Discussion :

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
 
use strict;
 
use Bio::Restriction::Analysis;
 
 
# get a DNA sequence from somewhere
my $seq = Bio::PrimarySeq->new
(-seq =>'CTAGCTTAATTCATTAGCTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCAG',
-is_circular => 1,		# plasmide
-primary_id => 'synopsis',
-molecule => 'dna');
 
 
# now start an analysis.
# this is using the default set of enzymes
my $ra = Bio::Restriction::Analysis->new(-seq=>$seq, -is_circular => 1);
 
 
# AluI is one them. Where does it cut?
# This is will return an array of the sequence strings
my $enz = 'AluI';
my @frags = $ra->fragments($enz);
# how big are the fragments?
print "AluI fragment lengths: ", join(' & ', map {length $_} @frags), "\n";

Le module Bio::Restriction::Analysis permet de voir le résultat d'une digestion avec une enzyme de restriction sur une séquence (qui est donc coupée). J'aimerais pouvoir spécifier que la séquence est circulaire.

Le module Bio::PrimarySeq (objet traité par le module précédent) crée des objets contenant la séquence et permet de définir si elle est linéaire ou circulaire mais apparemment cela ne suffit pas et Bio::Restriction::Analysis la traite comme linaire.

Le module Bio::Restriction::Analysis possède une 'méthodes interne' nommée _circular qui permet de traiter les séquences circulaires. Je ne m'y connais pas en OO, pourriez-vous me dire comment l'utiliser dans le script ci dessus?


Merci,

[50Nio]

Tu n'as pas accès au "membre" _circular car il fait partie de la section "privée" de ton objet:
http://search.cpan.org/~cjfields/Bio...ternal_methods

Internal method => accessible uniquement par l'objet lui-même.
Par contre tes arguments que tu passes au constructeur

Code :

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-is_circular => 0

te permet de dire qi tu veux te mettre en mode circular ou non.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if (0) { print "0\n"; }
if (1) { print "1\n"; }

affichera 1 comme résulat, donc je dirais que passer 0 comme tu le fais désactive le mode circular, et mettre 1 devrait l'activer.

[Jasmine80]

Merci pour les explications, je comprends mieux maintenant.