Discussion :

[piploum]

Bonjour,
j'utilise un logiciel de calcul d'équations, Bearclaw et il fait appel à des librairies HDF,
j'ai donc installé la version 5 mais j'ai un souci de compilation:

> make
ifort -c -I~/Bearclaw/hdf/include -I~/Bearclaw/hdf/lib -g /afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.f90 -o /afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.o -I/afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib
fortcom: Error: /afs/inria. fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.f90, line 25: Error in opening the Library module file. [HDF5]
USE HDF5
......^
fortcom: Error: /afs/inria. fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.f90, line 59: A kind type parameter must be a compile-time constant. [HID_T]
INTEGER (HID_T) :: sd5_id,sd5_id_t
...........^
fortcom: Error: /afs/inria. fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.f90, line 105: A kind type parameter must be a compile-time constant. [HSIZE_T]
INTEGER (HSIZE_T) :: sds5_dims(1)
.............^
fortcom: Error: /afs/inria. fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.f90, line 108: A kind type parameter must be a compile-time constant. [HID_T]
INTEGER (HID_T) :: sds5_id,dspace_id
.............^
.
.
.

..............................................^
compilation aborted for /afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.f90 (code 1)
make: *** [/afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.o] Error 1

quelqu'un pourrait-il m'aider, s'il vous plait ??

[Sylvain Bergeron]

Le compilateur ne trouve pas le module HDF5. Normalement, il devrait y avoir un fichier HDF5.mod si le source du module est pré-compilé. Sinon, il faudrait que tu cherche où se trouve le fichier source contenant « module HDF5 ». Il y a possiblement un problème de chemin d'accès ou de make incomplet.

[piploum]

merci de ta réponse,
en fait, je trouve juste un hdf5.h dans une lib ailleurs avec plein d'autres trucs en C,
je suppose que c'est bien compatible niveau langage avec mon fortran mais alors pour en savoir plus...

plus précisément:
alors, en fait, j'ai mon dossier ~/Bearclaw avec tout ce que que j'ai décompressé dont entre autre le dossier lib, où se trouve beario qui me donne l'erreur,
mais mon hdf5.h est lui dans ~/Bearclaw/hdf/include avec toutes mes librairies de hdf par défaut
et je viens de trouver un hdf5.mod dans ~/Bearclaw/hdf/lib

je vais pas tout déplacer quand même, si?
ou je dois faire une redirection? (et commment, stp? )

[Sylvain Bergeron]

Je ne suis pas un expert en Unix / Linux, si quelqu'un peut prendre le relais...

je trouve juste un hdf5.h dans une lib ailleurs avec plein d'autres trucs en C, je suppose que c'est bien compatible niveau langage avec mon fortran mais alors pour en savoir plus...

Non. Un include file C n'est pas compatible avec Fortran.

...je viens de trouver un hdf5.mod dans ~/Bearclaw/hdf/lib

je vais pas tout déplacer quand même, si?
ou je dois faire une redirection? (et commment, stp? )

Ce qui semble ne pas fonctionner, c'est que le compilateur ne vois pas le fichier hdf5.mod. Ou plutôt, il n'est pas capable de l'ouvrir. Il y a 2 pistes à mon avis :

• La facile: il ne trouve pas le fichier. Il faut trouver comment dire au compilateur où se trouvent les fichiers .mod avec un paramètre du genre -I... Il faut consulter le manuel du compilateur
• La difficile ? Comme le format du fichier .mod est propriétaire, il est possible que tu n'aies pas une version du .mod compatible avec ton compilateur. Encore là 2 pistes : tu trouves un package compatible, ou tu as le source du module et tu le recompiles...

[Ehouarn]

Bonjour,

J'ai peut-être une piste pour toi piploum:
Pour certains compilateurs, l'option -I sert à la fois à désigner où trouver les fichiers à inclure et les modules; pour d'autres, l'option '-I' ne désigne que où trouver les fichiers à inclure et il y a une autre option à spécifier, par ex '-module', pour désigner où trouver les modules.

Je ne connais pas 'ifort', mais peut-être fait-il partie de ces derniers. Dans ce cas, il te suffirait de rajouter la bonne option pour préciser où aller chercher les modules (a priori ~/Bearclaw/hdf/lib , vu ce que tu as dit plus haut).

[piploum]

merci de ta réponse,
j'ai donc fait un :
ifort -help
et j'obtiens entre autre:

-I<dir> add directory to include file search path

mais pas de -mod ou -module...



sinon, j'ai un:
-L<dir> instruct linker to search <dir> for libraries

est-ce que cela serait cela ?...

[Fortran90]

Pour ifort l'option -module $(CheminDesModules) lui indique qu'en cas de compilation d'un module (les .mod), il doit placer celui-ci dans le répertoire CheminDesModules

Le plus propre est habituellement de réserver un répertoire aux .mod, ça évite de malencontreusement laisser trainer des .mod à côté des sources à cause d'une mauvaise directives clean de ton Makefile et ainsi d'avoir qques soucis de compilation par la suite...

Reprenons...
Un fichier utilisant ce module quand à lui devra contenir -I$(CheminDesModules)

Ce qui semble être le cas le cas dans ton make.

Reste à vérifier la cohérence des emplacements réels de tes différents sources, modules et fichiers include.

[piploum]

merci de ta réponse, on se rapproche

Ne voulant pas rater mon coup, car tout cela est vraiment très technique pour moi, je t'en dis plus:

tout au début j'ai:

BEARCLAWLIB = $(BEARCLAW)/lib

DIR_MODULES = $(BEARCLAWLIB)

# Location of HDF include, module files
#HDFINC=/usr/local/hdf/include remplacé par:
HDFINC=~/Bearclaw/hdf/include
#HDFMOD=/usr/local/hdf/lib remplacé par:
HDFMOD=~/Bearclaw/hdf/lib

# Location of HDF libraries
#HDFLIBS = -L/usr/local/hdf/lib -lhdf5_fortran -lhdf5 -lmfhdf -ldf -ljpeg -lz -lsz remplacé par:
HDFLIBS = ~/Bearclaw/hdf/lib -lhdf5_fortran -lhdf5 -lmfhdf -ldf -ljpeg -lz -lsz

puis, plus loin:

# Compiler command
FC = $(COMPILER) -c -I$(HDFINC) -I$(HDFMOD) $(FFLAGS)
# Linker command
LINK = $(LINKER) $(LLFLAGS)

# Required libraries
LIBS = $(HDFLIBS)

.SUFFIXES: .F90 .f90 .mod .c .o .f

# Compile rules

ifeq ($(MAKECMDGOALS),mpibear)
%.o : %.f90
$(MPICOMPILER) -c -DMPIBEAR -I$(HDFINC) -I$(HDFMOD) $(USER_FFLAGS) $(FFLAGS) -I$(DIR_MODULES) $< -o $@
else
%.o : %.f90
$(FC) $< -o $@ -I$(DIR_MODULES) $(USER_FFLAGS)
endif

que dois-je très concrètement modifier, stp ??

[piploum]

bon, j'ai essayé:

# Compiler command
#FC = $(COMPILER) -c -I$(HDFINC) -I$(HDFMOD) $(FFLAGS)
FC = $(COMPILER) -c -I$(HDFINC) -module$(HDFMOD) $(FFLAGS) #essai P.M----------------------------------
# Linker command
LINK = $(LINKER) $(LLFLAGS)

# Required libraries
LIBS = $(HDFLIBS)

.SUFFIXES: .F90 .f90 .mod .c .o .f

# Compile rules

ifeq ($(MAKECMDGOALS),mpibear)
%.o : %.f90
# $(MPICOMPILER) -c -DMPIBEAR -I$(HDFINC) -I$(HDFMOD) $(USER_FFLAGS) $(FFLAGS) -I$(DIR_MODULES) $< -o $@
#essai P.M ligne suivante_____________________________________________________________________________________:
$(MPICOMPILER) -c -DMPIBEAR -I$(HDFINC) -module$(HDFMOD) $(USER_FFLAGS) $(FFLAGS) -I$(DIR_MODULES) $< -o $@
else
%.o : %.f90
$(FC) $< -o $@ -I$(DIR_MODULES) $(USER_FFLAGS)
endif

rien de neuf a-priori...

> make
ifort -c -I~/Bearclaw/hdf/include -L~/Bearclaw/hdf/lib -g /afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.f90 -o /afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.o -I/afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib
fortcom: Error: /afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.f90, line 25: Error in opening the Library module file. [HDF5]
USE HDF5
......^

à l'aide , svp

[Fortran90]

il faut détacher le chemin de l'option, dixit:
-module $(CheminDesModules)
Contrairement à l'inclusion des modules:
-I$(CheminDesModules)

[piploum]

nouvel essai:

# Compiler command
#FC = $(COMPILER) -c -I$(HDFINC) -I$(HDFMOD) $(FFLAGS)
FC = $(COMPILER) -c -I$(HDFINC) -module $(HDFMOD) $(FFLAGS) #essai P.M----------------------------------
# Linker command
LINK = $(LINKER) $(LLFLAGS)

# Required libraries
LIBS = $(HDFLIBS)

.SUFFIXES: .F90 .f90 .mod .c .o .f

# Compile rules

ifeq ($(MAKECMDGOALS),mpibear)
%.o : %.f90
# $(MPICOMPILER) -c -DMPIBEAR -I$(HDFINC) -I$(HDFMOD) $(USER_FFLAGS) $(FFLAGS) -I$(DIR_MODULES) $< -o $@
#essai P.M ligne suivante_____________________________________________________________________________________:
$(MPICOMPILER) -c -DMPIBEAR -I$(HDFINC) -module $(HDFMOD) $(USER_FFLAGS) $(FFLAGS) -module $(DIR_MODULES) $< -o $@
else
%.o : %.f90
$(FC) $< -o $@ -I$(DIR_MODULES) $(USER_FFLAGS)
endif

mais ça plante toujours,
par contre, pour une nouvelle raison:

> make
ifort -c -I~/Bearclaw/hdf/include -module ~/Bearclaw/hdf/lib -g /afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.f90 -o /afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.o -I/afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib
fortcom: Error: /afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.f90, line 25: This module file was not generated by any release of this compiler. [HDF5]
USE HDF5
......^

[Fortran90]

Message très clair. Le module généré vient pas du même compilo.
Ya embrouille là !

Alors primo fait ls de
/afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/
regarde si ya rien qui traine en *.mod dedans. Possible qu'il y en ai et par défaut il va prendre celui dans le répertoire courant...

Deuxio nettoye tout avec un make clean ou cleanall. Tous les lib, .o et .mod doivent passer à la trappe pour ne pas avoir de doute permis.

[piploum]

merci infiniment pour tes décryptages
ça fait plaisir de se sentir épaulé, après ces derniers jours de galère...

alors le ls dans ~/Bearclaw/lib/ ne donne aucun .mod:

> ls
bearez.f90 fixup.o linsolve.f90 NodeInfoGlobal.f90 problem.f90
beario.f90 fsbear.f90 linsolveOLD.f90 NodeInfoTypeClassicBEAR.f90 rundata.f90
beario.f90~ FuncParamTypeCommon.f90 Makefile.generic NodeInfoTypeCommon.f90 serial_exec.f90
classicbear.f90 griddata.f90 mkp.f NodeInfoTypeCompactBEAR.f90 setbc.f90
compactbear.f90 hdf.f90 mpi_bearez.f90 NodeInfoTypeFastMP.f90 SizeOfInfo.f90
development InfoFieldUtils.f90 mpi_beario.f90 NodeInfoTypeMUSCLbear.f90 treeops.f90
dffunc.f90 infosize.c mpidriver.f90 NodeInfoTypeWaveBEAR.f90 treeops.f90.sav
driver.f90 infoword.c mpi_exec.f90 nohdf.f90 treeops.o
enobear.f90 InitFields.f90 MUSCLbear.f90 openmpdriver.f90 wavebear.f90
fastMP.f90 linsolve1.f90 nodeinfodef.f90 openmp_exec.f90 wavebeargrid.f90

et le nettoyage ~/Bearclaw/lib/ joue l'absent:

> make clean
make: *** No rule to make target `clean'. Stop.
> cleanall
cleanall: Command not found.

[piploum]

J'ai fait à tout hasard le makeclean là où je fais mon > make:
(dans /malassen/Bearclaw/examples/wavebear/1d/advection/example1/)

et j'ai:

> make clean
rm -f nodeinfodef.o problem.o
rm -f problem.mod
rm -f nodeinfodef.mod
rm -f problem.o
rm -f nodeinfodef.o
rm -f scheme.o
rm -f scheme.mod
rm -f PROBLEM.mod
rm -f NODEINFODEF.mod
rm -f PROBLEM.o
rm -f NODEFINODEF.o
rm -f SCHEME.o
rm -f SCHEME.mod
rm -f xbear.log
rm -f gmon.out
rm -f *.g90
rm -f *.mod
rm -f Grid*.data
rm -f bear.rundata
rm -f xbear
rm -f mpibear
rm -f *.d
rm -f *.log
> make
ifort -c -I~/Bearclaw/hdf/include -module ~/Bearclaw/hdf/lib -g -I/afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib nodeinfodef.f90
ifort -c -I~/Bearclaw/hdf/include -module ~/Bearclaw/hdf/lib -g -I/afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib problem.f90
ifort -c -I~/Bearclaw/hdf/include -module ~/Bearclaw/hdf/lib -g /afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.f90 -o /afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.o -I/afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib
fortcom: Error: /afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.f90, line 23: Error in opening the Library module file. [TREEOPS]
USE TreeOps
......^
fortcom: Error: /afs/inria.fr/rocq/home/sisyphe/malassen/Bearclaw/lib/beario.f90, line 25: This module file was not generated by any release of this compiler. [HDF5]
USE HDF5
......^