Discussion :

[bougainville]

Bonjour à Tous,

Est ce que qqu'un connait un / des script(s) qui :

1- renomme les séquences d'un fichier au format fasta (idéalement pour nexus et phylip aussi)

puis après une analyse phylogénétique à partir de ce fichier renommé:

2- remplace dans le fichier newick final (arbre) les noms originaux des séquences.

Pourquoi ? il y a des progs de construction phylogénétique qui tronquent les noms des séquences et provoquent de sérieuses erreurs d'exécution.

Par avance 1000 mercis pour le coup de main.

Boug.

[Jasmine80]

1- renomme les séquences d'un fichier au format fasta (idéalement pour nexus et phylip aussi)

Renommer les identifiants des séquences selon quelle règle?
Voici un exemple de programme :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
use FileHandle;
use Bio::SeqIO;
 
# fichier d'entrée
my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => "chemin fichier", '-format' => 'Fasta');
# création du fichier de sortie
my $out = FileHandle->new(">chemin nouveau fichier");
 
# récupération une à une des séquences 
# id : $seq->display_id
# seq : $seq->seq
 
while ( my $seq = $in->next_seq()){
	# ajoute _modif à l'id actuel et écriture dans le fichier de sortie
	print $out ">".$seq->display_id."_modif\n".$seq->seq."\n";
}

Je ne les ai jamais utilisés mais je sais qu'il y a plusieurs modules en rapport avec Nexus et Phylip sur le CPAN.

Pourquoi ? il y a des progs de construction phylogénétique qui tronquent les noms des séquences et provoquent de sérieuses erreurs d'exécution.

Cela dépend (probablement) du nombre maximal de caractères autorisés dans le programme. Il suffit de connaître cette limite et d'y adapter ses identifiants.