Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

Quand j'exécute certains scripts, j'obtiens parfois des messages tels que :

Subroutine AUTOLOAD redefined at C:/Perl/site/lib/Time/HiRes.pm line 30.
Subroutine import redefined at C:/Perl/site/lib/Time/HiRes.pm line 48.
Subroutine tv_interval redefined at C:/Perl/site/lib/Time/HiRes.pm line 69.

Ce n'est pas sur la sortie standard, c'est la même sortie que celle des messages de warn(), comment s'appelle cette sortie, est STDERR? Comment puis-je supprimer ces messages (et si possible pas ceux de mes warn())?


Merci,

[Jasmine80]

Perldoc n'est pas très généreux sur la documentation au sujet de STDERR

Search results

Results for your query "STDERR" were found in the following sections:
FAQs

* How can I capture STDERR from an external command?

... quel tutoriel puis-je lire?

Merci,

[Jedai]

STDERR est la sortie standard d'erreur, elle fait partie des trois handles distribués à tout processus par l'OS (entrée standard, sortie standard, sortie d'erreur). J'aimerais bien voir le code qui provoque ces warnings, a priori ils peuvent être supprimé en ajoutant "no warnings qw/redefine/;" avant, mais peut-être s'agit-il d'un warning légitime.

--
Jedaï

[Jasmine80]

Ce message d'erreur venait du script où j'essayais d'utiliser la fonction :hireswallclock avec le module Benchmark::Stopwatch.

Comment sait-on si un message est légitime? Quand c'est une redéfinition de localisation, cela peut-il être un message dont on doit tenir compte?


Par exemple pour ce script, j'ai systématiquement

-------------------- WARNING ---------------------
MSG: [NC_002655] is not a normal sequence database but a RefSeq entry. Redirecting the request.

---------------------------------------------------
Subroutine new redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Simple.pm line 80, <GEN1> line 49.
Subroutine start redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Simple.pm line 102, <GEN1> line 49.
Subroutine end redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Simple.pm line 128, <GEN1> line 49.
Subroutine length redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Simple.pm line 165, <GEN1> line 49.
Subroutine location_type redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Simple.pm line 256, <GEN1> line 49.
Subroutine to_FTstring redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Simple.pm line 303, <GEN1> line 49.
Subroutine trunc redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Simple.pm line 334, <GEN1> line 49.
Subroutine new redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 91, <GEN1> line 124.
Subroutine each_Location redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 123, <GEN1> line 124.
Subroutine sub_Location redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 152, <GEN1> line 124.
Subroutine add_sub_Location redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 221, <GEN1> line 124.
Subroutine splittype redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 245, <GEN1> line 124.
Subroutine is_single_sequence redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 273, <GEN1> line 124.
Subroutine guide_strand redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 298, <GEN1> line 124.
Subroutine strand redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 326, <GEN1> line 124.
Subroutine flip_strand redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 367, <GEN1> line 124.
Subroutine start redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 388, <GEN1> line 124.
Subroutine end redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 407, <GEN1> line 124.
Subroutine min_start redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 426, <GEN1> line 124.
Subroutine max_start redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 448, <GEN1> line 124.
Subroutine start_pos_type redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 471, <GEN1> line 124.
Subroutine min_end redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 492, <GEN1> line 124.
Subroutine max_end redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 515, <GEN1> line 124.
Subroutine end_pos_type redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 539, <GEN1> line 124.
Subroutine seq_id redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 565, <GEN1> line 124.
Subroutine to_FTstring redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Split.pm line 611, <GEN1> line 124.
Subroutine new redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Fuzzy.pm line 134, <GEN1> line 218.
Subroutine location_type redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Fuzzy.pm line 161, <GEN1> line 218.
Subroutine start redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Fuzzy.pm line 223, <GEN1> line 218.
Subroutine end redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Fuzzy.pm line 250, <GEN1> line 218.
Subroutine min_start redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Fuzzy.pm line 277, <GEN1> line 218.
Subroutine max_start redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Fuzzy.pm line 296, <GEN1> line 218.
Subroutine start_pos_type redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Fuzzy.pm line 316, <GEN1> line 218.
Subroutine min_end redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Fuzzy.pm line 346, <GEN1> line 218.
Subroutine max_end redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Fuzzy.pm line 365, <GEN1> line 218.
Subroutine end_pos_type redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Fuzzy.pm line 385, <GEN1> line 218.
Subroutine to_FTstring redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Fuzzy.pm line 456, <GEN1> line 218.
Subroutine _fuzzypointdecode redefined at C:/Perl/site/lib/Bio\Location\Fuzzy.pm line 557, <GEN1> line 218.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
 
use Bio::DB::GenBank;
 
 
 
my @request = qw (NC_002655 EU146964 EF064820 EF064819);
 
 
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
 
foreach my $acc (@request){
    # Recherche dans Genbank
    #--------------------------
    my $info = $gb->get_Seq_by_acc($acc);
    my $seq = $info->seq();
    print $acc." : ".length($seq)." nucléotides\n";
}

... alors que je n'utilise même pas le pragma warnings.


Merci pour ton aide.