Discussion :

[pontarose]

Bonjour,

Je souhaite remplacer les bases A et G situé dans une position précise par T dans une séquence donnée
Je souhaite remplacer les A et G par T pour les positions entre 11-20; 34-57 et 105-116

fichier de la séquence

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>seq
CGCCTGACTGGAGGCGGATCCAGCCGGCCAGCTGCCTCTCTGGAGCCCAGCTCTTGGGCCCCCTGCACTCACCTGCTCTTCCTGGGCTGGCTGTCTCCTGCTCATCCAGCCATGCGGT

fichier position

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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11   20
34   57
105   116

Ainsi obtenir au final :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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CGCCTGACTGNNNNNNNNNNCAGCCGGCCAGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCCTGCACTCACCTGCTCTTCCTGGGCTGGCTGTCTCCTGCTCANNNNNNNNNNNN

Ce que j'ai fait :
J'extrais les sous-séqueces correspondant aux différentes positions puis je remplace A et G par T dans ses sous séquences. Mais, je coince car je n'ai pas la séquence finale

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for line in open(file_position):	
        line = line.replace('\n', '')	
	element = line.split("\t")
	start_results=int(element[1])	
 
        seq = ''.join(name2seq.values()) # séquence
 
        sous_seq = seq[start_results-1:stop_results:1]  # extraction de la sous-séquence
        mask = {'A':'T','G':'T'}
        print (''.join([ e.replace(e, mask[e]) for e in sous_seq])

Je pense que ce n'est pas la bonne méthode mais comment remplacer plusieurs caractère dans un texte à une position donnée?

[wiztricks]

Salut,

Je pense que ce n'est pas la bonne méthode mais comment remplacer plusieurs caractère dans un texte à une position donnée?

Les string sont immutables: remplacer <=> créer une nouvelle string.
Vous pouvez essayer 2 solutions:

• Découper la chaîne initiale en (liste de) segments 0-10, 11-20, 21-33, 34-57,... remplacer les caractères dans les segments qui vous intéressent, construire la chaine de caractère finale.
• Transformer la chaine de caractère en liste de caractère, parcourir la liste avec un
  

  Code :

  Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  for x, ch in enumerate(liste):
     ...

  lorsque le x est dans les intervalles définis, remplacer le caractère si nécessaire.
  à la sortie, reconstruire la chaîne de caractères à partir de la liste.

Bon courage,

- W

[cervo]

Ce que j'aurais fait à ta place ce serait de créer une fonction identique à replace() mais cette fois en ajoutant 2 paramètres en plus, un pour la position du caractère à changer et le second pour le caractère à utiliser ensuite je retourne un nouvelle chaîne. Tu pourras parcourir ton fichier position et recupérer ta chaine changée comme tu veux.

[VinsS]

Salut,

Où est le problème ? Les string peuvent être découpées par slicing.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>>> seq = 'CGCCTGACTGNNNNNNNNNNCAGCCGGCCAGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCCTGCACTCACCTGCTCTTCCTGGGCTGGCTGTCTCCTGCTCANNNNNNNNNNNN'
>>> def replace_(string, start, end, orig, subs):
...     part = string[start:end].replace(orig, subs)
...     return ''.join([string[:start], part, string[end:]])
...
>>> seq = replace_(seq, 20, 32, 'A', 'T')
>>> seq = replace_(seq, 20, 32, 'G', 'T')
>>> seq
'CGCCTGACTGNNNNNNNNNNCTTCCTTCCTTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCCTGCACTCACCTGCTCTTCCTGGGCTGGCTGTCTCCTGCTCANNNNNNNNNNNN'

[Tatamy]

Salut,

Ce qu'il est possible de faire aussi c'est de transformer ta chaîne en liste. Effectuer tes modifications. Puis retransformer en string.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>>> seq='CGCCTGACTGNNNNNNNNNNCAGCCGGCCAGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCCTGCACTCACCTGCTCTTCCTGGGCTGGCTGTCTCCTGCTCANNNNNNNNNNNN'
>>> seqList=list(seq)
>>> position=21
>>> [seqList[x].replace(seqList[x],'T') for x in range(0,21) if seqList[x]=='G'or seqList[x]=='A']
>>> seqUpdate=''.join(str(e) for e in seqList)
>>> seqUpdate
'CGCCTGACTGNNNNNNNNNNCTGCCGGCCAGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCCTGCACTCACCTGCTCTTCCTGGGCTGGCTGTCTCCTGCTCANNNNNNNNNNNN'

Attention à la position dans la liste
remplacer range par tes plages.

Edit: En fait ca ne marche pas. je reviendrai dessus.

Edit bis:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>>> def replace_char(liste,orig,term,fValue=('A','G'),tValue='T'):
	for i in range(orig,term):
		if liste[i] in fValue:
			liste[i]=tValue
 
>>> seq
'CGCCTGACTGNNNNNNNNNNCAGCCGGCCAGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCCTGCACTCACCTGCTCTTCCTGGGCTGGCTGTCTCCTGCTCANNNNNNNNNNNN'
>>> seqList=list(seq)
>>> replace_char(seqList,0,21)
>>> seqUpdate=''.join(str(e) for e in seqList)
>>> seqUpdate
'CTCCTTTCTTNNNNNNNNNNCAGCCGGCCAGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCCCCTGCACTCACCTGCTCTTCCTGGGCTGGCTGTCTCCTGCTCANNNNNNNNNNNN'