Discussion :

[bluemartini]

Après 2 ans d'inactivité en langage C, je me relance dedans. Et avec des pointeurs, même pas peur.
Sauf que je n'y arrive pas, et il me semble à cause d'une erreur de débutant...

Voilà, j'ai un fichier tabulé à parser qui ressemble à ceci :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Hs:NCBIv35:chr1    1703    13.07712
Hs:NCBIv35:chr1    1736    14.447635
Hs:NCBIv35:chr1    1769    14.679797
Hs:NCBIv35:chr1    1799    14.679797

j'ai une fonction file2matrice qui doit me permettre de placer dans 3 vecteurs les 2 dernières colonnes ainsi que le dernier chiffre de la première colonne, et qui me rend le nombre de lignes lues :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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int file2matrice(FILE * fichier, int * chr, int * pos, double * val){
    int nb_lignes_lues = 0;//nombre de lignes lues
    int i;//variable bidon
    char ligne [LG_MAX];//longueur max lue dans un fichier
    char ** contenu;//contenu de la ligne splittée par tabulation
 
 
    while(fgets(ligne, LG_MAX, fichier) != NULL) {
 
        //on récupère le contenu de ligne
        contenu = str_split(ligne,"\t");//fonction pour splitter une ligne
 
        //on alloue de la mémoire supplémentaire
        pos = realloc(pos, (nb_lignes_lues+1)*sizeof(int));
        val = realloc(val, (nb_lignes_lues+1)*sizeof(double));
 
        *(val+nb_lignes_lues) = atof(*(contenu+2));
        *(pos+nb_lignes_lues) = atoi(*(contenu+1));
 
        nb_lignes_lues++;
    }//while
 
    //verification
    for(i=0;i<nb_lignes_lues;i++){
        printf("%f\t",*(val+i));
        printf("%d\n",*(pos+i));
    }
 
    return nb_lignes_lues;
}

pour l'instant je ne charge que les deux dernières colonnes. la dernière boucle étant là pour vérifier les données contenues dans les deux vecteurs concernés.
Jusqu'ici tout va bien, j'ai bien les bonnes données enregistrées. Mais dans le main, je lance la fonction :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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int main(int argc , char *argv[]){
    FILE * f;
    int * chrom = (int*) malloc(1*sizeof(int));
    int * position = (int*) malloc(1*sizeof(int));
    double * pvalue = (double*) malloc(1*sizeof(double));
    int i; //variable bidon
    int taille = 0;//nombre de lignes enregistrées
 
    //importation du fichier
    f = fopen("/home/data/test2.txt","r");
    if(f==NULL){
        perror("fichier 1\n");
    }
    taille = file2matrice(f, chrom, position, pvalue);
    fclose(f);
    printf("%d lignes lues\n",taille);
 
    for(i=0;i<taille;i++){
        printf("%f\t",*(pvalue+i));
        printf("%d\n",*(position+i));
    }
 
    return 0;
}

j'ai en réponse avec la dernière boucle soit 0 soit des valeurs fantaisistes. Alors à quel moment mon pointeur perd son adresse?


Merci pour vos réponses

[diogene]

Il faut se rappeler qu'un paramètre d'une fonction définit une variable locale initialisée par l'argument utilisé lors de l'appel :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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int file2matrice(FILE * fichier, int * chr, int * pos, double * val){
....
        //on alloue de la mémoire supplémentaire
        pos = realloc(pos, (nb_lignes_lues+1)*sizeof(int));
        val = realloc(val, (nb_lignes_lues+1)*sizeof(double));

Or realloc peut modifier les adresses pos et val ! En conséquence, ces reallocations modifient les variables locales pos et val, mais pas du tout les variables utilisées lors de l'appel dans main().

Si c'est le cas, le code dans main

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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    for(i=0;i<taille;i++){
        printf("%f\t",*(pvalue+i));
        printf("%d\n",*(position+i));

accède à des zones désallouées. Si tu as de la chance, le programme plante à cet endroit. Si tu n'en as pas, le programme marche de temps en temps, donne de temps en temps des résultats baroques et plante les autres fois.
Si une fonction fait un realloc d'une zone allouée ailleurs, il faut qu'elle puisse modifier les adresses utilisées lors de l'appel.

Accessoirement,
- supprime le cast devant malloc dans main. Il est inutile et considéré comme néfaste. (d'ailleurs tu n'as pas éprouvé le besoin de l'utiliser devant realloc).
- La notation *(a+b) est avantageusement remplaçable par a[b] (ou b[a])
- A quoi sert le paramètre chr dans la fonction int file2matrice(FILE * fichier, int * chr, int * pos, double * val)
- atoi et atof sont obsolètes. Utiliser plutôt strtol et strtod

[bluemartini]

Merci beaucoup pour ta réponse diogene.
Effectivement c'était une erreur de débutant...

Tu m'as bien aidé, et les conseils supplémentaires sont enregistrés!
Encore merci, bonne soirée!

[Médinoc]

Et aussi, ton utilisation de realloc() est imprudente, car elle cause une fuite de mémoire en cas d'échec.
http://emmanuel-delahaye.developpez....es.htm#realloc

De plus, pour des raisons de performance, tu devrais réallouer de manière géométrique (exemple: Multiplier la taille par 1.5) plutôt que d'ajouter 1 à chaque fois: Cela te permettra d'appeler realloc() moins souvent...

[bluemartini]

Merci de ces précisions Médinoc

Effectivement, la ré-allocation à chaque boucle était une mauvaise idée, je comptais changer cela (à coups de 100,000 lignes en fait) après avoir résolu le problème de perte de pointeur.
Pour le realloc dangereux, je me suis permis de pêcher par excès d'optimisme, car c'est le seul programme à tourner pour l'instant sur une machine généreuse en mémoire! Mais c'est juste que c'est assez imprudent.

Merci encore