Discussion :

[chong]

Bonjour !

En fait j'ai un souci pour rendre une séquence entrée par l'utilisateur insensible à la casse lors d'une recherche :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while ( my $seq = $in->next_seq()){
    if($seq->desc=~ /$tag/){
        $garde->write_seq($seq);
    }
    else{
        $keep->write_seq($seq);
    }

j'ai essayé de mettre /$tag/i, m/$tag/i, /(i?)$tag/... rien n'y fait ..
Est-ce à cause du module BioPerl?

J'ai un autre souci concernant l'accession du primary_id, je souhaite le modifier :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while ( my $seq = $in1->next_seq()) {
 
				my $primary_id = $seq->primary_id();
				my $new_primary_id = "$comment".$primary_id;		
				$seq->primary_id($new_primary_id);
 
				$out1->write_seq($seq);		}

Je voudrais rajouter le mot contenu dans $comment à l'identification d'entrée pour obtenir

>gi|22212273|gb|AAM92877.1| type II hair-specific keratin [Homo sapiens]

=>

>mot_gi|22212273|gb|AAM92877.1| type II hair-specific keratin [Homo sapiens]

Merci d'avance à qui pourra m'aider !

[Jasmine80]

Bonjour,

J'ai testé sur un objet de type

$VAR1 = bless( {
'primary_id' => 'gi|22212273|gb|AAM92877.1|',
'primary_seq' => bless( {
'display_id' => 'gi|22212273|gb|AAM92877.1|',
'primary_id' => 'gi|22212273|gb|AAM92877.1|',
'desc' => 'type II hair-specific keratin [Homo sapiens]',
'seq' => 'atgtcgtgtacgtagtaaccgtagtac',
'alphabet' => 'dna'
}, 'Bio:rimarySeq' )
}, 'Bio::Seq' );
gi|22212273|gb|AAM92877.1|

Pour rendre la recherche insensible à la casse, le fonctionne très bien.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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    if($seq->desc=~ /$tag/i){
        ...
    }

Pour ce qui est de modifier l'identifiant

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $out = FileHandle->new(">chemin.txt");
my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => 'chemin fichier', '-format' => 'Fasta');
my $comment = 'commentaire';
while ( my $seq = $in->next_seq()) {
      print  $out ">".$comment.$seq->primary_id().$seq->desc()."\n".$seq->seq()."\n";
}

Remarque

Les doubles quotes sont inutiles dans ton expression

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $new_primary_id = "$comment".$primary_id;

[chong]

Merci Jasmine !!

En fait pour le i, c'est juste que j'avais regardé dans des fichiers où certaines séquences n'étaient pas bien délimitées (primary_id collé à la desc) du coup il ne le voyait pas... Je pensais que ça venait du i... Merci pour m'avoir orienté dans la bonne direction !

Pour la modif de l'identifiant, ça marche super bien mais une fois dans mon script complet, il y un problème de "IO::Handle bad open mode"... Je vais continuer à chercher d'où ça vient...

Merci pour tes réponses

[Jasmine80]

Tu dois utiliser le module FileHandle

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use FileHandle;
...
my $out = FileHandle->new(">chemin.txt");

ou sinon directement

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $out = "test.txt";
open(OUT, ">".$out);	# Ouvre en écriture
print OUT...;
close(OUT);

[chong]

Oui oui j'ai ajouté le module ! Du coup le petit script marche bien seul, mais pas quand je l'intègre à mon application en Tk....
Ma version d'avant avec juste Bio::SeqIO fonctionne bien mais ne donne pas ce que j'attends comme nouvel id ...
Je suis vraiment perdue... Je vois pas d'où ça peut venir, le problème se situe bien à la ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $out = FileHandle->new(">chemin.txt");

même avec le module...

Ou alors ça vient du fait que je laisse l'utilisateur choisir le nom du fichier via Tk, et que je stocke ça dans une variable :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $out = FileHandle->new(-file => ">$NomFinal");

je sais pas....

EDIT

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $out1 = $NomFinal;
		my $in1 = Bio::SeqIO->new(-file => "$Source1", -format => "Fasta");
 
 
		while ( my $seq = $in1->next_seq()) {
 
			open (OUT, ">".$out1)
			print  OUT ">".$seq->primary_id().$seq->desc()."\n".$seq->seq()."\n\n";
 
			print  OUT ">".$comment.$seq->primary_id().$seq->desc()."\n".$seq->seq()."\n\n";
 
			close (OUT);
 
			}

Là il est pas d'accord à cause du > après print OUT, j'ai essayé '>' idem ...

[Jasmine80]

C'est incorrect

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $out = FileHandle->new(-file => ">$NomFinal");

Ecris

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $out = FileHandle->new(">$NomFinal");

Tu devrais vérifier que l'extension du fichier est bien introduite sinon cela ne fonctionnera pas.

Ou alors, tu demandes à l'utilisateur un nom sans extension et tu l'ajoutes

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $out = FileHandle->new(">$NomFinal".'.txt');

[chong]

Ahhhhhhhhhh !! Merci Jasmine !! J'avais vraiment pas fait attention à ça !!
(je mélange tout avec le new, filehandle...) L'extension est ok.

Effectivement du coup ça marche super bien !!

Tu me sauves une fois de plus !!
Merci infiniment !!

Résolu en moins d'une journée !