Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

J'aimerais retrouver 2 amorces (deux petites séquences de lettres) dans une séquence en permettant 2 mismatches (2 lettres mal appariées). Je sais que le module Bio::Grep le permet mais il nécessite la création d'une base de données contenant la liste des séquences à analyser. Je me demandais si vous ne connaissiez pas un autre module permettant de faire cela sans passer par une DB. Mon but est de récupérer la sous-séquence comprise entre mes deux amorces (incluses).

Dans le cas contraire, quelle serait la meilleure façon de procéder sans utiliser de module.

Lors d'une recherche sans autoriser de mismatches, cela est simple

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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      $Sequence  =~ s/^(.*)$forward/$forward/;
      $Sequence  =~ s/$reverse(.*)$/$reverse/;

Merci pour votre aide,

[Jasmine80]

Voici un programme faisant exactement ce que je veux. Y aurait il moyen de l'optimiser?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
 
my $sequence = "TGTGCAGATCGATACAATGDTAGATACAGTTCGTAGAATACCTAGCTAGCTAGCTGCATTTTAGGACACCAACAGTCGCTAGAGGAATCGATAGCTCGATAATGCCTAGTA";
my $forward = 'AGATACAGTTCGTAXAATACC';
my $reverse = 'CCAYCAGTCGCTAGAGGAATC';
 
 
 
my $l_for= length($forward);
my @a_forward;
 
for (my $i=0; $i<$l_for; $i++){
 
	for (my $j=$i+1; $j<$l_for; $j++){
		my $start = substr($forward, 0, 0+$i);
		my $middle = substr($forward, $i+1, $j-$i-1);
		my $end = substr($forward, $j+1);
		my $f = join('.', ($start, $middle, $end));
		push (@a_forward, $f);
	}
}
 
my $for_regexp = '(';
$for_regexp .= join('|', @a_forward);
$for_regexp  .= ')';
 
 
 
if($sequence =~ /$for_regexp/){
	my $forward = $1;
	$sequence  =~ s/^(.*)$forward/$forward/;
}
 
 
 
my $l_rev= length($reverse);
my @a_reverse;
 
for (my $i=0; $i<$l_rev; $i++){
 
	for (my $j=$i+1; $j<$l_rev; $j++){
		my $start = substr($reverse, 0, 0+$i);
		my $middle = substr($reverse, $i+1, $j-$i-1);
		my $end = substr($reverse, $j+1);
		my $f = join('.', ($start, $middle, $end));
		push (@a_reverse, $f);
	}
}
 
my $rev_regexp = '(';
$rev_regexp .= join('|', @a_reverse);
$rev_regexp  .= ')';
 
 
 
if($sequence =~ /$rev_regexp/){
	my $reverse = $1;
	$sequence  =~ s/$reverse(.*)$/$reverse/;  	
}
 
 
print "Sous-séquence : ".$sequence."\n";

Merci pour vos conseils,