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| #!/usr/bin/perl
#nom du programme : traduction.pl
#but : lire la séquence nucléique, l'organiser en une seule chaîne de caractères, faire la réverse complémentaire et traduction des deux dans les 3 cadres de lectures respectifs.
use strict;
use warnings;
use myCodonTable;
# print "Entrer le nom du fichier à ouvrir : ";
# $fich_seq = <STDIN>;
my $fich_seq = "/home/seq.fan";
chomp $fich_seq;
unless (open (FICH_SEQ, $fich_seq)) {
print "Error 0 : L'ouverture du fichier $fich_seq a échoué.\n";
exit;
}
my @seq;
my $index = -1;
while ( my $ligne = <FICH_SEQ> ) {
$ligne =~ s/\s//g;
if ($ligne =~ />.*/) {
$index++;
$seq[$index] = "$ligne";
$index++;
} else {
$seq[$index] .= $ligne;
}
}
close FICH_SEQ;
my $prot = Bio::Tools::CodonTable->new(); #création d'un objet vide qui contiendra les séquences protéiques à la fin
my $titreSeq = '';
open(FICHIER, ">>/home/seq.prot") or die ("Error1: $!"); #ouverture du fichier où seront stockées les séquences protéiques
foreach my $ligneSequence (@seq) {
if ($ligneSequence =~ />.*/) {
# récupération du titre de la séquence à traiter
$titreSeq = $ligneSequence;
}
else {
my $aa = ''; #je déclare la variable scalaire vide qui contiendra le résultat de la traduction cadre 1
for (my $position = 0; $position < length $ligneSequence; $position += 3)
#je lis par triplets à partir de la 1re base
{
$aa .= $prot -> translate (substr ( $ligneSequence, $position, 3)); #je traduis et stocke dans la protéine
}
print FICHIER $titreSeq."_1\n"; #j'écris le titre de chaque séquence en indiquant le cadre
print FICHIER $aa."\n"; #j'écris la séquence elle-même
my $aa1 = '';
for (my $position = 1; $position < length $ligneSequence; $position += 3)
#je lis par triplets à partir de la 2nde base
{
$aa1 .= $prot -> translate (substr ( $ligneSequence, $position, 3)); #je traduis et stocke dans la protéine
}
print FICHIER $titreSeq."_2\n";
print FICHIER $aa1."\n";
my $aa2 = '';
for (my $position = 2; $position < length $ligneSequence; $position += 3)
#je lis par triplets à partir de la 3e base
{
$aa2 .= $prot -> translate (substr ( $ligneSequence, $position, 3)); #je traduis et stocke dans la protéine
}
print FICHIER $titreSeq."_3\n";
print FICHIER $aa2."\n";
}
}
close FICHIER;
#Le fichier ainsi créé contient les séquences protéiques issues de la traduction du brin "sens".
###
# my aaR = nom générique pour les séquences protéiques issues de la traduction du brin inverse complémentaire
#Traitement de la séquence révcomplémentaire :
my $protR = Bio::Tools::CodonTable->new(); #création d'un objet vide qui contiendra les séquences protéiques à la fin
my $titreSeqR = ''; #variable scalaire vide devant contenir le nom de chaque séquence
#ouverture du fichier où seront stockées les séquences protéiques résultants de la traduction de la revcomplémentaire :
open(FICHIER, ">>/home/seqR.prot");
foreach my $ligneSequence (@seq) {
if ($ligneSequence =~ />.*/) {
# récupération du titre de la séquence à traiter
$titreSeqR = $ligneSequence;
}
else {
my $aaR = '';
my $invseq = reverse $ligneSequence;
$invseq =~ tr/acgtACGT/tgcaTGCA/;
# traitement sur $invseq : lecture par triplets :
for (my $positionR = 0; $positionR < length $invseq; $positionR += 3) #je lis par triplets
{
$aaR .= $protR -> translate (substr ($invseq, $positionR, 3)); #je traduis et stocke dans la protéine
}
print FICHIER $titreSeqR."_-1\n";
print FICHIER $aaR."\n";
my $aaR1 = '';
$invseq = reverse $ligneSequence;
$invseq =~ tr/acgtACGT/tgcaTGCA/;
# traitement sur $invseq : lecture par triplets :
for (my $positionR = 1; $positionR < length $invseq; $positionR += 3) #je lis par triplets
{
$aaR1 .= $protR -> translate (substr ($invseq, $positionR, 3)); #je traduis et stocke dans la protéine
}
print FICHIER $titreSeqR."_-2\n";
print FICHIER $aaR1."\n";
my $aaR2 = '';
$invseq = reverse $ligneSequence;
$invseq =~ tr/acgtACGT/tgcaTGCA/;
# traitement sur $invseq : lecture par triplets :
for (my $positionR = 2; $positionR < length $invseq; $positionR += 3) #je lis par triplets
{
$aaR2 .= $protR -> translate (substr ($invseq, $positionR, 3)); #je traduis et stocke dans la protéine
}
print FICHIER $titreSeqR."_-3\n";
print FICHIER $aaR2."\n";
}
}
close FICHIER; |
problème d'un mélange de séquences
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.
Envoyé par Jasmine80
, FAQ et tutos avant de poster, 
et 
!
).
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