D'après mon experience en entreprise, Jira est un très bon produit à tous les niveaux, TeamTrac est plutot bon aussi (commercial pour les entreprises - free sinon).
En libre, Mantis forcement, et Gemini, plutot sympa.
Ensuite, ca dépend des besoins de chacun, sachant qu'un outils de BugTracking est très souvent ouvert à d'autres fonctionnalités (tracking plus général, intégration d'outils tiers, suivis des tests, etc ...)
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