problème de remplissage de table

**Jasmine80** · 05/02/2009, 12h01

Bonjour,

J'ai un problème avec le script suivant :

Script :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# récupération de l'id clé primaire de la table fungi2 ainsi que du champ accession
my $sql0 = "SELECT id, accession FROM fungi2";
my $sth0 = $dbh->prepare($sql0) or print "erreur de preparation SQL\n";
$sth0->execute or die "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?";
 
 
while (my @row = $sth0->fetchrow_array){
 
	my $ID = $row[0];
	my $ACC = $row[1];
 
	# séparation des accessions
	my @acc_list = split (/ /, $ACC);
 
	for my $i (0...$#acc_list){
 
		# 1 accesion = 1 entrée de la table fungi2_accessions
		# clé primaire de fungi2_consensus = nombre autoincrémenté (num)
		# champ id de fungi2_consensus = FK liée à PK id de fungi2
		my $sql1 = "INSERT INTO fungi2_accessions VALUES ('', '$ID', '$acc_list[$i]')";
		my $sth1 = $dbh->prepare($sql1) or print "erreur de preparation SQL\n";
		$sth1->execute or die "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?";
		$sth1->finish;
	}
 
}
$sth0->finish;

Lors du remplissage, voici l'erreur qui apparait :

mysql::st execute failed: Duplicata du champ '32767' pour la clef 1 at rempissage_fungi2_accessions.pl line 42.
Could not execute SQL statement ... maybe invalid? at rempissage_fungi2_accessions.pl line 42.

Aperçu des 2 tables

Problème
Pour l'id 32767 qui n'a qu'un accession dans la table fungi2 et ne devrait donc n'avoir qu'une seule entrée dans fungi2_accessions, le script en crée 2138. Ce qui est étrange, c'est que tout se passe bien lors du remplissage des premières entrées. (cf image)

Une autre remarque mais pas vraiment dérangeante est qu'il commence le remplissage de fungi2_accessions avec un 'Num' à 5 au lieu de 1 (pour le premier id '1')... alors que Num est de type SMALLINT(3) NOT NULL AUTOINCREMENT.

Merci pour votre aide,

**djibril** · 05/02/2009, 12h33

voici ton script remodelé

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# récupération de l'id clé primaire de la table fungi2 ainsi que du champ accession
my $sql0 = "SELECT id, accession FROM fungi2";
my $sth0 = $dbh->prepare($sql0) or print "erreur de preparation SQL\n";
$sth0->execute or die "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?\nSELECT : $sql0\n";
 
 
while ( my @row = $sth0->fetchrow_array ) {
 
	my $ID = $row[0];
	my $ACC = $row[1];
 
	# séparation des accessions
	my @acc_list = split (/ /, $ACC);
 
	my $sql1 = "INSERT INTO fungi2_accessions VALUES (?, ?,?)";
	my $sth1 = $dbh->prepare($sql1) or print "erreur de preparation SQL\n";
	for my $i (0...$#acc_list){
 
		# 1 accesion = 1 entrée de la table fungi2_accessions
		# clé primaire de fungi2_consensus = nombre autoincrémenté (num)
		# champ id de fungi2_consensus = FK liée à PK id de fungi2
		$sth1->execute("NULL", $ID, $acc_list[$i]) or die "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?\nINSERT : $ID, $acc_list[$i]\n";
	}
 
}
$sth0->finish;

Je te conseil maintenant, si possible de vider tes tables.
De remettre les auto incrémentation à 0 ainsi :

Code sql :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ALTER TABLE fungi2_accessions AUTO_INCREMENT=0;
ALTER TABLE fungi2 AUTO_INCREMENT=0;

Et de relancer ton script et voir le résultat.

Peux tu nous montrer la structure des deux tables? Es tu sûr que les champs id sont uniques?

**Jasmine80** · 05/02/2009, 12h59

Merci pour ton aide.

Voici la dernière version de mon script mais je vais voir si je peux l'améliorer avec le tien. Mes id sont bien uniques (ce sont d'ailleurs les clés primaires de Fungi2).

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# récupération de l'id clé primaire de la table fungi2 ainsi que du champ accession
my $sql0 = "SELECT id, accession FROM fungi2";
my $sth0 = $dbh->prepare($sql0) or print "erreur de preparation SQL \$sql0\n";
$sth0->execute or die "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?";
 
 
# suppression de la table fungi2_consensus
$dbh->do("DROP TABLE IF EXISTS fungi2_accessions;")
    or die "Impossible de supprimer la table fungi2_accession\n\n";
 
# création de la table fungi2_consensus
my $SQLCreationTables = <<"SQL";
CREATE TABLE fungi2_accessions(
Num SMALLINT( 5 ) NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY ,
id INT(6) NOT NULL ,
Accession VARCHAR( 20 ) NOT NULL 
) ENGINE = InnoDB
SQL
 
$dbh->do($SQLCreationTables)
    or die "Impossible de creer la table fungi2_accessions\n\n";
 
 
while (my @row = $sth0->fetchrow_array){
 
	my $ID = $row[0];
	my $ACC = $row[1];
 
	# séparation des accessions
	my @acc_list = split (/ /, $ACC);
 
	# print "=> $ID\n$ACC\n$#acc_list\n";
 
	for my $i (0...$#acc_list){
 
		# 1 accesion = 1 entrée de la table fungi2_accessions
		# clé primaire de fungi2_consensus = nombre autoincrémenté (num)
		# champ id de fungi2_consensus = FK liée à PK id de fungi2
		my $sql2 = "INSERT INTO fungi2_accessions VALUES ('', '$ID', '$acc_list[$i]')";
		my $sth2 = $dbh->prepare($sql2) or print "erreur de preparation SQL \$sql2\n";
		$sth2->execute or die "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?";
		$sth2->finish;
	}
 
}
$sth0->finish;
 
 
 
 
# Déconnection à la base de données
$dbh->disconnect();

J'ai essayé la requête

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

SELECT id, accession FROM fungi2 WHERE id > 32766 AND id < 32770

résultat

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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      1 32767 EF641303 
      2 32767 AB051649 
      3 32767 EU057060

Je pensais avoir trouvé le problème, mon champ id de la table fungi2_consensus était un SMALLINT ... je l'ai remplacé par INT.

Avec id mis à INT( 5 )

le résultat de la même requête est correct

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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      1 32767 EF641303 
      2 32768 AB051649 
      3 32769 EU057060

Mais si je recommence avec l'entièreté de Fungi2, ça recoince à 32767 avec le même message d'erreur ... étrange.

Le problème doit venir du type de variable ou d'un problème de saturation.
... je vais déjà rajouter UNSIGNED pour les valeurs numériques.

Merci pour le script.

**Jasmine80** · 05/02/2009, 13h03

Structure de Fungi2

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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CREATE TABLE `test`.`fungi2` (
`Id` int( 3 ) NOT NULL AUTO_INCREMENT ,
`Organism` varchar( 50 ) default NULL ,
`Taxon` smallint( 10 ) default NULL ,
`Accession` text,
`Longueur` smallint( 5 ) default NULL ,
`Sequence` longtext,
`Date` date default NULL ,
PRIMARY KEY ( `Id` ) ,
KEY `Organism` ( `Organism` ) 
) ENGINE = InnoDB DEFAULT CHARSET = latin1;

**Jasmine80** · 05/02/2009, 13h13

Manuel MySQL

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Type 		Octets 	De 			A
TINYINT 	1 	-128 			127
SMALLINT 	2 	-32768 			32767
MEDIUMINT 	3 	-8388608 		8388607
INT 		4 	-2147483648 		2147483647
BIGINT 		8 	-9223372036854775808 	9223372036854775807

... et voila, SMALLINT sur 2 octet de -32768 à 32767 ... donc un SMALLINT UNSIGNED aura une zone de 0 à 65534 ce qui devrait me suffire.

**djibril** · 05/02/2009, 13h30

Mets tout à INT, pas besoin de se prendre le chou

**Jasmine80** · 05/02/2009, 13h44

Envoyé par djibril

Mets tout à INT, pas besoin de se prendre le chou

La perfection serait-elle donc vraiment l'ennemi du bien, comme ma grand-mère me l'a plusieurs fois répété?
Il est vrai que si j'avais mis INT partout sans me poser de question, je n'aurais jamais eu se problème

.

Dernière entrée :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

55021 58637 AM946490

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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	my $sql1 = "INSERT INTO fungi2_accessions VALUES (?, ?,?)";
	my $sth1 = $dbh->prepare($sql1) or print "erreur de preparation SQL\n";
	for my $i (0...$#acc_list){
 
		# 1 accesion = 1 entrée de la table fungi2_accessions
		# clé primaire de fungi2_consensus = nombre autoincrémenté (num)
		# champ id de fungi2_consensus = FK liée à PK id de fungi2
		$sth1->execute("NULL", $ID, $acc_list[$i]) or die "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?\nINSERT : $ID, $acc_list[$i]\n";
	}

A oui, ce sont les fameux placeholders ... ça me rappelle d'ailleurs que je n'ai pas fini de lire ton article sur DBI mais 2 projets viennent de me tomber dessus, je suis un peu débordée en ce moment.

... je retiens pour la prochaine fois, maintenant que la table est ENFIN faite et faite correctement, je n'y touche plus sauf pour créer mes clés étrangères.

Merci pour tes conseils,

problème de remplissage de table

SGBD Perl

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