Discussion :

[jobim08]

Bonjour,

Savez-vous comment lire tous les fichiers, par exemple les fichiers sous format fasta *.FASTA, dans un répertoire et puis lancer plusieurs comment (un programme exécutable) correspondant avec ces fichiers sur Linux en PERL.

Par exemple, j'ai 3 fichiers Fasta nommés fichier1.fasta,..., fichier3.fasta dans un répertoire Mes documents. Pour chaque fichier, je voudrais lancer un programme exécutable CAP3 avec le comment suivant dans TERMINAL de Linux.

path>./cap3 fichier1.fasta

Merci en avance,
jobim

[Jasmine80]

Je ne connais pas Linus mais sous Windows je crée une variable d'environnement définissant l'exécutable que je précise à l'intérieur du script. Je suppose que cela doit être similaire en Linux.

[jobim08]

As-tu le script pour faire ça en Windows?

Merci!
Jobim

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# Include a definition of an environmental variable CLUSTALDIR in
# every script that will use this Clustalw wrapper module, e.g.:
 
BEGIN { $ENV{CLUSTALDIR} = 'C:/Clustalw/' }

Si tu utilises le module Bio::Tools::Run::Cap3 - wrapper for Cap3 tu peux peut-être directement écrire dans le script

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$factory->executable('chemin vers exécutable');

[CKLN00]

moi ce que je ferais (si tu n'as pas le module de bioperl indiqué par jasmine) je récupérerais la liste des fichier fasta dans un tableau (pas trop dur avec un opendir et un p'tit grep)
et puis un foreach du type

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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foreach @liste_des_fasta
{
  system("path/de/cap3 $_");
}

[jobim08]

Merci bien pour votre aide! Ça marche très bien!

Jobim