Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

J'aimerais des conseils quand au module à utiliser en Perl afin de représenter une séquence ADN et des amorces s'y appariant. Une grande ligne et deux plus petites y étant accolées avec les positions renseignées par des chiffres.
J'ai vu qu'il existe les modules Tk et Prima, y en aurait-il d'autres plus appropriés à mon cas?

Merci,

Jasmine,

[djibril]

tu peux tres bien le faire en TK ou bien via une page web avec CGI

[Leishmaniose]

Salut,

Il y a aussi le module GD qui peut faire l'affaire !! Mais je te l'accorde il faut du temps pour arriver à le maitriser, pour ma part j'ai essayé de l'utiliser pour générer un rendu graphique d'un résultat blast à l'instar de celui du NCBI, bon je ne suis pas allé au bout du truc mais j'ai réussi tout de même à avoir des barres avec des tailles proportionnelles sur lesquelles j'ai même réussi à greffer des liens et appliquer une intensité de couleur différente à chacune des barres, intensité qui renseigne sur le score de l'alignement...

Voila.

Bonne continuation.

[Jasmine80]

J'ai commencer à essayer d'utiliser Tk et c'est bien plus simple qu'il n'y paraissait à première vue. L'avantage de Tk est qu'il y a moyen de faire une interface utilisateur où on pourra entrer les séquences des amorces. Je ne sais pas ce qu'il en est avec le module GD.


Merci,

Jasmine,

[djibril]

GD permet juste de créer des images. Et le but est de les créer dynamiquement.
Mais à toi de voir.

[crochepatte]

Si tu utilises le module GD (ou tout autre module graphique, moi j'utilise PerlMagick) tu devrais passer par une interface web et donc par CGI comme precisé par Djibril...
De plus, si il s'agit de representations assez sommaire, tu n'es meme pas obliger d'utiliser des module perl...Tu peux utiliser du Javascript ou encore du HTML (par un tableau d'image) pour illustrer des données...
Apres tout depends de l'usage que tu veux faire de ces illustrations (doivent elles etre sauvegardable, modifiable, precises...) et de comment tu vois ton application (distante via serveur web ou statique sur un poste dedié, un utilisateur ou plusieurs...etc)

Voila

[Jasmine80]

Si tu utilises le module GD (ou tout autre module graphique, moi j'utilise PerlMagick) tu devrais passer par une interface web et donc par CGI comme precisé par Djibril...
De plus, si il s'agit de representations assez sommaire, tu n'es meme pas obliger d'utiliser des module perl...Tu peux utiliser du Javascript ou encore du HTML (par un tableau d'image) pour illustrer des données...

Je connais html et php mais pas Javascript. Où alors je peux faire un site php, html sans javascript

Apres tout depend de l'usage que tu veux faire de ces illustrations (doivent elles etre sauvegardables, modifiables, precises...) et de comment tu vois ton application (distante via serveur web ou statique sur un poste dedié, un utilisateur ou plusieurs...etc)

Oui, j'aimerais sauver les résultats, je peux toujours faire un printscreen. Sinon ça ne doit pas être précis, pas à l'échelle, juste pour avoir une idée d'où se situent les amorces avec les postions écrites en chiffre, c'est surtout ces positions numériques qui seront importantes sur le graphique. Mais je peux également les faire apparaître en texte dans un cadre à côté du graphique.


Merci,

Jasmine,

[djibril]

Généralement pour ce genre de chose, on crée dynamiquement des images qui sont ensuite affichées sur une page web, une interface TK ou autres.
tu peux aussi un affichage simple sous forme de sequence :

ATGCCGATGTAGCATCGATCG
TACGGCT

Et de plus mettre des couleurs sur les motif qui match, etc.
Bref, tout dépend vraiment de toi, et comme te l'as dit crochepatte de l'utilisation de ton script (serveur web pour un réseau, script perso, Tk, etc.)

Courage

[Jasmine80]

Oui, merci beaucoup. Je vais utiliser TK et faire une interface utilisateur où on pourra y entrer les séquences à aligner.


Jasmine,