Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

J'utilise le module use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw et j'obtiens des fichiers de sortie sous le format msf alors que j'aimerais du fasta.

Je règle pourtant correctement les paramètres

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 my @params = ('ktuple' => 4, 'type' => 'dna', 'outfile' => $path.'.fsa', -format => 'Fasta');

Le fichier de sortie porte bien l'extension .fsa mais est écrit comme un msf

PileUp



MSF: 1555 Type: N Check: 3105 ..

Name: Bacillus_cereus_AF293851 oo Len: 1555 Check: 7484 Weight: 11.8
Name: Bacillus_cereus_AF267900 oo Len: 1555 Check: 6922 Weight: 38.1
Name: Bacillus_cereus_EU624208 oo Len: 1555 Check: 8699 Weight: 50.0

//



Bacillus_cereus_AF293851 .......... .......... .......... .......... ..........
Bacillus_cereus_AF267900 .......... .......... .......... .......... ..........
Bacillus_cereus_EU624208 CTCAGGATGA ACGCTGGCGG CGTGCCTAAT ACATGCAAGT CGAGCGAACG


Bacillus_cereus_AF293851 .......... .......... .......... .......... ..........
Bacillus_cereus_AF267900 .......... .......... .......... .......... ..........
Bacillus_cereus_EU624208 GATTAAGAGC TTGCTCTTAA GAAGTTAGCG GCGGACGGGT GAGTAACACG


Bacillus_cereus_AF293851 .......... .......... .......... .......... ..........
Bacillus_cereus_AF267900 .......... .......... .......... .......... ..........
Bacillus_cereus_EU624208 TGGGTAACCT GCCCATAAGA CTGGGATAAC TCCGGGAAAC CGGGGCTAAT

Alors que je voudrais

>Bacillus_cereus_AF293851
------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------
-------------------------------ACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTT
GTAACACCCGAAGTCGGTGGGGTAACCTTTTTGGAGCCAGCCGCCTAAGGTGGGACAGAT
GATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTT
...

>Bacillus_cereus_AF267900
------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------
---ATGGAGAATTGATG----AACGCTGT-TCATCAATA-AAGTTTCCGTGTTTCGTTTT
GTTCAGTTTTGAGAGAACTATC
...

Avez-vous une idée?


Merci pour votre aide.

[myosotis29]

Salut Jasmine:
J'avais le même problème dans un projet en python pour convertir le fichier en format clustal en fasta. je n'ai pas utilisé de module. J'ai juste appelé clustalw dans le programme comme si je l'executais à la ligne de commande que je stocke dans une string

command= 'clustalw -convert -infile='+ shortname_file +'.fasta -outfile='+ shortname_file +'.aln'
os.popen(command,'r')

J'espère que ça va t'aider

[Jasmine80]

Merci pour ta réponse. L'ennui est que l'utilité de Perl est que je peux traiter un répertoire contenant 20 séquences en une fois mais bon l'équivalent en ligne de commande doit exister. Cette commande fonctionne t'elle sous windows, ou devrais-je la modifier?

Au final, j'avais trouvé un module transformant un fichier msf en fasta ... une redondance de données inutile, mais bon ... cela fonctionne. Puis msf a aussi ses avantages. Au cas où cela intéresserait quelqu'un :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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        my $in_msf  = Bio::AlignIO->new(-file => $fich_msf , -format => 'msf');
        my $out_fsa = Bio::AlignIO->new(-file => ">".$fich_fsa , -format => 'fasta');