Discussion :

[Jasmine80]

Je suis partie fin juin camper avec mon copain mais nous allons probablement repartir une semaine en septembre.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	$seq->accession_number($seq->primary_id);
	$out->write_seq($seq);

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ID   KRT16; SV 1; linear; unassigned DNA; STD; UNC; 2001 BP.
XX
AC   KRT16;
XX
XX
FH   Key             Location/Qualifiers

c'est pas encore parfait mais au moins ton identifiant apparait sur la ligne ID.

[zaboug]

c'est pas encore parfait mais au moins ton identifiant apparait sur la ligne ID.

comment ça pas parfait?
étant donné que ça fait exactement ce dont j'avais besoin, je vois pas ce qu'il manque

C'est beaucoup mieux ainsi !

Voici donc le script final commenté (au cas où des lecteurs se seraient perdu dans les multiples bout de code qu'on a posté jusqu'à présent )

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl -w
 
##packages utilises
use strict;
use Bio::SeqIO;
 
#pour la récupération des arguments
use vars qw($opt_h $opt_f);
use Getopt::Std;
 
##recuperation des arguments - initialisation
getopts("hf:") or die("erreur(s) de saisie dans les options. Faire -h pour obtenir l'aide\n");
if (defined($opt_h))
{
	&help;
	exit;
}
elsif(!defined($opt_f))
{
	die("Parametre manquant : -f doit etre definit. Faire -h pour obtenir de l'aide.\n");
}
 
my $out_file;
 
if($opt_f =~ m/(.+)\.(fa|fasta)/)
{
	$out_file = "$1.embl";
}
 
# Creation d'un objet SeqIO contenant les sequences du fichier fasta passe en paramtre au script
my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => $opt_f , '-format' => 'fasta');
 
# Creation d'un deuxieme objet seqIO qui contiendra les sequences au format EMBL
my $out = Bio::SeqIO->new(-file => ">$out_file" , '-format' => 'EMBL');
 
# Pour chaque sequence de l'objet $in
while ( my $seq = $in->next_seq() ) 
{
	# on precise que (dans notre cas) l'accession_number correspond a l'identifiant de la sequence fasta
	$seq->accession_number($seq->primary_id);
 
	#et on imprime la sequence au format EMBL dans le fichier de sortie
	$out->write_seq($seq);
}
 
sub help
{
	print qq{
fasta_to_embl.pl prend en parametre un fichier au format fasta et le convertit au format EMBL (dans un nouveau fichier)
 
Paramètres :
	-f : fichier fasta ou multifasta a convertir
 
};
}

EDIT : je considère donc ce sujet comme étant résolu