Discussion :

[Zesouna]

Bonjour à tous,

J'ai fait un petit script qui déconne un peu et je pense savoir d'ou vient l'erreur mais je n'arrive pas à la corriger....

Voici le script :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
def cherchefreq(file1,file2,file3):
	f1=open(file1,'r')
	f2=open(file2,'r')
	f3=open(file3,'r')

		
	lines1=f1.readlines()
	linee=f2.readline()
	lines2=f2.readlines()
	lineee=f3.readline()
	lines3=f3.readlines()
	genes={}
	lib={}
	tag={}	 
	
	for line1 in lines1:
		l1=line1.split()
		tags=l1[1].split(',')
		genes[l1[0]]=tags
	print genes
	for line2 in lines2:
		l2=line2.split()
		tag[l2[0]]=[l2[1],l2[2]]
	print tag
	for line3 in lines3:
		l3=line3.split()
		lib[l3[0]]=[l3[5],l3[6],l3[2]]

	print lib
			
	genesval={}
	dict1={}
	for j in lib.keys():
		dict1.__setitem__(j,0)
	
		
	for i in genes:
		genesval[i]=dict1

	print genesval
	print genesval.keys()
	print genesval['GENE1']
	for i in genes.keys():
		for l in range(len(genes[i])):
			thetag=genes[i][l]
			if thetag in tag.keys():
				print thetag
				library=tag[thetag][0]
				print library
				freq=tag[thetag][1]
				if library in lib.keys():
					genesval[i][library]+=int(freq)

				else:
					continue
		
			else:
				continue

	print genesval
	f1.close()
	f2.close()
	f3.close()
	return

##########################
J'ai mis en gras là ou ca coince !
en fait le dict que j'obtiens à la fin ressemble à ca :
{'GENE1': {'1': 3, '3': 0, '2': 0, '5': 2, '4': 0}, 'GENE2': {'1': 0, '3': 0, '2': 0, '5': 0, '4': 6}, 'GENE3': {'1': 0, '3': 0, '2': 0, '5': 0, '4': 0}, 'GENE4': {'1': 0, '3': 0, '2': 0, '5': 0, '4': 0}, 'GENE5': {'1': 0, '3': 0, '2': 0, '5': 0, '4': 0}}

et quand par exemple la boucle doit ajouter 3 à la bibliothèque 2 du gène 3, elle le rajoute également à la bibliothèque 2 de tous les gènes! je pense que ca vient du fait que tous les valeurs des clès du dictionnaire genesval sont égales à la même valeur à savoir dict1(cf en gras)....

Merci de votre aide

[oiffrig]

C'est un problème de référence. Effectivement tous les dictionnaires sont des références vers dict1. Si tu veux éviter cet effet de bord, il faut faire une copie à chaque fois.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
	for i in genes:
		genesval[i]=dict1.copy()

Attention tout de même, ce n'est pas une copie profonde (ça te donne un dictionnaire contenant des références vers les éléments de dict1).
Si tu veux une copie profonde il faut utiliser copy.deepcopy