Discussion :

[Jasmine80]

Quand j'essaie d'exécuter le code du CPAN

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
 
use strict;
 
use Bio::Restriction::Analysis;
 
 
 
# get a DNA sequence from somewhere
my $seq = Bio::PrimarySeq->new
(-seq =>'CTAGCTTAATTCATTAGCTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCAG',
-is_circular => 1,		# plasmide
-primary_id => 'synopsis',
-molecule => 'dna');
 
 
# now start an analysis.
# this is using the default set of enzymes
my $ra = Bio::Restriction::Analysis->new(-seq=>$seq, -is_circular => 1);
 
 
# find unique cutters. This returns a
# Bio::Restriction::EnzymeCollection object
my $enzymes = $ra->unique_cutters;
print "Unique cutters: ", join (', ', 
	map {$_->name} $enzymes->unique_cutters), "\n";

J'obtiens l'erreur

Can't locate object method "unique_cutters" via package "Bio::Restriction::EnzymeCollection" at Restriction_analysis.pl line 32, <DATA> line 532.

Cette méthode est pourtant bien décrite dans ce module. Quelle peut-être l'erreur?


Merci.

[Jasmine80]

Avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use Data::Dumper;
print Dumper "$enzymes\n";

J'obtiens

$VAR1 = 'Bio::Restriction::EnzymeCollection=HASH(0x1ee0a84

[50Nio]

Bonjour,
Je pencherais vers un problème de référence ou d'objet vide, normalement un dump d'un hash te retourne le résultat direct du contenu, et un affichage type "HASH(0x1ee0a84" veut dire que tu affiche la référence d'un objet et non l'objet lui-même. Maitnenant ton code est bien celui de l'exemple de la doc ... :-(
Je ne promets rien, mais j'essaye d'installer le module Bio sur mon PC ce soir pour pouvoir tester un peu, ça a l'air marrant. :-)

[Jasmine80]

Bonjour,
Je pencherais vers un problème de référence ou d'objet vide, normalement un dump d'un hash te retourne le résultat direct du contenu, et un affichage type "HASH(0x1ee0a84" veut dire que tu affiche la référence d'un objet et non l'objet lui-même. Maitnenant ton code est bien celui de l'exemple de la doc ... :-(
Je ne promets rien, mais j'essaye d'installer le module Bio sur mon PC ce soir pour pouvoir tester un peu, ça a l'air marrant. :-)

Merci beaucoup, c'est très sympa de ta part. J'ai légèrement changé la séquence de départ afin de placer un site de restriction chevauchant le début et la fin de séquence mais le problème reste le même avec l'exemple de la doc.

[50Nio]

Bon, c'est un bon début, j'ai exactement le même problème avec le même code. :-)

Pour continuer d'avancer:
L'objet que tu récupère est un "Bio::Restriction::EnzymeCollection" décrit ici:
http://search.cpan.org/~cjfields/Bio...eCollection.pm

L'EnsymeCollection n'a pas de méthode unique_cutters donc l'erreur est normale:
=> l'exemple est faux
=> du coup je ne sais pas ce que tu veux faire mais il faut forcément s'y prendre autrement

J'ai essayé ça:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $enzymes = $ra->unique_cutters;
my @enzymes_unique = $enzymes->each_enzyme();
print "Unique cutters: ", join (', ', 
	map {$_->name} @enzymes_unique), "\n";

En ajoutant une récupération de tous tes enzymes compris dans ta liste de "unique_cutters" enzymes.

Ca me retourne:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Unique cutters: AsuNHI, BfaI, BmtI, BstC8I, BstDEI, BstMWI, Cac8I, CviRI, DdeI, Hpy188I, HpyCH4V, HpyF10VI, MaeI, MseI, MwoI, NheI, Sse9I, TasI, Tru1I, Tru9I, Tsp509I, TspEI, XspI

Par contre, fonctionnelement, je n'y comprend rien. :-) Le modèle objet Perl permet cette exécution mais je ne sais pas si c'est ce qu'il te fallait. :-)

[Jasmine80]

Merci beaucoup c'est super sympa, c'est exactement ce que je voulais .

Par contre, fonctionnelement, je n'y comprend rien.

Fonctionnement au niveau du script : ^^ faudrait analyser le code pour comprendre ce qui se cache là derrière.


Fonctionnement au sujet de l'utilité

Enzyme de restriction
Un article de Wikipédia, l'encyclopédie libre.

Une enzyme de restriction est une protéine en biologie moléculaire qui peut couper un fragment d'ADN au niveau d'une séquence de nucléotides caractéristique appelée site de restriction. Chaque enzyme de restriction reconnait ainsi un site spécifique. Plusieurs centaines d'enzymes de restriction sont actuellement connues, on en retrouve naturellement un grand nombre d'espèces de bactéries.

Il y a 532 enzymes coupant un nombre variable de fois, cette fonction permet de récupérer ceux qui coupent une fois la séquence entrée. Les enzymes de restriction sont utilisées en laboratoire afin d'analyser des séquences nucléiques, voir la taille des différents fragments obtenus après digestion enzymatique et ainsi caractériser le matériel sur lequel on travaille.

Un super grand merci pour ton aide. Peut-être devrais-je écrire au CPAN pour les prévenir de cette erreur.

[50Nio]

Aucun souci, merci à toi pour les précisions. :-)
Effectivement, tu peux signaler le problème comme un bug au CPAN car la doc est mauvaise.