G
    Ce qui fait 2 A et 3 G

    Pour le cycle 2 on a :
    C
    A
    G
    C
    A
    Ce qui fait 2 A, 2 C et 1 G

    D'ou les 2 premieres lignes des resultats qu'il attend :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
    Tile    Cycle   A       C       G       T       N
    1       1       2       0       3       0       0
    1       2       2       2       1       0       0
    Voila pour ma petite contribution.


    Voila je viens d'y reflechir .

    Ma solution serais la suivante :


    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
    4
    5
    6
    7
    8
    9
    10
    11
    12
    13
    14
    15
    16
    17
    18
    19
    20
    21
    22
    23
    #!/usr/bin/perl -w -- -*-Perl-*-
     
    my $infile = $ARGV[0];
     
    my $align_fh      = new IO::File "<$infile"
        or die "Cannot ead aligned file '$infile': $!\n";
     
     
    my $res = {};
    while (my $line = <$align_fh>) {
        my ( undef, undef, undef, undef, undef, undef, undef, undef, $seq ) = split( /\t/, $line );
     
        for ( 0 .. 35 ) {
            last if ( length($seq) < $_ );
            my ($aa) = substr($seq, $_, 1);
            $res->{"$_,$aa"}++;
        }
    }
     
    printf( "%-6s\t%-6s\t%-6s\t%-6s\t%-6s\t%-6s\t%-6s\n", 'Tile', 'Cycle', 'A', 'C', 'G', 'T', 'N' );
    for (0..35) {
        printf( "%-6s\t%-6s\t%-6s\t%-6s\t%-6s\t%-6s\t%-6s\n", 1, $_, $res->{"$_,A"} || 0, $res->{"$_,C"} || 0, $res->{"$_,G"} || 0 , $res->{"$_,T"} || 0 , $res->{"$_,N"} || 0 );
    }
    Par contre je ne sais pas si cela va te faire gagner du temps ou non...
    Teter sur le petit exemple que tu donne cela semble me donner les meme resultats que toi.

    Djibril j'ai pris des morceaux de ton code c'etait plus rapide, j'espere que tu ne m'en voudra pas...

  4. #24
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    Merci loula427 de ta contribution je vais tester ta version.

    Désolé Djibril mais je n'ai pas le net chez moi je ne peux me connecter que du boulot.

    Loula a bien compris ma problématique. C'est à dire compter le nombre de ATGC pour une seule position sans prendre en comptre celle d'avant.

    Perso je doit avoir 5 versions complètement différentes et celle que je vous ai donné hier est la plus rapide chez moi.

    Je test la version de loula et je vous tiens au courant.

  5. #25
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    Je viens de tester sur un fichier d'un million de ligne et ça prend 57sd contre ... 57sd avec mon code.

    Par contre tu ne prends pas en compte le numéro de tile (100 tiles en tout).
    Donc si dans mon code je supprime le numero de tile j'obtiens 52sd.

    Donc c'est pas trop éloigné.

    Donc j'ai quelques questions techniques:

    C'est quoi la différence entre IO::FILE et ouvrir un fichier version basique avec open ?
    Y aurait il un gain avec une plus grosse machine du coup ?

    Pour cette écriture je connaissais pas :
    $res->{"$_,$aa"}++;
    il faut dire que je suis pas un expert de Perl jusqu'ici je faisait de petit script banal pour traiter de petits fichiers.



    Merci encore du temps que vous prenez pour m'aider. Quand je serai devenu expert Perl je viendrai contribuer au Forum.

  6. #26
    Responsable Perl et Outils

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    IO::FILE ne change en rien niveau performance.
    Il faut aussi savoir que le fait d'afficher les informations sur la console ralentit énormément les performances d'un script quelque soit le langage. En écrivant le résultat directement dans un fichier, le gain de temps est considérable.

  7. #27
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    Citation Envoyé par djibril Voir le message
    IO::FILE ne change en rien niveau performance.
    Il faut aussi savoir que le fait d'afficher les informations sur la console ralentit énormément les performances d'un script quelque soit le langage. En écrivant le résultat directement dans un fichier, le gain de temps est considérable.
    Ok merci.

    J'exporte les données dans un fichier car ensuite je les utilise dans R.

  8. #28
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    Par défaut
    Pour la ligne de code suivante :


    en fait je travaille avec une reference a une table de hash tu aura les infos sur la page suivante que je trouve particulierement bien faite :

    http://www.cs.mcgill.ca/~abatko/comp...rl/howto/hash/

    la cle de ma hash est "$_,$aa" donc le "cycle,$aa" est le ++ me sert a incrementer de 1 la valeur de la hash...

    J'espere que cela va te servir a comprendre ce que j'ai fait...


    Pour les tiles je n'avais pas d'exemple complet c'est pour ca que je n'en ai pas tenu compte, et puis ca peu te donner une piste .

  9. #29
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    Ou en est tu ? Quel est la nouvelle version de ton script ?

  10. #30
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    Ou en est tu ? Quel est la nouvelle version de ton script ?
    Ma responsable a pris le relais pour essayer d'optimiser voir de refaire le script. C'est une pure informaticienne, elle va surement faire un truc ou je vais rien comprendre.

    Si j'ai un retour je vous tiens au courant.

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