Discussion :

[julien.63]

salut,
je souhaite faire un tableau de structure. Je crois que j'arrive à placer mes valeurs dans la structure, mais je n'arrive pas à les récupèrer. Quand j'exécute le programme, j'ai le message "bus error" qui je crois indique une fuite de mémoire.
Je pense que le souci se situe au niveau de la boucle for.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#define TAXON_LENGTH 20
#define	SCI_NAME_LENGTH 40
typedef struct {
	char		taxon;		// taxon name asked by the user 
	char		sci_name[SCI_NAME_LENGTH];	// scientific name
	int32_t		tax_id;					// tax id use ecoPCR prefilter
	int32_t		tax_rank;					// taxonomic rank  
} taxon_info;
 
int main(int argc, char **argv) 
{
	int32_t     carg;
	int32_t		i=0;
	taxon_info	taxonlist[10];
 
	while ((carg = getopt(argc, argv, "t:")) != -1) {
 
     switch (carg) {
        case 't':               	/* taxon list			    */
           taxonlist[i]->taxon = optarg;
           i++;
           break;
     }
 
	}
 
	for (i=0;i<5;i++){
		printf("%s",taxonlist[i].taxon);	
	}

merci pour le coup de main D2

[Médinoc]

Ça compile, ça ?

• taxon_info est un typedef de structure, pas de pointeur
• taxonlist est un tableau de structure
• taxonlist[i]->taxon est une tentative de l'utiliser comme tableau de pointeur...

PS: Tu n'as aucune garantie que i va bien jusqu'à 5. Tu devrais mémoriser la valeur finale de i après la premère boucle et t'en servir comme limite pour ton for.

[julien.63]

Pour le i, je comprends ce que tu veux dire.

Pour le reste , est ce que tu peux détailler un peu ce qui cloche ?
voici où j'en suis :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#define TAXON_LENGTH 20
#define	SCI_NAME_LENGTH 40
struct taxon_info {
	char		taxon;		// taxon name asked by the user 
	char		sci_name[SCI_NAME_LENGTH];	// scientific name
	int32_t		tax_id;					// tax id use ecoPCR prefilter
	int32_t		tax_rank;					// taxonomic rank  
};
 
int main(int argc, char **argv) 
{
	int32_t     carg;
	int32_t		i=0, k=0;
	struct taxon_info	taxonlist[10];
 
	while ((carg = getopt(argc, argv, "t:")) != -1) {
 
     switch (carg) {
        case 't':               	/* taxon list			    */
           taxonlist[i]->taxon = optarg;
           i++;
           break;
     }
 
	}
 
 
	for (k=0;k<i;k++){
		printf("%s",taxonlist[k].taxon);	
	}
 
	return 0;
}

merci

[diogene]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

taxonlist[i]->taxon = optarg;

Ce que dit Médinoc est que taxonlist[ i ] est une structure et que pour accéder à un champ d'une structure on utilise l'opérateur . (point). L'opérateur -> permet d'accéder au champ d'une structure à partir de l'adresse de la structure.
D'ailleurs, plus loin dans ton code on trouve l'expression correcte:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

printf("%s",taxonlist[k].taxon);

Le compilateur devrait signaler cette erreur.

[julien.63]

ok, d'accord je comprends, je vais corriger ça merci beaucoup

je reviens car je me demande si je dois initialiser mon tableau de structure avant de l'utiliser ?
Je mets mon code (simplifié) ci-dessous. Je n'ai pas de message particulier à la compilation mais ça plante à l'exécution (Segmentation fault). Si je mets 0 à la place de j dans le do while, ça fonctionne.
Dois-je faire une initialisation du genre :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sizeof(taxon_info)*RESULT_LENGTH

avec malloc ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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typedef struct  {
	char		*sci_name;
	int32_t		tax_id;
	int32_t		tax_rank;
} taxon_info ;
 
#define PATTERN_NUMBER 	10
#define PATTERN_LENGHT 	40
#define	RESULT_LENGTH	100
 
int main(int argc, char **argv) 
{
	int32_t     	carg;
	int32_t			numpattern=0;
	int32_t 		k,j=0;
	char			*taxon;
	char 			pattern[PATTERN_NUMBER][PATTERN_LENGHT];
	taxon_info		taxonlist[RESULT_LENGTH];
	ecotaxonomy_t 	*taxonomy;	
 
	int				re_error;
	int				re_match;
	regex_t			re_preg;
 
	while ((carg = getopt(argc, argv, "t:")) != -1) {
     switch (carg) {                        
        case 't':
           strncpy(pattern[numpattern],optarg,PATTERN_LENGHT);
           numpattern++;
           break;
     }
	}
 
	taxonomy = read_taxonomy(prefix);
 
	do {
		taxon = taxonomy->taxons->taxon[j].name;
		taxonlist[j].sci_name = taxon;
	   	taxonlist[j].tax_id = taxonomy->taxons->taxon[j].taxid;
	   	taxonlist[j].tax_rank = taxonomy->taxons->taxon[j].rank;
	   	j++;
 
	} while(taxon != NULL);
 
	return 0;
}

merci d'avance pour vos conseils

[julien.63]

Je pense que le souci, c'est justement quand j dépasse 0, alors il y a un souci de mémoire. Peut être parce que mon tableau de structure n'a pas suffisamment d'espace mémoire?
Quelqu'un peut-il me le confirmer?
Si oui, quelles pistes pour y remédier?