Benchmark hireswallclock 2

**Jasmine80** · 02/04/2009, 12h00

Voici mon code

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
#nom des programmes testés : stop_codon_count.pl, stop_codon_count2.pl, stop_codon_count3.pl
 
# compter le nombre de codons stop dans mes 6 cadres de lecture
 
 
use strict;
use warnings;
 
 
use Benchmark qw(cmpthese) ;
use Bio::SeqIO; 
use List::AllUtils qw(indexes min);
 
 
 
cmpthese (10000, {
 
	'stop_codon' => q{
 
			# clé : id   valeur : seq
			my %seq;
 
 
			# fichier au format fasta contenant les séquences à analyser
			my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => "P:/Perl/scripts2/Files/seq.txt", '-format' => 'Fasta');
 
			# récupération des séquences du fichier
			while ( my $dna = $in->next_seq()){
			    # séquence du fichier	
			    $seq{$dna->primary_id} = $dna->seq;
 
			    warn "BASES DEGENEREES POUR $dna->primary_id\n", if ($dna->seq !~ m/^[ATCG]+$/i)
			}
 
			while (my ($id, $sequence) = each %seq) {
 
				# récupération de sa séquence revcom
				my $revcom = reverse($sequence);
				$revcom =~ tr/ACGTRYKMHDVBacgtrykmhdvb/TGCAYRMKDHBVtgcayrmkdhbv/;
 
				my @triplets_cadre1 = $sequence =~ m/([A-Z]{3})/gi; 
				my @triplets_cadre2 = substr ($sequence, 1) =~ m/([A-Z]{3})/gi;       
				my @triplets_cadre3 = substr ($sequence, 2) =~ m/([A-Z]{3})/gi;  
				my @triplets_cadre4 = $revcom =~ m/([A-Z]{3})/gi; 
				my @triplets_cadre5 = substr ($revcom, 1) =~ m/([A-Z]{3})/gi;   	    
				my @triplets_cadre6 = substr ($revcom, 2) =~ m/([A-Z]{3})/gi;   
 
				# map {print "$_\n";} @triplets_cadre1;
				# compte du nombre de codons stop 
				my ($stop_cadre1, $stop_cadre2, $stop_cadre3, $stop_cadre4, $stop_cadre5, $stop_cadre6);
				map{  if ($_ =~ m/(TAA|TAG|TGA)/gi ){$stop_cadre1 ++;}  } @triplets_cadre1;
				map{  if ($_ =~ m/(TAA|TAG|TGA)/gi ){$stop_cadre2 ++;}  } @triplets_cadre2;
				map{  if ($_ =~ m/(TAA|TAG|TGA)/gi ){$stop_cadre3 ++;}  } @triplets_cadre3;
				map{  if ($_ =~ m/(TAA|TAG|TGA)/gi ){$stop_cadre4 ++;}  } @triplets_cadre4;
				map{  if ($_ =~ m/(TAA|TAG|TGA)/gi ){$stop_cadre5 ++;}  } @triplets_cadre5;
				map{  if ($_ =~ m/(TAA|TAG|TGA)/gi ){$stop_cadre6 ++;}  } @triplets_cadre6;
 
				my @stop_count = ($stop_cadre1, $stop_cadre2, $stop_cadre3, $stop_cadre4, $stop_cadre5, $stop_cadre6);
 
				# recherche du nombre de codons stop minimum
				my $min_stop_count = min (@stop_count);
 
				# vérification que le nombre minimum de stop est inférieur à 2 
				warn "ERREUR¨POUR $id, \$min_stop_count = $min_stop_count\n", if($min_stop_count > 1);
 
				# recherche de l'indexe de l'élément de la liste possédant le nombre minimum de stop
				my @min_indexes = indexes { $_ == $min_stop_count } @stop_count;
 
				# vérification qu'un seul élément possède le nombre minimal de stop
				warn "ERREUR¨POUR $id, \$min_stop_count = $min_stop_count\t\@min_indexes = @min_indexes\n", if( @min_indexes > 1);
 
				# print "$id\tcadre1\t$stop_cadre1\n";
				# print "$id\tcadre2\t$stop_cadre2\n";
				# print "$id\tcadre3\t$stop_cadre3\n";
				# print "$id\tcadre1 revcom\t$stop_cadre4\n";
				# print "$id\tcadre2 revcom\t$stop_cadre5\n";
				# print "$id\tcadre3 revcom\t$stop_cadre6\n";
 
 
				# si le cadre de lecture se trouve dans la séquence revcom
				# c'est donc que $min_indexes[0] vaut 4, 5 ou 6
				# cela signifie que $sequence est dans le sens 3'->5'
				# on la remet donc dans le sens 5'->3'
				# if ($min_indexes[0] > 3){
				# 	print "UPDATE avec \$revcom\n";
				# }
			}
 
	},
 
	'stop_codon2' => q{
			# clé : id   valeur : seq
			my %seq;
 
 
			# fichier au format fasta contenant les séquences à analyser
			my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => "P:/Perl/scripts2/Files/seq.txt", '-format' => 'Fasta');
 
			# récupération des séquences du fichier
			while ( my $dna = $in->next_seq()){
			    # séquence du fichier	
			    $seq{$dna->primary_id} = $dna->seq;
 
			    warn "BASES DEGENEREES POUR $dna->primary_id\n", if ($dna->seq !~ m/^[ATCG]+$/i)
			}
 
			while (my ($id, $sequence) = each %seq) {
 
				# récupération de sa séquence rev et non com
				my $rev = reverse($sequence);
				my $seq_length = length($sequence);
 
				# on ne passe pas par la séquence complémentaire, on travaille seulement avec la reverse
				# au lieu de chercher	TAA	On doit rechercher ATT
				#			TAG			   ATC		
				#			TGA			   ACT
 
 
				my @triplets_cadre1 = $sequence =~ m/([A-Z]{3})/gi; 
				my @triplets_cadre2 = substr ($sequence, 1) =~ m/([A-Z]{3})/gi;       
				my @triplets_cadre3 = substr ($sequence, 2) =~ m/([A-Z]{3})/gi;  
				my @triplets_cadre4 = $rev =~ m/([A-Z]{3})/gi; 
				my @triplets_cadre5 = substr ( $rev, - ($seq_length - 1) ) =~ m/([A-Z]{3})/gi;   	    
				my @triplets_cadre6 = substr ( $rev, - ($seq_length - 2) ) =~ m/([[A-Z]{3})/gi;   
 
				# compte du nombre de codons stop 
				my ($stop_cadre1, $stop_cadre2, $stop_cadre3, $stop_cadre4, $stop_cadre5, $stop_cadre6);
				map{  if ($_ =~ m/(TAA|TAG|TGA)/gi ){$stop_cadre1 ++;}  } @triplets_cadre1;
				map{  if ($_ =~ m/(TAA|TAG|TGA)/gi ){$stop_cadre2 ++;}  } @triplets_cadre2;
				map{  if ($_ =~ m/(TAA|TAG|TGA)/gi ){$stop_cadre3 ++;}  } @triplets_cadre3;
				map{  if ($_ =~ m/(ATT|ATC|ACT)/gi ){$stop_cadre4 ++;}  } @triplets_cadre4;
				map{  if ($_ =~ m/(ATT|ATC|ACT)/gi ){$stop_cadre5 ++;}  } @triplets_cadre5;
				map{  if ($_ =~ m/(ATT|ATC|ACT)/gi ){$stop_cadre6 ++;}  } @triplets_cadre6;
 
				my @stop_count = ($stop_cadre1, $stop_cadre2, $stop_cadre3, $stop_cadre4, $stop_cadre5, $stop_cadre6);
 
				# recherche du nombre de codons stop minimum
				my $min_stop_count = min (@stop_count);
 
				# vérification que le nombre minimum de stop est inférieur à 2 
				warn "ERREUR¨POUR $id, \$min_stop_count = $min_stop_count\n", if($min_stop_count > 1);
 
				# recherche de l'indexe de l'élément de la liste possédant le nombre minimum de stop
				my @min_indexes = indexes { $_ == $min_stop_count } @stop_count;
 
				# vérification qu'un seul élément possède le nombre minimal de stop
				warn "ERREUR¨POUR $id, \$min_stop_count = $min_stop_count\t\@min_indexes = @min_indexes\n", if( @min_indexes > 1);
 
				# print "$id\tcadre1\t$stop_cadre1\n";
				# print "$id\tcadre2\t$stop_cadre2\n";
				# print "$id\tcadre3\t$stop_cadre3\n";
				# print "$id\tcadre1 revcom\t$stop_cadre4\n";
				# print "$id\tcadre2 revcom\t$stop_cadre5\n";
				# print "$id\tcadre3 revcom\t$stop_cadre6\n";
 
 
				# si le cadre de lecture se trouve dans la séquence revcom
				# c'est donc que $min_indexes[0] vaut 4, 5 ou 6
				# cela signifie que $sequence est dans le sens 3'->5'
				# on la remet donc dans le sens 5'->3'
				# if ($min_indexes[0] > 3){
				# 	print "UPDATE avec \$revcom\n";
				# }
			}
	},
 
	'stop_codon3' => q{	
			# clé : id   valeur : seq
			my %seq;
 
 
			# fichier au format fasta contenant les séquences à analyser
			my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => "P:/Perl/scripts2/Files/seq.txt", '-format' => 'Fasta');
 
			# récupération des séquences du fichier
			while ( my $dna = $in->next_seq()){
			    # séquence du fichier	
			    $seq{$dna->primary_id} = $dna->seq;
 
			    warn "BASES DEGENEREES POUR $dna->primary_id\n", if ($dna->seq !~ m/^[ATCG]+$/i)
			}
 
			while (my ($id, $sequence) = each %seq) {
 
				# récupération de sa séquence rev et non com
				my $seq_length = length($sequence);
 
				# on ne passe pas par la séquence complémentaire, on travaille seulement avec la reverse
				# au lieu de chercher	TAA	On doit rechercher ATT
				#			TAG			   ATC		
				#			TGA			   ACT
 
 
				# exemple pour la séquence ATGTCATGGGC
 
				my @triplets_cadre1 = $sequence =~ m/([A-Z]{3})/gi; 
				# ATG TCA TGG
				# découpe 3 par 3 en commençant par le début de le premier nucléotide chaîne
 
 
				pos($sequence) = 1;
				my @triplets_cadre2 = $sequence =~ m/([A-Z]{3})/gi; 
				# TGT CAT GGG
				# découpe 3 par 3 en commençant par le début de le deuxième nucléotide chaîne
 
				pos($sequence) = 2;
				my @triplets_cadre3 = substr ($sequence, 2) =~ m/([A-Z]{3})/gi;   
				# GTC ATG GGC
				# découpe 3 par 3 en commençant par le début de le troisième nucléotide chaîne
 
				pos($sequence) = (length $sequence) % 3;
				my @triplets_cadre4 = $sequence =~ m/([A-Z]{3})/gi;
				# GTC ATG GGC
				# découpe 3 par 3 en en commençant pas le xième nucléotide de la chaîne afin que le 
				# dernier nucléotide du dernier triplet soit le dernier nucléotide de la chaîne de départ
 
				pos($sequence) = ( (length $sequence) - 1) % 3;
				my @triplets_cadre5 =  $sequence  =~ m/([A-Z]{3})/gi;
				# TGT CAT GGG
				# découpe 3 par 3 en en commençant pas le xième nucléotide de la chaîne afin que le 
				# dernier nucléotide du dernier triplet soit l'avant dernier nucléotide de la chaîne de départ
 
				pos($sequence) = ( (length $sequence) - 2) % 3;
				my @triplets_cadre6 = $sequence =~ m/([[A-Z]{3})/gi;   
				# ATG TCA TGG
				# découpe 3 par 3 en en commençant pas le xième nucléotide de la chaîne afin que le 
				# dernier nucléotide du dernier triplet soit l'antépénultième nucléotide de la chaîne de départ
 
				# compte du nombre de codons stop 
				my ($stop_cadre1, $stop_cadre2, $stop_cadre3, $stop_cadre4, $stop_cadre5, $stop_cadre6);
				map{  if ($_ =~ m/(TAA|TAG|TGA)/gi ){$stop_cadre1 ++;}  } @triplets_cadre1;
				map{  if ($_ =~ m/(TAA|TAG|TGA)/gi ){$stop_cadre2 ++;}  } @triplets_cadre2;
				map{  if ($_ =~ m/(TAA|TAG|TGA)/gi ){$stop_cadre3 ++;}  } @triplets_cadre3;
				map{  if ($_ =~ m/(TTA|CTA|TCA)/gi ){$stop_cadre4 ++;}  } @triplets_cadre4;
				map{  if ($_ =~ m/(TTA|CTA|TCA)/gi ){$stop_cadre5 ++;}  } @triplets_cadre5;
				map{  if ($_ =~ m/(TTA|CTA|TCA)/gi ){$stop_cadre6 ++;}  } @triplets_cadre6;
 
				my @stop_count = ($stop_cadre1, $stop_cadre2, $stop_cadre3, $stop_cadre4, $stop_cadre5, $stop_cadre6);
 
				# recherche du nombre de codons stop minimum
				my $min_stop_count = min (@stop_count);
 
				# vérification que le nombre minimum de stop est inférieur à 2 
				warn "ERREUR¨POUR $id, \$min_stop_count = $min_stop_count\n", if($min_stop_count > 1);
 
				# recherche de l'indexe de l'élément de la liste possédant le nombre minimum de stop
				my @min_indexes = indexes { $_ == $min_stop_count } @stop_count;
 
				# vérification qu'un seul élément possède le nombre minimal de stop
				warn "ERREUR¨POUR $id, \$min_stop_count = $min_stop_count\t\@min_indexes = @min_indexes\n", if( @min_indexes > 1);
 
				# print "$id\tcadre1\t$stop_cadre1\n";
				# print "$id\tcadre2\t$stop_cadre2\n";
				# print "$id\tcadre3\t$stop_cadre3\n";
				# print "$id\tcadre1 revcom\t$stop_cadre4\n";
				# print "$id\tcadre2 revcom\t$stop_cadre5\n";
				# print "$id\tcadre3 revcom\t$stop_cadre6\n";
 
 
				# si le cadre de lecture se trouve dans la séquence revcom
				# c'est donc que $min_indexes[0] vaut 4, 5 ou 6
				# cela signifie que $sequence est dans le sens 3'->5'
				# on la remet donc dans le sens 5'->3'
				# if ($min_indexes[0] > 3){
				# 	print "UPDATE avec \$revcom\n";
				# }
			}
 
 
	},
});

et le résultat :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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             Rate  stop_codon stop_codon2 stop_codon3
stop_codon  125/s          --         -6%         -9%
stop_codon2 133/s          6%          --         -4%
stop_codon3 138/s         10%          4%          --

Comme attendu, c'est de plus en plus performant suivant les versions du programme.

... mais bon, je ne gagne presque rien sur 3 * 10.000 séquences.

Comment dois-je faire afin d'utiliser hireswallclock?

Si je charge simplement

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

use Benchmark ':hireswallclock';

J'obtiens l'erreur

Undefined subroutine &main::cmpthese called at Benchmark.pl line 15.

Je suis donc obligée d'utiliser

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

use Benchmark qw(cmpthese) ;

Merci,

**Jedai** · 02/04/2009, 12h35

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

use Benchmark qw(cmpthese :hireswall);

ou :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

use Benchmark ("cmpthese", ":hireswall");

(c'est la même chose).

En fait les arguments après le nom du module sont passés à la routine import() du package en question, en général c'est la routine héritée directement du module Exporter, mais certains modules modifie un peu leur routine d'import() comme Benchmark ici (":hireswall" fait quelque chose de non standard : il ne s'agit pas que d'importer des symbole dans le package main:: ).

--
Jedaï

**Jasmine80** · 02/04/2009, 12h47

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

use Benchmark qw(cmpthese :hireswall);

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

use Benchmark ("cmpthese", ":hireswall");

me renvoie tous deux l'erreur

"hireswall" is not defined in %Benchmark::EXPORT_TAGS at Benchmark.pl line 12
Can't continue after import errors at C:/Perl/lib/Benchmark.pm line 467
BEGIN failed--compilation aborted at Benchmark.pl line 12.

**Jasmine80** · 02/04/2009, 12h49

Avec :hireswallclock au lieu de :hireswall

use Benchmark qw(cmpthese :hireswallclock);

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

use Benchmark ("cmpthese", ":hireswallclock");

Renvoient l'erreur :

String found where operator expected at Benchmark.pl line 14, near "qw(indexes min) ':hireswallclock'"
syntax error at Benchmark.pl line 14, near "qw(indexes min) ':hireswallclock'"
Execution of Benchmark.pl aborted due to compilation errors.

**Jasmine80** · 02/04/2009, 13h07

voila, j'ai trouvé, ce sont les 2 points qui posaient problème ... mais pourquoi?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

use Benchmark ('cmpthese', ':hireswallclock');

**Jedai** · 02/04/2009, 15h28

Cette syntaxe marche parfaitement bien :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

use Benchmark qw(cmpthese :hireswallclock);

La première erreur pointe correctement le fait que :hireswall n'est pas un tag acceptable, mais la seconde erreur :

String found where operator expected at Benchmark.pl line 14, near "qw(indexes min) ':hireswallclock'"
syntax error at Benchmark.pl line 14, near "qw(indexes min) ':hireswallclock'"
Execution of Benchmark.pl aborted due to compilation errors.

reflète probablement une erreur ailleurs que sur la ligne d'import de Benchmark (la ligne 14 "qw(indexes min) ':hireswallclock'" n'a clairement rien à voir avec les deux syntaxes que je t'ai montré).

--
Jedaï

**Jasmine80** · 02/04/2009, 15h35

Envoyé par Jedai

Cette syntaxe marche parfaitement bien :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

use Benchmark qw(cmpthese :hireswallclock);

La première erreur pointe correctement le fait que :hireswall n'est pas un tag acceptable, mais la seconde erreur :

reflète probablement une erreur ailleurs que sur la ligne d'import de Benchmark (la ligne 14 "qw(indexes min) ':hireswallclock'" n'a clairement rien à voir avec les deux syntaxes que je t'ai montré).

--
Jedaï

Tu as raison, désolée pour ce dernier message. Je me suis trompée en écrivant un hireswallclock au mauvais endroit, près du chargement du module List::AllUtils qui n'a rien à voir.

Merci beaucoup pour ton aide.

Benchmark hireswallclock 2

Langage Perl

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