Discussion :

[Lokhtar]

Bonjour,

Mes deux colocataires et moi même sommes étudiant en iut génie biologique. Au moment de choisir un projet tutoré il n'en resté plus qu'un : "analyser une table de donnée en rapport avec la biologie ou l'agroalimentaire à partir du logiciel R".

....Nous voila complètement perdu : on a réussi à trouver une base de donner qui nous semble correcte, cependant on sait absolument pas quoi en faire. On à vus les bases en cours de ce logiciel mais c'était il y a un petit moment et on a du mal à ce lancer sans les directives de notre professeur.

Pourriez vous nous donnez quelques directions à prendre dans notre analyse ?

voici la table : http://stats.unipune.ernet.in/Databo...sPUNE/Lung.xls

pour la description : http://stats.unipune.ernet.in/Databo...ption/Lung.doc


Voila, si ce qui est demandez vous semble aberrant je m'en excuse d'avance !

Edit : quelques fautes enlevés, je demanderais la correction d'un de mes colocataires bien meilleurs que moi en orthographe

[fabrice91]

Nous voila complètement perdue : on a réussi à trouver une base de donner qui nous semble correcte, cependant on sait absolument pas quoi en faire. On à vus les bases en cours de ce logiciel mais c'était il y a un petit momant et on a du mal à ce lancer sans les directives de notre professeur.

Ces données ce sont celles que vous donnez en lien ci dessous ? (doc et xls)
Ou bien ces fichiers vous ont été fournis par votre prof ?
En tout cas, cela me semble tout à fait correct comme type de données pour réaliser votre étude.
Avez vous au moins bien compris l'origine et la signification de ces données ?

Pourriez vous nous donnez quelques direction à prendre dans notre analyse ?

Je suis tout aussi novice en R mais à partir de ces données on devrait pouvoir faire 2 ou 3 analyses sympas, du genre :
- pour chaque localité, y a-t-il un effet du traitement ? il faudrait faire l'analyse pour la localité 1 puis pour la localité 2 et voir si le traitement est efficace plus pour l'une que pour l'autre.
- refaire l'analyse sans tenir compte de la localité, simplement pour tester l'efficacité globale du traitement
- y a-t-il une corrélation entre le smoking index (le fait de fumer beaucoup) et la capacité pulmonaire avant traitement.
- idem mais après traitement : récupère-t-on mieux de sa capacité pulmonaire après traitement si l'on était peu fumeur auparavant

Je ne sais pas si ce sont les bonnes questions, mais ça tombe bien j'ai un exam de biostats dans 1 mois, ça va me permettre de réviser aussi...

PS: gaffe aux fautes d'orthographes !

[Lokhtar]

C'est une table que nous avons trouvé et en effet elle semble bien répondre aux critères demandés par le prof après avoir discuter avec lui (variables qualitatives et quantitatives, table pas trop longue mais pas trop courte non plus...). Bien que la variable qualitatives Male et Femelle soit pas terrible. On nous a demandé de croiser les variables afin d'en faire resortir l'essentiel.

On avait à peut pret eu les mêmes idées mais le problèmes est qu'on a du mal à se souvenir des comandes (honte à nous). Je m'y remet cet après-midi et je dirais ce que j'ai réussi à en sortir.


PS : Pardonner mes fautes, j'ai beau me relire...

[pitipoisson]

Bonjour,

On avait à peut pret eu les mêmes idées mais le problèmes est qu'on a du mal à se souvenir des comandes (honte à nous).

Bah, comme tout le monde dans un premier temps !
R reference card

[balap]

Pour charger un document :

Code :

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1
2
?read.table
?read.csv

Pour effectuer une anova(comparaison de moyennes entre plusieurs groupes) :

Code :

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1
2
?aov
?anova

Pour les tests de normalité et d'homoscédasticité

Code :

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1
2
?shapiro.test
?bartlett.test

Deux nombreux manuels sont disponibles sur le net concernant l'anova,et d'ailleurs il existe un jeu test sur le cancer du poumon dans R.

[Lokhtar]

Merci pour ta réponse balap, mais notre devoir porte plutot (d'apres ce qui a été travaillé en cours) sur des comandes de type "plot", "cloud", "pie"... pour les graphiques

Après on a vus les comandes de bases : summary, mean ...

Et enfin il serait bon de faire au moins un test de ki² (sa ferait plaisir au correcteur ^^).

Je suis en train de batailler à écrire mais j'ai vraimant du mal à écrire c'est très frustrant, j'arrive pas a écrire une comande qui tienne la route.

Jvais essayer de ce pas ta comande anova

EDIT :

Bon après avoir essayé pendant j'ai un souci récurent je n'arrive à rien faire, pour toute mes comandes il me renvoi le meme message d'erreur pourant je comprend pas, j'ai bien des chiffres dans la colonne 4 (puisque la premiere ligne n'est aps lut grace au header=true)...

>x=read.table('C:/Documents and Settings/Administrateur/Mes documents/projet tutore/Lung.ods',header=TRUE,sep=';',row.names=1)
>mean(x[,4])
[1] NA
Warning message:
In mean.default(x[, 4]) :
l'argument n'est ni numérique, ni logique : renvoi de NA

[Lokhtar]

Quand je tape une demande de colonne il me donne ca :

x[,2]
x[,2]
[1] 1,01 0,88 0,79 0,67 0,77 1,24 0,75 0,98 0,67 1,55 1,00 0,65 2,30 1,60 0,80 1,21 1,28 1,43 0,98 1,49 0,65 0,94 0,86 1,35
[25] 0,75 1,30 1,22 1,34 1,23 0,92 0,85 0,83 0,49 1,22 1,24 0,89 0,69 0,79 0,89 1,22 0,56
32 Levels: 0,49 0,56 0,65 0,67 0,69 0,75 0,77 0,79 0,80 0,83 0,85 0,86 0,88 0,89 0,92 0,94 0,98 1,00 1,01 1,21 ... 2,30

Plusieurs choses me font bizarre : le "32 Levels" et les "...", ca doit être à cause de l'un ou l'autre qu'il me dit que mes arguments ne sont aps numérique mais j'arrive pas à changer ca.

Désolé pour le double post

[pitipoisson]

Bonsoir,

C'est parce que le séparateur décimal de R est le "."
Tu devrais très simplement régler ça en ajoutant un argument à ton read.table

Code :

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1
2
x <- read.table('C:/Documents and Settings/Administrateur/Mes documents/projet tutore/Lung.ods', 
                header=TRUE, sep=';', row.names=1, dec=".")

ou peut-être plus simplement encore en utilisant read.cvs2()

Deux/trois petites remarques pour améliorer la lisibilité du code

• préférer "<-" à "=" pour les assignations
• ne pas hésiter à mettre des espaces et des sauts à la ligne dans une même commande pour aérer
• en fait ça faisait que deux remarques !

[Lokhtar]

Excusez moi, je me rend compte que mes commandes doivent être désagréable a lire pour des habitués^^

Bon sinon cette explication semblait tenir la route malheureusement ca n'a rien changé


étrangement la fonction "mean" marche pour l'age et pour la Localité (ce qui est totalement inutile pour ce dernier)

[pitipoisson]

Bon sinon cette explication semblait tenir la route malheureusement ca n'a rien changé

J'imagine qu'il s'agit du fichier excel exporté en texte (je suis un peu étonné de l'extension .ods, mais la fonction arrive à récupérer des données... alors ça doit être ça).
Vérifie dans le fichier que la colonne en question a bien été exportée en numérique (sans "). Sinon, le problème vient peut-être du format de cellule (nombres > texte).

[Lokhtar]

Enfait ta première réponse était quasiment la bonne !

Il fallait écrire :

dec=","

et pas

dec="."

puisque comme dit précédement c'est le moyen de séparateur par défaut de R ^^

c'est toujours ce genre d'erreur qui sont pénible :p

[pitipoisson]

Rhôôoo, comment j'ai pû envoyer une annerie comme ça
Je les cumule en ce moment.

Mea culpa

[Lokhtar]

Bon, après un petit moment de silence, à nouveau nous avons un problème :

On arrive pas à faire un barplot de la variation de LCI en fonction de la localité

LCIvariation=as.data.frame(as.matrix(x[,3]-x[,2]))

names(LCIvariation)='LCIvariation'

a=cbind(x,LCIvariation) jusque la tout va bien j'ai rajouter la colonne

> barplot(a[,2]~a[,8])

Erreur dans barplot.default(a[, 8] ~ a[, 2]) là c'est le drame^^
'height' doit être un vecteur ou une matrice