Discussion :

[circe]

Bonjour!

J'aimerais créer un sous-tableau à partir d'un grand tableau d'environ 26000 lignes fois 400 colonnes en sélectionnant un certain nombre de lignes dont j'ai les noms des en-têtes. Les lignes du grand tableau ont aussi des noms.

Y a-t-il un moyen assez rapide (le tableau est grand) de sélectionner ces lignes en utilisant leurs noms pour créer un nouveau tableau?

Merci d'avance!

[pitipoisson]

Oui, c'est tout simplement

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

grandtableau[<vecteur nom des lignes>, ]

[manoir]

Bonjour,

1) Titi<-Toto[rownames(Toto)==c(les indices des lignes à extraire),]
# dim(Toto)= 26000 400

2) tu peux utiliser la fonction grep aussi je pense


Bien à toi
Manoir

[circe]

Merci pour vos réponses. Le problème est que mes noms de lignes ne sont pas dans un vecteur, mais dans un facteur... et la solution

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

grand_tableau[noms_lignes,]

ne donne pas les bonne lignes... Sauriez-vous pourquoi?

Merci encore.

[pitipoisson]

...ne donne pas les bonne lignes... Sauriez-vous pourquoi?

Oui, les niveaux d'un facteurs ont en même temps une valeur numérique, correspondant à leur position dans le vecteur renvoyé par

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

levels(<facteur>)

et un label (ce qui s'affiche).
Si tu utilise ton facteur pour indicer les lignes, R va utiliser la valeur numérique (numéro de ligne, et là ça ne doit pas être les bonnes). Pour qu'il indice sur les noms de lignes, fais simplement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

grand_tableau[as.character(noms_lignes),]

Edit: ce comportement des factors est franchement dangereux... j'ai déjà perdu des journées entières de boulot à trouver pourquoi des résultats n'étaient pas cohérents. On devrait à mon avis toujours les transformer en un autre type avant de les utiliser pour indicer quelque chose, même si c'est la valeur numérique qui est souhaitée : ça rendrait le comportement de R intuitivement plus prévisible.

[circe]

Merci, la solution avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

as.character

fonctionne, mais en l'essayant sur un petit tableau 10 x 3, choisissant de sélectionner 3 lignes, elle prend un temps énorme...

[pitipoisson]

...fonctionne, mais en l'essayant sur un petit tableau 10 x 3, choisissant de sélectionner 3 lignes, elle prend un temps énorme...

Ça c'est pas normal du tout !
Je vois quelques causes possibles (mais la liste n'est sûrement pas exhaustive) :

1. y'a un prog externe qui te fais ramer ta bécanne (antivirus,...)
2. tu utilises beaucoup (trop?) de mémoire et ça swape à mort (ça m'arrive parfois quand je bosse sur des très gros jeux de données)
3. ...

[circe]

Merci pour l'aide! Oui, en effet, les jeux de données que j'ai sont super lourds... Finalement, en utilisant les numéros de lignes (au lieu de noms de lignes), ça va plus vite.