Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,


Pourriez-vous m'aider à comprendre les messages suivants :

-------------------- WARNING ---------------------
MSG: Unbalanced quote in:
/locus_tag="YPTS_2155"
/EC_number="5.99.1.2"
/note="KEGG: ypp:YPDSF_0969 DNA topoisomerase III;
TIGRFAM: DNA topoisomerasError: 186696370 is not available at this time.No further qualifiers will be added for this feature
---------------------------------------------------

Use of uninitialized value in concatenation (.) or string at C:/Perl/site/lib/Bio\SeqIO\genbank.pm line 581, <GEN3> line 2177255.

-------------------- WARNING ---------------------
MSG: Unexpected error in feature table for Skipping feature, attempting to recover
---------------------------------------------------

Je récupère des données de GenBank (une banque de données en ligne) via le module Bio:B::GenBank. Je formate puis insère ces informations dans MySQL via le module DBI. Les données sont récupérées du net sous la forme d'un objet dont j'extrais ce qui m'intéresse.

Merci,

[djibril]

TIGRFAM: DNA topoisomerasError: 186696370 is not available at this time.No further qualifiers will be added for this feature

Tu as cherché à récupérer les informations de cette espèce avec quel gi ou accession number ?
Car pour cette accession, peut être qu'il n'y a pas de fichier genbank!!

[Jasmine80]

Je n'utilise ni le Gi, ni l'accession mais une requête plus complexe :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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foreach my $genus (@genus_list){
	my $req =  "$genus [organism] carbamoyl phosphate NOT shotgun"; 
 
	my $query = Bio::DB::Query::GenBank->new(-db=>"nucleotide",
					    -query=> $req,
					    );
 
	my $count = $query->count;
	print $genus." tot : $count\n";
 
	my $stream = $gb->get_Stream_by_query($query);
 
	while( my $seq = $stream->next_seq ){

Je pense que le problème ne vient pas de la requête posée mais du contenu ou de la structure d'un des objets récupérés ... il n'y a peut-être rien à faire.

Qu'est-ce qu'un Unbalanced quote, est-ce un quote non 'fermé' ?


Merci pour ton aide,