Discussion :

[solen]

Bonjour,

j'aimerai comprendre comment fonctionne apply. Je sais que c'est beaucoup plus performant que de faire des boucle en R, mais je n'arrive pas à l'utisiler.

Je voudrai, pour chaque ligne de ma matrice, soustraire la moyenne de la ligne et diviser par l'ecart tye de la ligne à toute les cases de la ligne. J'espere que c'est clair...
Et j'aimerai donc le faire avec un apply, parce qu'il s'agit de très grosse matrice, et qu'un for est beaucoup trop long.

merci de votre aide

[pitipoisson]

Bonjour,

Effectivement, c'est plus efficace (pour de gros jeux de données tu sens la différence) mais tellement moins intuitif.

Bon je te donne le code et on décortique

Code :

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> m <- matrix(c(1, 0, 2, 3, 5, 1, 0, 4, 9), nrow=3)
> m
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    3    0
[2,]    0    5    4
[3,]    2    1    9
> t(apply(m, 1, function(x){(x-mean(x))/sd(x)}))
           [,1]       [,2]       [,3]
[1,] -0.2182179  1.0910895 -0.8728716
[2,] -1.1338934  0.7559289  0.3779645
[3,] -0.4588315 -0.6882472  1.1470787

Le premier argument c'est bien sûr ta matrice.
Le second indique si tu travailles par ligne (1), par colonne (2) ou bien les deux séquenciellement (c(1, 2)).
Le troisième argument, c'est la fonction. L'argument x qu'elle reçoit c'est dans ce cas-ci la ligne.

J'ai du mettre le tout dans une fonction t() (transposition) car les résultats sont mis en colonnes de la matrice renvoyée.

Après, il y a moyen de faire plus simple, le centrage et la réduction sont déjà implémentés dans la fonction scale

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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> t(apply(m, 1, scale))
           [,1]       [,2]       [,3]
[1,] -0.2182179  1.0910895 -0.8728716
[2,] -1.1338934  0.7559289  0.3779645
[3,] -0.4588315 -0.6882472  1.1470787
> scale(m[3, ])      # Pour montrer qu'on a bien raison d'utiliser t()
           [,1]
[1,] -0.4588315
[2,] -0.6882472
[3,]  1.1470787

Tous les arguments qui pourraient venir en 4ème et plus position sont des arguments (optionnels souvent) passés à la fonction.
Par exemple center=FALSE si tu veux seulement réduire (voir ?scale).

[solen]

Merci beaucoup pour cette réponse très claire, que je vais concervée précieusement!! Je n'arrivais pas a faire le fonction, ne savais pas comment utiliser X.
Et puis, en R, ce n'est pas toujours facile de trouver de la documentation.
Et puis, merci pour scale que je ne connaissais pas non plus

[pitipoisson]

De rien !

Toutes les fonctions sont en principe auto-documentées. Mais faut reconnaître que c'est parfois minimaliste (et monoglotte anglais) !
Je te conseille vivement de regarder les exemples des différents types de apply, en particulier tapply et sapply/lapply.
C'est fonctions sont, comme je le disais, absolument pas intuitives, mais quand tu les maîtrises, tu peux réellement gagner des heures de calcul (il m'est arrivé en optimisant du code R de passer de plusieurs heures d'itération à quelque chose de l'ordre de la dizaine de minutes !).