Discussion :

[solen]

Bonjour,

j'essaye d'utiliser l'API ensembl, mais elle me resiste!! Je n'arrive pas a trouver le problème dans mon code, si quelqu'un trouve la solution, ca m'aiderai bcp.

Code :

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#!/usr/bin/perl
 
#use Bio::PrimarySeq;
#use Bio::Seq::LargeSeq;
#use Bio::Seq;
#use Bio::SeqIO;
#use Bio::SeqIO::largefasta;
 
use Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBAdaptor;
use Bio::EnsEMBL::Registry;
 
my $reg = 'Bio::EnsEMBL::Registry';
 
my $db = Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBAdaptor->new(
   -user => 'anonymous',
   -dbname => 'mus_musculus_core_55_37h',
   -host => 'ensembldb.ensembl.org',
   -group => 'core',
   -species => 'house mouse'
   );
 
$slice_adaptor=$reg->get_adaptor( 'house mouse', 'core', 'slice');
$slice=$slice_adaptor->fetch_by_region("chromosome",7,100235645,100235745);
$sequence=$slice->seq();
print "$sequence\n";

merci bcp de votre aide

[MaliciaR]

Salut,

Ca veut dire quoi "l'API resiste" ? Tu as quoi comme erreurs ?

[solen]

Voici erreur quand dans get_adaptor je mets 'mouse':
Can't call method "fetch by region" on an undefined value

Et si je mets 'house mouse' j'ai un message d'erreur me disant qu'il n'arrive pas a se connecter a la base de données ensembldb.ensembl.org