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Bioinformatique Perl Discussion :

Sauvgarder dans PAUP


Sujet :

Bioinformatique Perl

  1. #1
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    Bonjour,
    J'ai lancé une analyse de maximum de parcimony avec PAUP et le "best tree" s'est arrêté à la même valeur depuis 2 jours; le programme tourne encore et mon pc a affiché un message "mémoire virtuelle insuffisante". Je veux donc arrêter le programme mais j'ai peur de perdre tout le travail parce que l'arbre ne sera pas sauvegardé.
    voici le script que j'ai donné à la suite des séquences dans un fichier nexus:
    begin paup;
    set autoclose=yes;
    set criterion=parsimony;
    set storebrlens=yes;
    set increase=auto;
    bootstrap nreps=1000 search=heuristic/ addseq=random nreps=50 swap=tbr hold=1;
    savetrees file=MP-bootsp-alldata.tre format=nexus brlens=yes savebootp=NodeLabels MaxDecimals=0;

    Pourriez-vous me dire comment je peux récupérer mon travail et retrouver l'arbre de maximum de parcimony
    Merci d'avance pour votre aide

    pour info, je travaille avec un pc sous windows

  2. #2
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    Salut et bienvenu,

    Je ne connais pas PAUP, travaillant plutôt avec PAML sous Debian. Mais qu'est-ce qu'il y a dans le fichier qui est indiqué comme celui qui contiendra les arbres :
    Citation Envoyé par fafou09 Voir le message
    savetrees file=MP-bootsp-alldata.tre
    Le tact dans l'audace c'est de savoir jusqu'où on peut aller trop loin. Cocteau
    L'abjection la plus totale, ce n'est pas de trahir, c'est de ne jamais donner un commencement de réalité à ses rêves les plus fous. M. Moreau


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