cgi et bio perl

**chong** · 05/08/2008, 16h42

Bonjour

Alors voilà j'ai un script cgi dans lequel j'utilise le module bioperl (Bio::SeqIO), le seul problème c'est que le script ne s'exécute pas complètement. Il s'arrête au moment d'ouvrir le fichier fasta, alors que sans passer par CGI, ce script tourne très bien, j'ai bien installé le module bioperl et celui de cgi...
Je ne comprends pas d'où vient le problème...
voici le code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
#!"C:\Perl\bin\perl.exe"
 
use warnings;
use CGI;
use strict;
use Bio::SeqIO;
 
my $cgi = new CGI;
print "Content-type: text/html\n\n";
print "début ok\n";
 
my $file = $cgi->param("fichier");
print "récup ok\n";
 
my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => $file, '-format' => 'Fasta');
print "module bio ok \n";
 
my $c = 0;
 
while ( my $seq = $in->next_seq()){
 
	$c++;
}
 
print "Bonjour vous avez <b>".$c."</b> séquences dans le fichier".$file;
 
exit 0;

dans mon naviguateur il s'arrete simplement et affiche "début ok // récup ok"..

Merci d'avance à qui pourra m'aider à sortir de cette impasse !

Invité · 05/08/2008, 17h04

Salut,

tu as des erreurs dans tes logs apache? (error_log)

**chong** · 05/08/2008, 17h16

Coucou

oui j'ai pas pensé à regarder...
Voilà ce qu'il m'affiche:

[Tue Aug 05 17:11:51 2008] [error] [client 127.0.0.1] , referer: http://localhost/page.html
[Tue Aug 05 17:11:51 2008] [error] [client 127.0.0.1] ------------- EXCEPTION -------------, referer: http://localhost/page.html
[Tue Aug 05 17:11:51 2008] [error] [client 127.0.0.1] MSG: Could not open Trypsin_keratin_uniprotKB.fasta: No such file or directory, referer: http://localhost/page.html
[Tue Aug 05 17:11:51 2008] [error] [client 127.0.0.1] STACK Bio::Root::IO::_initialize_io C:/Perl/site/lib/Bio/Root/IO.pm:273, referer: http://localhost/page.html
[Tue Aug 05 17:11:51 2008] [error] [client 127.0.0.1] STACK Bio::SeqIO::_initialize C:/Perl/site/lib/Bio/SeqIO.pm:437, referer: http://localhost/page.html
[Tue Aug 05 17:11:51 2008] [error] [client 127.0.0.1] STACK Bio::SeqIO::fasta::_initialize C:/Perl/site/lib/Bio\\SeqIO\\fasta.pm:94, referer: http://localhost/page.html
[Tue Aug 05 17:11:51 2008] [error] [client 127.0.0.1] STACK Bio::SeqIO::new C:/Perl/site/lib/Bio/SeqIO.pm:355, referer: http://localhost/page.html
[Tue Aug 05 17:11:51 2008] [error] [client 127.0.0.1] STACK Bio::SeqIO::new C:/Perl/site/lib/Bio/SeqIO.pm:368, referer: http://localhost/page.html
[Tue Aug 05 17:11:51 2008] [error] [client 127.0.0.1] STACK toplevel C:/xampp/cgi-bin/script.cgi:15, referer: http://localhost/page.html
[Tue Aug 05 17:11:51 2008] [error] [client 127.0.0.1] , referer: http://localhost/page.html
[Tue Aug 05 17:11:51 2008] [error] [client 127.0.0.1] --------------------------------------, referer: http://localhost/page.html

du coup je comprends mieux, le chemin que je récupère via le formulaire html n'est pas complet...
voilà mon code html:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN"
    "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="fr" lang="fr-FR">
 
 
<head>
	<title>Test CGI </title>
		<link rel="stylesheet" type="text/css" href="TC.css" />
</head>
 
<body>
<p> Hello! </p>
<p>Veuillez sélectionner votre fichier fasta :</p>
<FORM NAME="form" ACTION="../cgi-bin/script.cgi"
METHOD="POST">
<INPUT TYPE="file" NAME="fichier">
<INPUT TYPE="submit" VALUE="Envoyer">
</FORM>
</body>
</html>

mais bon je vois pas comment récupérer un fichier autrement que par le input file....
merci de ton aide

**Jedai** · 05/08/2008, 17h34

essaie plutôt :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $file = $cgi->upload("fichier");

et :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $in  = Bio::SeqIO->new(-fh => $file, -format => 'Fasta');

Consulte la doc du module CGI pour plus de détails.

--
Jedaï

**djibril** · 05/08/2008, 18h48

Soit tu utilise la methode cgi comme te l'as mis jedai, soit tu rajoute dans ta balise html form le code suivant pour que les fichiers uploadé soient pris en compte :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ENCTYPE="multipart/form-data"

c'est à dire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
<FORM NAME="form" ENCTYPE="multipart/form-data" ACTION="../cgi-bin/script.cgi"
METHOD="POST">

**chong** · 05/08/2008, 20h32

Merci pour votre aide à tous les deux !

Je vais tester illico !

En tous cas merci de m'avoir décoincée !!

EDIT: c'est bon en mettant les 2 ça roule super bien !! Encore MERCI!!

PS: je vais essayer de trouver la bonne doc CGI (le lien donné par le site renvoie plutôt vers ceux qui veulent créer une page html à partir de cgi, alors que je voudrais juste faire un appel... enfin bon je vais m'adapter ...

)
PS2: bon en fait c'est moi qui est pas réveillée... il y a bien la fonction upload dans la doc du lien, j'ai juste pas lu assez loin après le '$query=>filefield'... désolée du dérangement !

cgi et bio perl

Web Perl

Discussions similaires

Partager

Partager