Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour à tous,


J'adore programmer en Perl et j'aimerais m'améliorer. J'ai étudier pendant 4 ans la biologie et ensuite j'ai suivi une formation d'un an afin d'avoir le master en bioinformatique. Actuellement, je travaille depuis 2 ans et j'ai découvert une véritable passion pour la programmation. Où je travaille, personne ne s'y connait en informatique et j'ai appris beaucoup de choses par moi même. Je suis arrivée à un point, où bien que continuant d'évoluer, je le fais plus lentement, ce qui est tout à fait normal. J'aimerais approfondir mes connaissances en Perl mais je ne sais pas par quel moyen, reprendre des cours, suivre une formation, faire un doctorat ... Je suis ouverte à toutes propositions que ce soit en Europe ou même aux USA. J'aimerais avoir vos avis.


Merci beaucoup,


Jasmine,

[CKLN00]

tout d'abord je tien à dire que je n'ai pas beaucoup d'expérience :
j'ai 'juste' fait un IUT de biologie option bioinformatique et je suis actuellement dans mon premier stage.

Mais j'aimerais tout de même donner mon avis :
Je pense que tu as atteins un niveau de PERL d'au moins débutant éclairer voir de niveau avancer, et je pense que lorsqu'on a atteins un tel niveau pour continuer à apprendre le plus efficaces est une bonne bibliothèque : à savoire il faudrait (selon moi) que tu t'achètes des livres qui sont références en PERL, et vu ton niveau et les différents conseilles que j'ai lu sur developpez

"Programmation en Perl"
Camel book
de Larry Wall, Tom Christiansen, Jon Orwant
O'Reilly

(malheureusement j'ai apprit récemment que les éditions O'Reilly france était fermer et je trouve ça dommage d'après ce que j'en avais lu ils avaient l'air d'être bon !)
et aussi

("De l'art de programmer en Perl", Damian Conway)

(Perl Best Practices en anglais)

Et il me semble nécessaire si tu ne connais pas le coter Orienter objet de perl de te documenter la dessus ("Programmation en Perl" en parle donc je pense que ça suffiras :p)




après je pense qu'il faudrait essayer de te documenter sur les Modules CPAN les plus ... utiles pour toi.
je suppose que tu maitrise déjà bien l'outil bioperl
mais qu'en est-il des modules CGI qui permettent de faire des interface graphiques pour divers script sur un intranet ? ou même des différents modules graphique tel que GTK ou TK ou wx (je ne les connais pas du tout) qui permettent d'avoir une belle interface ?

mais il est possible qu'il te faille aussi quelque cours sur l'algorithmique pure (et la je peut pas trop aider) même si je pense que les deux livres que je t'ai cité donne de bonne base algorithmiques.


voila c'était mon avis

[Jasmine80]

^^ C'est comique ça, tu as répondu à mon post pendant que je répondais au tien

Oui pour les livres, j'ai déjà jeté un coup d'oeil. Il y a aussi Beginning Perl for Bioinformatics d'O'reilly http://www.amazon.fr/Beginning-Perl-...1529186&sr=8-1
C'est mon niveau algorithmique qui est faible, j'arrive toujours à faire ce que je veux mais j'ai l'impression que mes codes sont parfois un peu bancals. Ce forum m'aide énormément car en essayant de répondre aux questions des autres utilisateurs, je m'améliore.

Ce que je fais parfois, c'est aller sur le CPAN et rechercher des modules qui pourraient être intéressants pour mon équipe et je vois avec mes collègues si ça pourrait alléger leur boulot ou non. Les points où je me sens vraimment nulles, c'est au niveau "management", je veux dire par exemple installer un module Perl que je télécharge, si il faut le compiler en C, j'en suis incapable ... déjà rien qu'ici au niveau vocabulaire, je ne suis même pas certaines des mots que j'utilise. Il faudrait peut-être que je fasse une formation de base pour apprendre à utiliser la console, à télécharger et installer des programmes ... Je vais acheter le livre "l'informatique pour les nuls" version gestion du PC.

Et il me semble nécessaire si tu ne connais pas le coter Orienter objet de perl de te documenter la dessus ("Programmation en Perl" en parle donc je pense que ça suffiras :p)

J'y ai touché un peu, plus par curiosité que par besoin car pour mon emploi cela m'est actuellement inutile.

mais qu'en est-il des modules CGI qui permettent de faire des interface graphiques pour divers script sur un intranet ? ou même des différents modules graphique tel que GTK ou TK ou wx (je ne les connais pas du tout) qui permettent d'avoir une belle interface ?

J'ai fait une interface TK qui interrogeait une DB MySQL de séquences ADN et affichait la répartition de petites séquences d'ADN le long des séquences de la DB.

L'ennui est que dans mon emploi, j'ai déjà du faire une centaine de petits programmes mais que je n'ai pas un grand projet bien précis tel que lors d'un doctorat. Je n'ai jamais eu besoin de faire un programme très complexe, je veux dire par là un petit logiciel qui nécessiterait de la programmation plus avancée.

mais il est possible qu'il te faille aussi quelque cours sur l'algorithmique pure

Oui, c'est pour cela que je comptais demander au labo de m'acheter Mastering Algorithms in perl ... maintenant celui que Jedai conseille parait très bien également. Il est peut-être plus approprié à mon cas.

Ce qu'il me manque c'est surtout de réaliser un programme complexe. J'aimerais travailler sur un gros projet de programmation en Perl, d'où mon idée d'un doctorat.


Merci pour ta réponse,


Jasmine

[CKLN00]

je ne pense pas que c'était mon poste mais il est tout à fait interessant (Que fait-on réellement en bioinformatique ?!)


en tout cas je trouve tes posts toujours interessant ^_^

[Jasmine80]

A oui, pardon et merci pour le compliment.
4Ur3L ... CKLN00 J'ai fait de la soupe !
Je me demande où vous allez chercher des pseudos pareils Que signifie CKLN00?

Jasmine,

[mat21]

Salut,

A un certain niveau pour progresser une petite formation peut s'averer nécessaire car on a tendance à prendre des mauvaises habitudes tout seul. Dans le cadre de ton boulot, tu as peut-etre le droit à de la formation continue (cela pourrait etre en perl mais aussi en algo ou en conception logiciel)

C'est assez utile de "lire du code" pour progresser (modules cpan ou bioperl par exemple).

je te recommande également 2 bouquins chez o'reilly:
- de l'art de programmer en perl
- programmation avancée en perl

il existe un forum anglophone très connu pour perl mais le niveau est assez décourageant quand on n'est pas un expert.
http://www.perlmonks.org/
néanmoins ça donne une bone idée de ce qu'est un code propre et une bonne maitrise de l'algorithmique.

si tu souhaites t'impliquer dans un projet d'envergure, commence peut être par voir si tes codes pourrait être réutiliser par d'autres, être plus générique et s'integrer dans bioperl par exemple. ça pousse à faire des choses plus "propres"

en esperant que ça t'aide

[Jasmine80]

Dans le cadre de ton boulot, tu as peut-etre le droit à de la formation continue (cela pourrait etre en perl mais aussi en algo ou en conception logiciel)

Non, jamais mais si j'en trouve une intéressante mon chef acceptera très probablement de m'y envoyer même à l'étranger. J'ai regarder un peu les formations perl proposées sur le net mais c'est souvent les cours de bases qui reviennent. As-tu un site proposant des formations?

je te recommande également 2 bouquins chez o'reilly:
- de l'art de programmer en perl
- programmation avancée en perl

Je vais déjà commencer par "De l'art de programmer en Perl" que la secrétaire va me commander.

si tu souhaites t'impliquer dans un projet d'envergure, commence peut être par voir si tes codes pourrait être réutiliser par d'autres, être plus générique et s'integrer dans bioperl par exemple.

"s'integrer dans bioperl " ... veux-tu dire devenir un module?


Merci beaucoup pour tes conseils,

[mat21]

je n'en connais pas personnellement donc ça m'est difficile de t'en recommander une en particulier. J'ai tendance à penser que tu dois avoir des formations près de chez toi en info pur et qui peuvent te proposer une formation courte personalisée en fonction de ton niveau.

L'interet de partir à l'étranger serait plutot l'occasion de rencontrer certaines personnes qui travaillent sur une projet proche de ta thematique de recherche en bioinformatique. par exemple le consortium gmod organise des summer school, Ensembl organise souvent des formations aussi. enfin ça depend de ce qui t'interesse. tu as aussi des conferences en perl
http://conferences.mongueurs.net/yn2008/
http://www.yapceurope2008.org/ye2008/

Sinon en tapant sur google : advanced perl courses + le pays de ton choix tu devrais trouver quelques trucs

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

"s'integrer dans bioperl " ... veux-tu dire devenir un module?

je veux dire que certains scripts puvent être convertis en package et servir à la communauté. peut-être en as tu développé.

[Jasmine80]

je veux dire que certains scripts puvent être convertis en package et servir à la communauté. peut-être en as tu développé.

J'ai plein de petits programmes mais pas vraiment de quoi faire un module, de plus mes programmes utilisent généralent d'autres modules.
Par exemple, un programme qui effectue une requête dans GenBank, récupère et formate les informations, les charge dans une DB MySQL. Un autre petit script qui prend en entrée un fichier contenant une séquence d'ADN écrite sur plusieurs lignes et la remet sur une seule puis en crée un fichier FASTA et plein d'autres petits programmes effectuant des tâches bien précises comme mettre à jour ma DB, calculer des Tm pour mes amorces ...
Je n'ai aucun programme complexe utilisant plusieurs fonctions.

L'ennui est que pour les formations ils demandent souvent plus que juste connaître les bases de perl et en Belgique il n'y a pas énormément de cours.
Par exemple, cela paraissait bien :
http://www-05.ibm.com/services/learn...seNr)/QL24V0BE
mais ils faut

A large experience with Perl development, a good Linux or UNIX knowledge and a conceptual knowledge of Object Oriented programming. Having followed a previous Perl course or an equivalent working experience with Perl is mandatory.

Et je ne connais pas Linux et l'OO j'y ai juste un peu toucher par curiosité afin de voir ce que c'était mais cela ne me sert pas au boulot.


Je vais déjà commencer par étudier dans un livre, on verra après pour le reste. Merci pour les informations.

[Jasmine80]

il faudrait (selon moi) que tu t'achètes des livres qui sont références en PERL, et vu ton niveau et les différents conseilles que j'ai lu sur developpez
Citation:
"Programmation en Perl"
Camel book
de Larry Wall, Tom Christiansen, Jon Orwant
O'Reilly
(malheureusement j'ai apprit récemment que les éditions O'Reilly france était fermer et je trouve ça dommage d'après ce que j'en avais lu ils avaient l'air d'être bon !)
et aussi
Citation:
Envoyé par jedai
("De l'art de programmer en Perl", Damian Conway)

dans les livres conseillés sur ce forum (http://perl.developpez.com/livres/), tous proviennent de l'édition O'Reilly. http://www.oreilly.fr/

"De l'art de programmer en Perl", Damian Conway n'est plus disponible non-plus

... il ne me reste plus qu'à faire les marchés aux puces

... personne ne connait un bon livre pour améliorer mes bases en Perl qui serait encore édité?

Merci beaucoup,

[Jasmine80]

J'en ai trouvé un qui parait bien
Higher-order Perl: A Guide To Program Transformation
http://www.amazon.fr/Higher-order-Pe...372702&sr=8-27

Quelqu'un le connait-il?


Merci pour vos conseils,


Jasmine,

[Jedai]

Oui, Higher-Order Perl est très bien (dans le genre "avancé"), mais il est en anglais... Si tu es prêt à t'envoyer des livres en anglais (ce qui est très recommandé dans notre domaine), tu peux tout à fait lire les livres d'O'Reilly : seule la branche française a fermé, tous les bouquins que nous conseillons sont encore disponibles en version originale.

--
Jedaï

[Jasmine80]

L'anglais ne me dérange pas, 99.9% les articles scientifiques que je dois lire sont dans cette langue.

Je cherche un livre pour perl avancé, connais-tu les différences entre Higher-Order Perl et D Conway: Perl Best Practices, Book ? Je me demande lequel serait le mieux adapté à mon niveau.

Merci,

[Jedai]

Higher-Order Perl est sans doute plus instructif, c'est la meilleure chose à lire pour apprendre le Perl avancé côté fonctionnel (encore qu'essayer un vrai langage fonctionnel est plus formateur encore, et très intéressant par soi-même).
Perl Best Practices donne d'excellentes bases pour écrire du meilleur Perl en général et surtout dans l'optique de créer des programmes conséquents.

C'est à toi de voir quelles capacités tu souhaites développer en priorité, les deux bouquins sont excellents en eux-même.

--
Jedaï

[Jasmine80]

Merci pour tes réponses, si ces livres se complètent autant les acheter tous les deux. Enfin, je vais encore y réfléchir.

[CKLN00]

j'ajouterais pour ceux qui serais plus à l'aise comme moi dans la langue de moliere (mouai enfin surtout pour la lecture) que dans celle de shakespear que j'ai réussit à dénicher (non sans mal) "de l'art de programmer en Perl" (Vf donc) en e-book mais malheureusement en "pseudo" pdf lisible (uniquement ?) par adobe digital edition au prix (execessif?) de 41€ sur le site de numilog