interroger base de données et récupérer la réponse

**Le vagabond** · 10/02/2009, 11h51

Bonjour,

Tout d' abord veuillez m' excuser pour mon vocabulaire pas très informatique,
j'espère tout de même être compréhensible.

Voilà ma question :
Via une page web j'accède à une base de données de séquences protéiques. Pour récupérer une séquence voulu, je rentre un "access number" dans un champs et le site me renvoie une séquence qui correspond à ma protéine.

Je voudrais donc savoir comment je fais ça avec python , car après je vais
l'automatiser.
J' ai déjà chercher sur le web, le module qui correspond , sans succès.

Merci

**Desintegr** · 10/02/2009, 12h15

Le seul moyen d'accès à ces données est cette page Web ?

Si oui, tu peux peut-être utiliser le module urllib2 [1] ou mechanize [2] selon la difficulté d'accès aux données et de navigation dans la page.

Sinon, tu peux toutefois utiliser des techniques plus adaptées (XML-RPC, SOAP, accès direct à la base de données, ...) si le site le permet.

[1] http://docs.python.org/library/urllib2.html
[2] http://wwwsearch.sourceforge.net/mechanize/

**Le vagabond** · 10/02/2009, 13h38

je ne sais pas si c'est le seul moyen d'accés, je regarde ta doc

merci

**Le vagabond** · 10/02/2009, 18h02

ça m' a l' air trop compliqué , ce que je veux faire est beaucoup plus simple , il y a bien biopython mais je ne sais pas pourquoi il me parle à chauqe fois de parsing.