Discussion :

[pseudocode]

bonjour,
merci pour votre repense pour centre de gravité il marche bien.
j'ai un petit probleme concernant contour,si j'ai plus qu'un objet dans l'image le contour detecte tous les objets.
comment je peux faire pour l'adapter a un seul objet de l'image.
merci d'avance

Un snake ne délimite qu'un seul objet. Donc les choix sont limités:

- Ne pas utiliser les Snakes

- Segmenter l'image en images plus petites qui ne contiennent qu'un seul objet.

[hk0006]

Bonsoir,

IL y a un code java pour faire la Segmentation en régions ????

Question : Comment réalise cette deux étape s.v.p
- Colorée l'intérieur du contour a la fin de la segmentation ?
- l'initialisation du contour en rectangle (largeur et l’hauteur de l’image) ?

[pseudocode]

Bonsoir,

IL y a un code java pour faire la Segmentation en régions ????

Il y a du code Java dans ImageJ pour faire de la segmentation. Il y en a aussi dans JAI si je me souviens bien.

Question : Comment réalise cette deux étape s.v.p
- Colorée l'intérieur du contour a la fin de la segmentation ?

Il te faut un algo de remplissage de polygones. On en a déjà parlé sur le forum.

- l'initialisation du contour en rectangle (largeur et l’hauteur de l’image) ?

public Snake(int width, int height, int[][] gradient, int[][] flow, Point... points)

Le dernier paramètre du constructeur est la liste des points du snake. Tu peux les positionner comme tu veux.

[hk0006]

Code java :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for (int i = 0; i < circle.length; i++) {
 
double x = (W / 2 + 0) + (W / 2 - 2) * Math.cos((6.28 * i) / circle.length);
double y = (H / 2 + 0) + (H / 2 - 2) * Math.sin((6.28 * i) / circle.length);
circle[i] = new Point((int) x, (int) y);
 
        }

L’initialisation de ce code est un cercle, j'ai besoin que l'initialisation est un rectangle de largeur et l’hauteur égale à l'image


et merci ...

[pseudocode]

Un truc comme ca ?

Code java :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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int MARGIN=8, STEP=16;
List<Point> points = new ArrayList<Point>();
for(int x=MARGIN;x<W-MARGIN;x+=STEP) points.add(new Point(x,MARGIN));
for(int y=MARGIN;y<H-MARGIN;y+=STEP) points.add(new Point(W-MARGIN,y));
for(int x=W-MARGIN;x>MARGIN;x-=STEP) points.add(new Point(x,H-MARGIN));
for(int y=H-MARGIN;y>MARGIN;y-=STEP) points.add(new Point(MARGIN,y));
 
Point[] rectangle = new Point[points.size()];
points.toArray(rectangle);

[Faudel24000]

Je vous remercie, Monsieur pseudocode, pour cette illustration, J'ai lu tout ce débat sur les contours actifs, il est vraiment m'aidé beaucoup
J'ai quelques questions concernant la force interne.

Le code pour calculer la force continuité et la force courbure

Code java :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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private double f_uniformity(Point prev, Point next, Point p) {
 
	// length of previous segment
	double un = distance2D(prev, p);
 
	// mesure of uniformity
	double avg = snakelength/snake.size();
	double dun = Math.abs(un-avg);
 
	// elasticity energy
	return dun*dun;
}
 
private double f_curvature(Point prev, Point p, Point next) {
	int ux = p.x-prev.x;
	int uy = p.y-prev.y;
	double un = Math.sqrt(ux*ux+uy*uy);
 
	int vx = p.x-next.x;
	int vy = p.y-next.y;
	double vn = Math.sqrt(vx*vx+vy*vy);
 
	if (un==0 || vn==0) return 0;
 
	double cx = (vx+ux)/(un*vn);
	double cy = (vy+uy)/(un*vn);
 
	// curvature energy
	double cn = cx*cx+cy*cy;
	return cn;
}

Le code est écrit pour les contours actifs fermer,
Ma question est dans le cas des contours actifs ouvert,
Est-ce qu'on met la force continuité = 0 pour le 1er point
Et la force coubure =0 pour le 1er et le dernier point?
Puisque dans le cas d'un contour actif ouvert il n'y a pas de précédent pour le premier point; et il n'y a pas le point suivant pour le dernier point.
MERCI D'avance Mr PseudoCode

[pseudocode]

Le code est écrit pour les contours actifs fermer,
Ma question est dans le cas des contours actifs ouvert,
Est-ce qu'on met la force continuité = 0 pour le 1er point
Et la force coubure =0 pour le 1er et le dernier point?
Puisque dans le cas d'un contour actif ouvert il n'y a pas de précédent pour le premier point; et il n'y a pas le point suivant pour le dernier point.
MERCI D'avance Mr PseudoCode

Je n'ai pas testé le cas des contours ouverts mais ca me semble une bonne idée de mettre ces deux énergies à 0 pour le premier et le dernier point.

Il faudra également modifier le mécanisme d'auto-adaptation si vous comptez l'utiliser car le calcul utilise le fait que la courbe est fermée.

[aichaeside]

Bonsoir
j'ai besoin de cet algorithme malheureusement je travaille sur matlab ;je ne sais pas si il y' a un moyen pour faire la liaison de matlab et java et je ne sais pas vraiment comment exécuter cet algorithme dans le netbeans???
si vous pouvez m'indiquez la procédure de l'exécuter j'en serais reconnaissante
merci

[pseudocode]

Bonsoir
j'ai besoin de cet algorithme malheureusement je travaille sur matlab ;je ne sais pas si il y' a un moyen pour faire la liaison de matlab et java

Je ne connais pas assez Matlab pour être sur, mais ca m'étonnerait qu'on puisse faire faciliement une interop Matlab/Java. D'un autre coté, je suis certain qu'on doit pouvoir trouver sur le net une implémentation des "Contours Actifs" en matlab.

et je ne sais pas vraiment comment exécuter cet algorithme dans le netbeans??? si vous pouvez m'indiquez la procédure de l'exécuter j'en serais reconnaissante

Il y a un fichier "*.jar" dispo dans le post #2. Il suffit de le télécharger et de l'executer (double-clic si java est installé).

[Jerome Briot]

Je ne connais pas assez Matlab pour être sur, mais ca m'étonnerait qu'on puisse faire faciliement une interop Matlab/Java.

Si si => http://www.mathworks.com/support/sol...n=1-179EJ&BB=1

je suis certain qu'on doit pouvoir trouver sur le net une implémentation des "Contours Actifs" en matlab.

Par exemple => 2D/3D image segmentation toolbox

[pseudocode]

Si si => http://www.mathworks.com/support/sol...n=1-179EJ&BB=1

Ah. C'est donc possible a condition d'avoir du code Java 1.3.x. Le problème c'est que le code actuel nécessite Java 1.5 minimum (utilisation des generics).

[Jerome Briot]

Ah. C'est donc possible a condition d'avoir du code Java 1.3.x. Le problème c'est que le code actuel nécessite Java 1.5 minimum (utilisation des generics).

Non... c'est juste que le lien pointe vers une solution pour une vieille version de MATLAB.

Par exemple sous MATLAB R2008b (sortie en octobre 2008) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Java VM Version: Java 1.6.0_01

[smaouiomar]

Excusez moi de poser des questions qui seront peut etre naives mais je suis débutante en java et traitement d'image et je dois développer dans 7 jours qui me reste l'algorithme des contours active (snake) sur des contours ouverts pour détecter la ligne médiane qui divise les deux lobes.
L'image "h.jpg" de la pièce jointe est l'image initial.et l'image "h1.jpg" et l'image que cherche à avoir sachant que j'ai qq point appartenant à cette ligne.
Est ce que vous pouvez SVP?
merci d'avance

Bonjour,

Pour obtenir un snake ouvert j'ai changé la méthode Step() pour ne pas tenir compte des énergies internes dans le cas du premier et dernie point du snake.

Code java :

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// find the point with the minimum sum of energies
                    double emin = Double.MaxValue, e = 0;
                    int x = 0, y = 0;
                    for (int dy = -1; dy <= 1; dy++)
                    {
                        for (int dx = -1; dx <= 1; dx++)
                        {
                            if ((i == 0) || (i == snake.Count - 1))
                            {
                                e = 0;
                                // e += alpha * e_uniformity[1 + dx][1 + dy]; // internal energy
                                //e += beta * e_curvature[1 + dx][1 + dy];  // internal energy
                                e += gamma * e_flow[1 + dx,1 + dy];       // external energy
                                e += delta * e_inertia[1 + dx,1 + dy];    // external energy
 
                            }
                            else
                            {
                                e = 0;
                                e += alpha * e_uniformity[1 + dx,1 + dy]; // internal energy
                                e += beta * e_curvature[1 + dx,1 + dy];  // internal energy
                                e += gamma * e_flow[1 + dx,1 + dy];       // external energy
                                e += delta * e_inertia[1 + dx,1 + dy];    // external energy
                            }
 
                            if (e < emin) { emin = e; x = cur.X + dx; y = cur.Y + dy; }
                        }
                    }

Ce calcul me donne un bon Résultat sauf que la Méthode rebuild(int space) Reconstruit le snake et redonne une snake fermé.
- Comment dois je procéder pour modifier cette méthode et garder un snake ouvert??
- Est ce que vous pouvez m'expliquer comment procède cette méthode. car franchement j'ai du mal à la comprendre?
Merci.

[pseudocode]

- Est ce que vous pouvez m'expliquer comment procède cette méthode. car franchement j'ai du mal à la comprendre?

Cette méthode effectue un resampling uniforme du snake. C'est à dire qu'on calcule la position de N points "uniformément espacés" sur la courbe du snake. Pour cela, on procède en deux étapes:

1. Pour chaque point "i" du du snake actuel, on calcule la distance totale depuis le point de départ jusqu'au point "i".

(cf. la 1ere boucle for() )

2. On calcule la position "idéale" du point "i" dans le nouveau snake, c'est à dire le point qui est a la distance (i/snake.size())*taille_totale. Bien sur, cette position idéale tombe souvent "entre deux points" du snake actuel. Pour calculer au mieux cette position, on fait une interpolation (spline cubique)

(cf. la 2nde boucle for() )

Ce calcul me donne un bon Résultat sauf que la Méthode rebuild(int space) Reconstruit le snake et redonne une snake fermé.
- Comment dois je procéder pour modifier cette méthode et garder un snake ouvert??

Dans la 1ere boucle, on calcule la distance entre le point "cur" et le point "next". On considère la courbe comme fermée, donc le point "next" du dernier point est en fait le 1er point. Ce qui est codé en utilisant l'opérateur modulo :

Code java :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Point next  = snake.get( (i+1)%snake.size() );

Pour simuler une courbe ouverte, il suffit de dire que le point "next" du dernier point n'existe pas... ou, plus simplement, qu'il est confondu avec le dernier point.

Code java :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Point next  = snake.get( Math.min(i+1,snake.size()-1) );

De meme dans la deuxième boucle, on utilise 4 points consécutifs et à nouveau on utilise un modulo pour considèrer la boucle fermée:

Code java :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Point prev  = snake.get((i+snake.size()-1)%snake.size());
Point cur   = snake.get(i);
Point next  = snake.get((i+1)%snake.size());
Point next2  = snake.get((i+2)%snake.size());

On peut également utiliser la meme astuce que précédemment pour simuler une courbe ouverte:

Code java :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Point prev  = snake.get( Math.max(i-1,0) );
Point cur   = snake.get(i);
Point next  = snake.get( Math.min(i+1,snake.size()-1) );
Point next2  = snake.get( Math.min(i+2,snake.size()-1) );

[smaouiomar]

On peut également utiliser la meme astuce que précédemment pour simuler une courbe ouverte:

Code java :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Point prev  = snake.get( Math.min(i-1,0) );
Point cur   = snake.get(i);
Point next  = snake.get( Math.min(i+1,snake.size()-1) );
Point next2  = snake.get( Math.min(i+2,snake.size()-1) );

Merci énormément pour votre réactivité
Juste une petite remarque pour le point prev il faut prendre le Math.max(i-1,0).

[pseudocode]

Merci énormément pour votre réactivité
Juste une petite remarque pour le point prev il faut prendre le Math.max(i-1,0).

Effectivement. J'ai corrigé.

[galadorn]

désolé de ressortir ce topic, je ne sais pas si je dois en ouvrir un autre ou continuer sur celui-ci, vu que ma question a un rapport très étroit avec ce topic ^^
Tout d'abord un grand merci pour ce code qui m'a été énormément utile.
Je travail sur un volume d'image IRM, et mon but et de segmenter une tumeur cérébrale.
J'ai donc utilisé ce code pour effectuer un snake sur chaque coupes de la tumeur, et je voudrais à présent travailler directement "en 3D".
Avez vous des sources pour implémenter ce snake ? ou des idées pour généraliser ce code a la 3D ?

Merci d'avance, et longue vie a ce forum qui m'a sauvé la vie plus d'une foie :p

[pseudocode]

J'ai donc utilisé ce code pour effectuer un snake sur chaque coupes de la tumeur, et je voudrais à présent travailler directement "en 3D".
Avez vous des sources pour implémenter ce snake ? ou des idées pour généraliser ce code a la 3D ?

Le principe est le même, quel que soit le nombre de dimension:

Code :

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Créer un snake initial ( 2D:courbe/polygone, 3D:surface/maillage)
Tantque nonconvergence
    Pour chaque point du snake
        Calcul des energies dans le voisinage du point ( 2D: voisins 3x3, 3D: voisins 3x3x3) en utilisant les formules d'énergie (2D/3D)
        Déplacer le point vers le minimum d'energie
    Fin Pour
Fin Tantque

Le mécanisme d'autoadaptation que j'ai rajouté dans mon implémentation peut aussi etre étendu à la 3D.

[galadorn]

merci, je vais donc fouiller dans cette direction.

[co2gaz]

Bonjour pseudocode,
J'ai une petite question concernant cette fonction:

f_uniformity(Point prev, Point next, Point p)

il n'y a que deux points qui sont utilisés. Est ce qu'on peut utiliser les 3 points pour avoir plus de robustesse.
Merci