[image] Filtre Squelette pour ImageJ - Page 2

pseudocode · 11/05/2011, 10h04

Citation:

Envoyé par ToTo13

Mon souci est que je dois l'appliquer sur un squelette en niveaux de gris :-(

Je ne vois pas en quoi ca pose un problème dans la phase de simplification du squelette.

A moins qu'il y ait une subtilité dont je n'ai pas conscience ?

ToTo13 · 11/05/2011, 10h21

Citation:

Envoyé par pseudocode

Je ne vois pas en quoi ca pose un problème dans la phase de simplification du squelette.

A moins qu'il y ait une subtilité dont je n'ai pas conscience ?

Effectivement.
J'ai appliqué les masques classques avec un min/max pour travailler en niveaux de gris, mais ça ébarbule TRES fort.
Je commence donc à avoir un sacré doute sur les deux étoiles... je me demande si en fait il n'y aurait pas un 1 à la place de l'une des deux.

pseudocode · 11/05/2011, 11h13

Citation:

Envoyé par ToTo13

Effectivement.
J'ai appliqué les masques classques avec un min/max pour travailler en niveaux de gris, mais ça ébarbule TRES fort.
Je commence donc à avoir un sacré doute sur les deux étoiles... je me demande si en fait il n'y aurait pas un 1 à la place de l'une des deux.

Le masque m'a l'air bon. Mais c'est vrai que l'ébarbulage avec ce masque est difficile à doser car il retire progressivement tous les endpoints. Si tu veux quelque chose de robuste, il vaut mieux passer par une autre méthode.

ToTo13 · 11/05/2011, 14h18

Citation:

Envoyé par pseudocode

Le masque m'a l'air bon. Mais c'est vrai que l'ébarbulage avec ce masque est difficile à doser car il retire progressivement tous les endpoints. Si tu veux quelque chose de robuste, il vaut mieux passer par une autre méthode.

Et en niveaux de gris, les "endpoints" sont différemment placés, donc en une itération tu peux supprimer un tiers de l'image.

ToTo13 · 12/05/2011, 02h08

Je confirme mon soupçon : l'étoile en bas doit être un 1.
J'ai fait des tests, si on met deux étoiles, on peut supprimer une composante d'un coup car on peut supprimer deux pixels voisins en un seul passage.

pseudocode · 12/05/2011, 10h56

Citation:

Envoyé par ToTo13

Je confirme mon soupçon : l'étoile en bas doit être un 1.
J'ai fait des tests, si on met deux étoiles, on peut supprimer une composante d'un coup car on peut supprimer deux pixels voisins en un seul passage.

J'avoue que je ne vois pas pourquoi c'est mieux, mais je te fais confiance.

Ce qui m'étonne c'est qu'avec un un masque du type

0 0 0
0 1 0
0 1 *

tu ne peux pas retirer les barbules qui sont en diagonales.

ToTo13 · 12/05/2011, 14h58

Citation:

Envoyé par pseudocode

J'avoue que je ne vois pas pourquoi c'est mieux, mais je te fais confiance.

Ce qui m'étonne c'est qu'avec un un masque du type

0 0 0
0 1 0
0 1 *

tu ne peux pas retirer les barbules qui sont en diagonales.

Il y a bien sûr les 8 rotations qui vont avec.

Du coup si on met les deux étoiles, deux points contigus peuvent être supprimés par deux masques symétriques.

pseudocode · 12/05/2011, 15h47

Citation:

Envoyé par ToTo13

Il y a bien sûr les 8 rotations qui vont avec.

Ah ok. J'en étais resté à 4 rotations.

Citation:

Du coup si on met les deux étoiles, deux points contigus peuvent être supprimés par deux masques symétriques.

Effectivement. Ton masque est moins agressif que celui habituel.

ToTo13 · 24/05/2011, 15h38

Est ce que tu aurais l'article que tu as utilisé pour écrire ce code ?
Les masques sont sensiblement différents (type et ordre).

pseudocode · 24/05/2011, 15h55

Citation:

Envoyé par ToTo13

Est ce que tu aurais l'article que tu as utilisé pour écrire ce code ?
Les masques sont sensiblement différents (type et ordre).

Le document est en lien dans le post #1. Le 'meilleur' code est dans le post #4.

Je n'ai que légèrement modifié l'algo. J'ai ajouté la condition obligatoire "CN(P)>3 si Trans(P)==1" qui protège d'un effacement trop violent et qui m'assure l'idempotence.

Edit: ah oui, j'ai oublié de dire que je ne flaguais pas les pixels mais que je les effaçais directement (ce qui m'oblige a garder un buffer de 3 lignes pour calculer le voisinage CN(P))

ToTo13 · 24/05/2011, 18h36

Citation:

Envoyé par pseudocode

Le document est en lien dans le post #1. Le 'meilleur' code est dans le post #4.

Je n'ai que légèrement modifié l'algo. J'ai ajouté la condition obligatoire "CN(P)>3 si Trans(P)==1" qui protège d'un effacement trop violent et qui m'assure l'idempotence.

Edit: ah oui, j'ai oublié de dire que je ne flaguais pas les pixels mais que je les effaçais directement (ce qui m'oblige a garder un buffer de 3 lignes pour calculer le voisinage CN(P))

ok merci, je vais aller m'acheter des yeux.

MehdiDrissi · 26/05/2011, 02h10

Bonsoir à vous,

Ce programme existe il en C++ / C ?
Ou dans une fonction OpenCV ??
Merci.

ToTo13 · 26/05/2011, 10h23

Citation:

Envoyé par MehdiDrissi

Bonsoir à vous,

Ce programme existe il en C++ / C ?
Ou dans une fonction OpenCV ??
Merci.

Si tu regardes le code source du post #4, tu peux remarquer qu'à part le mot clé "class" et le fait qu'un byte en C est un char, tout le reste est du C.

ToTo13 · 26/05/2011, 10h29

J'ai tenté un passage en niveaux de gris de cet algorithme, mais sans succès.
Voilà mes modifications :
- les -1 sont maintenant des constantes OTHER.
- les 0 et 1 sont remplacés par des LOWER/HIGHER

Code java :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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private int neighbourhood(int[][] c, int x, int y)
	{
	if ( c[x-1][y-1] != 0 ) neighbourhood++ ;
	...
	}
 
 
private int transitions(int[][] c, int x, int y)
	{
	if ( c[x-1][y-1] < c[x-1][y  ] ) transitions++ ;
	...
	}
 
 
private boolean matchPattern(int[][] c, int x, int y, int[] pattern)
	{
	for (int i=0 ; i < 8 ; i++)
		switch ( pattern[i] )
			{
			case OTHER :
				break ;
			case HIGHER : if ( !(c[x][y] <= c[x+dx[i]][y+dy[i]]) ) return false ;
				break ;
			case LOWER : if ( !(c[x+dx[i]][y+dy[i]] < c[x][y]) ) return false ;
				break ;
			default : throw new Error("Must not occured.") ;
			}
 
	return true ;
	}

Mais ça ne fonctionne pas du tout :-(
Seulement quelques pixels sont supprimés et j'obtiens tout sauf un squelette.
Qu'est ce que je n'ai pas compris ?

pseudocode · 26/05/2011, 11h54

Citation:

Envoyé par ToTo13

J'ai tenté un passage en niveaux de gris de cet algorithme, mais sans succès.
Mais ça ne fonctionne pas du tout :-(
Seulement quelques pixels sont supprimés et j'obtiens tout sauf un squelette.
Qu'est ce que je n'ai pas compris ?

Heu... il faut aussi modifier les méthodes neighbourhood() et transitions() pour tenir compte de la valeur du pixel central.

Code java :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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/**
 * Skeleton Filter for gray-levels images
 * 
 * Original algorithm : Dr. Chai Quek
 * Modified algorithm : Xavier Philippeau 
 * 
 * @author Xavier Philippeau (based on work of Dr. Chai Quek)
 * 
 */
public class SkeletonGrayFast {
 
	// Smoothing pattern
	private byte[] pattern1={-1,1,0,1,0,0,0,0};
	private byte[] pattern2={0,1,0,1,-1,0,0,0};
	private byte[] pattern3={0,0,-1,1,0,1,0,0};
	private byte[] pattern4={0,0,0,1,0,1,-1,0};
	private byte[] pattern5={0,0,0,0,-1,1,0,1};
	private byte[] pattern6={-1,0,0,0,0,1,0,1};
	private byte[] pattern7={0,1,0,0,0,0,-1,1};
	private byte[] pattern8={0,1,-1,0,0,0,0,1};
 
	// Neighbourhood
	private int neighbourhood(int[][] c,int x,int y) {
		int neighbourhood=0;
		int ref=c[x][y]; 
		if (ref <= c[x-1][y-1]) neighbourhood++;
		if (ref <= c[x-1][y  ]) neighbourhood++;
		if (ref <= c[x-1][y+1]) neighbourhood++;
		if (ref <= c[x  ][y+1]) neighbourhood++;
		if (ref <= c[x+1][y+1]) neighbourhood++;
		if (ref <= c[x+1][y  ]) neighbourhood++;
		if (ref <= c[x+1][y-1]) neighbourhood++;
		if (ref <= c[x  ][y-1]) neighbourhood++;
		return neighbourhood;
	}
 
	// Transitions Count
	private int transitions(int[][] c,int x,int y) {
		int transitions=0; 
		int ref=c[x][y]; 
		if (c[x-1][y-1]<ref && c[x-1][y  ]>=ref) transitions++;
		if (c[x-1][y  ]<ref && c[x-1][y+1]>=ref) transitions++;
		if (c[x-1][y+1]<ref && c[x  ][y+1]>=ref) transitions++;
		if (c[x  ][y+1]<ref && c[x+1][y+1]>=ref) transitions++;
		if (c[x+1][y+1]<ref && c[x+1][y  ]>=ref) transitions++;
		if (c[x+1][y  ]<ref && c[x+1][y-1]>=ref) transitions++;
		if (c[x+1][y-1]<ref && c[x  ][y-1]>=ref) transitions++;
		if (c[x  ][y-1]<ref && c[x-1][y-1]>=ref) transitions++;
		return transitions;
	}
 
	// math a single pixel
	private boolean matchPixel(int ref, int pixel, byte pattern) {
		if (pattern==-1) return true;
		if (pattern==0 && pixel<ref) return true;
		if (pattern==1 && pixel>=ref) return true;
		return false;
	}
 
	// Match a pattern
	private boolean matchPattern(int[][] c,int x,int y,byte[] pattern) {
		int ref=c[x][y];
		if (!matchPixel(ref,c[x-1][y-1],pattern[0])) return false;
		if (!matchPixel(ref,c[x-1][y  ],pattern[1])) return false;
		if (!matchPixel(ref,c[x-1][y+1],pattern[2])) return false;
		if (!matchPixel(ref,c[x  ][y+1],pattern[3])) return false;
		if (!matchPixel(ref,c[x+1][y+1],pattern[4])) return false;
		if (!matchPixel(ref,c[x+1][y  ],pattern[5])) return false;
		if (!matchPixel(ref,c[x+1][y-1],pattern[6])) return false;
		if (!matchPixel(ref,c[x  ][y-1],pattern[7])) return false;
		return true;
	}
 
	// Match one of the 8 patterns
	private boolean matchOneOfPatterns(int[][] c,int x,int y) {
		if (matchPattern(c,x,y,pattern1)) return true;
		if (matchPattern(c,x,y,pattern2)) return true;
		if (matchPattern(c,x,y,pattern3)) return true;
		if (matchPattern(c,x,y,pattern4)) return true;
		if (matchPattern(c,x,y,pattern5)) return true;
		if (matchPattern(c,x,y,pattern6)) return true;
		if (matchPattern(c,x,y,pattern7)) return true;
		if (matchPattern(c,x,y,pattern8)) return true;
		return false;
	}
 
 
	/**
	 * Skeletonize the image using succesive thinning.
	 * 
	 * @param image  the image in an array[x][y] of values "0" or "1" 
	 * @param width of the image = 1st dimension of the array
	 * @param height of the image = 2nd dimension of the array
	 */
	public void thinning(int[][] image,int width,int height) {
 
		// 3 columns back-buffer (original values)
		int[][] buffer = new int[3][height];
 
		// initialize the back-buffer
		for(int y=0;y<height;y++) {
			buffer[0][y]=0;
			buffer[1][y]=image[0][y];
			buffer[2][y]=image[1][y];
		}
 
		// loop until idempotence
		for(int loop=0;;loop++) {
 
			boolean changed=false;
 
			// for each columns
			for(int x=1;x<(width-1);x++) {
 
				// shift the back-buffer + set the last column
				int[] swp0 = buffer[0]; buffer[0]=buffer[1]; buffer[1]=buffer[2]; buffer[2]=swp0;
				for(int y=0;y<height;y++) buffer[2][y]=image[x+1][y];
 
				// for each pixel
				for(int y=1;y<(height-1);y++) {
 
					// pixel value
					int v = image[x][y];
 
					// pixel not set -> next
					if (v==0) continue;
 
					// is a boundary/extremity ?
					int currentNeighbourhood = neighbourhood(buffer,1,y);
					if (currentNeighbourhood<=1) continue;
					if (currentNeighbourhood>=6) continue;
 
					// is a connection ?
					int transitionsCount = transitions(image,x,y);
					if (transitionsCount==1 && currentNeighbourhood<=3) continue;
 
					// no -> remove this pixel
					if (transitionsCount==1) {
						changed=true;
						image[x][y]=0;
						continue;
					}
 
					// can we delete this pixel ?
					boolean matchOne = matchOneOfPatterns(image,x,y);
 
					// yes -> remove this pixel
					if (matchOne) {
						changed=true;
						image[x][y]=0;
						continue;
					}
				}
			}
 
			// no change -> return result
			if (!changed) return;
		}
	}
}

Edit: par contre, mon principe de modifier directement l'image risque de propager des artefacts avec les niveaux de gris. Il faut que je vois ca de plus près.

ToTo13 · 26/05/2011, 16h35

Merci, ça fonctionne correctement (mais pas pour mon application qui est trop tordue).

MehdiDrissi · 28/05/2011, 00h54

Citation:

Envoyé par ToTo13

Si tu regardes le code source du post #4, tu peux remarquer qu'à part le mot clé "class" et le fait qu'un byte en C est un char, tout le reste est du C.

j'ai vu le post 4. Et le truc c'est que je me demandais si c'était possible d'utiliser cette fonction java en l'appelant d'un programme C++.

Parce que je suis entrain de développer une application de reconnaissance Rétinienne. et je n'ai pas trop de base en Java.

Et si y'a une âme charitable a déjà fait la traduction du code, qui pourrait me l'envoyer sa serais génial !

MehdiDrissi · 29/05/2011, 10h42

Je ne sais pas si le double post est permis ou pas. ^^
desolé d'avance..

Je voulais demander cette fois ci, si il y'avait seulement la partie de détection des points de bifurcations.

Et si vous connaissez une méthode à utiliser pour avoir les points de bifurcations d'un squelette.
Voilà

Merci.

ToTo13 · 30/05/2011, 11h05

Citation:

Envoyé par MehdiDrissi

j'ai vu le post 4. Et le truc c'est que je me demandais si c'était possible d'utiliser cette fonction java en l'appelant d'un programme C++.

Parce que je suis entrain de développer une application de reconnaissance Rétinienne. et je n'ai pas trop de base en Java.

Et si y'a une âme charitable a déjà fait la traduction du code, qui pourrait me l'envoyer sa serais génial !

Tu iras plus vite en copiant/collant le code et en remplaçant les mots clefs que j'ai cité plus haut.

Citation:

Envoyé par MehdiDrissi

Je voulais demander cette fois ci, si il y'avait seulement la partie de détection des points de bifurcations.

Et si vous connaissez une méthode à utiliser pour avoir les points de bifurcations d'un squelette.

il me semble que ce sont les points qui ont plus de deux voisins... si tu as un squelette linéaire.

SmileSoft · 21/06/2011, 23h14

salut,

j'aimerai si possible savoir ce que donne le code pour cette image d'empreinte digitale:

merci d'avance

12/05/2011, 02h08	#25
ToTo13 Modérateur Guillaume Ingénieur de Recherche Inscription : janvier 2006 Messages : 4 788 Détails du profil Informations personnelles : Nom : Guillaume Âge : 34 Localisation : Etats-Unis Informations professionnelles : Activité : Ingénieur de Recherche Secteur : Santé Informations forums : Inscription : janvier 2006 Messages : 4 788 Points : 7 023 Points : 7 023	Je confirme mon soupçon : l'étoile en bas doit être un 1. J'ai fait des tests, si on met deux étoiles, on peut supprimer une composante d'un coup car on peut supprimer deux pixels voisins en un seul passage. __________________ Consignes aux jeunes padawans : une image vaut 1000 mots ! - Dans ton message respecter tu dois : les règles de rédaction et du forum, prévisualiser, relire et corriger TOUTES les FAUTES (frappes, sms, d'aurteaugrafe correcteur orthographique pour FiReFox), mettre les ACCENTS et les BALISES => ECRIRE clairement et en Français tu DOIS. - Le coté obscur je sens dans le MP => Tous tes MP je détruirai et la réponse tu n'auras si en privé tu veux que je t'enseigne.(Lis donc ceci) - ton poste tu dois marquer quand la bonne réponse tu as obtenu.
	00

24/05/2011, 15h38	#29
ToTo13 Modérateur Guillaume Ingénieur de Recherche Inscription : janvier 2006 Messages : 4 788 Détails du profil Informations personnelles : Nom : Guillaume Âge : 34 Localisation : Etats-Unis Informations professionnelles : Activité : Ingénieur de Recherche Secteur : Santé Informations forums : Inscription : janvier 2006 Messages : 4 788 Points : 7 023 Points : 7 023	Est ce que tu aurais l'article que tu as utilisé pour écrire ce code ? Les masques sont sensiblement différents (type et ordre). __________________ Consignes aux jeunes padawans : une image vaut 1000 mots ! - Dans ton message respecter tu dois : les règles de rédaction et du forum, prévisualiser, relire et corriger TOUTES les FAUTES (frappes, sms, d'aurteaugrafe correcteur orthographique pour FiReFox), mettre les ACCENTS et les BALISES => ECRIRE clairement et en Français tu DOIS. - Le coté obscur je sens dans le MP => Tous tes MP je détruirai et la réponse tu n'auras si en privé tu veux que je t'enseigne.(Lis donc ceci) - ton poste tu dois marquer quand la bonne réponse tu as obtenu.
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26/05/2011, 16h35	#36
ToTo13 Modérateur Guillaume Ingénieur de Recherche Inscription : janvier 2006 Messages : 4 788 Détails du profil Informations personnelles : Nom : Guillaume Âge : 34 Localisation : Etats-Unis Informations professionnelles : Activité : Ingénieur de Recherche Secteur : Santé Informations forums : Inscription : janvier 2006 Messages : 4 788 Points : 7 023 Points : 7 023	Merci, ça fonctionne correctement (mais pas pour mon application qui est trop tordue). __________________ Consignes aux jeunes padawans : une image vaut 1000 mots ! - Dans ton message respecter tu dois : les règles de rédaction et du forum, prévisualiser, relire et corriger TOUTES les FAUTES (frappes, sms, d'aurteaugrafe correcteur orthographique pour FiReFox), mettre les ACCENTS et les BALISES => ECRIRE clairement et en Français tu DOIS. - Le coté obscur je sens dans le MP => Tous tes MP je détruirai et la réponse tu n'auras si en privé tu veux que je t'enseigne.(Lis donc ceci) - ton poste tu dois marquer quand la bonne réponse tu as obtenu.
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21/06/2011, 23h14	#40
SmileSoft Membre actif Inscription : mars 2008 Messages : 431 Détails du profil Informations forums : Inscription : mars 2008 Messages : 431 Points : 159 Points : 159	salut, j'aimerai si possible savoir ce que donne le code pour cette image d'empreinte digitale: merci d'avance __________________ Un thésard a souvent un problème de motivation jusqu'au moment où il aura un problème de temps....
	00

26/05/2011, 02h10	#32
MehdiDrissi Invité régulier Mehdi Drissi Étudiant Inscription : mai 2011 Messages : 4 Détails du profil Informations personnelles : Nom : Mehdi Drissi Localisation : France, Nord (Nord Pas de Calais) Informations professionnelles : Activité : Étudiant Secteur : High Tech - Éditeur de logiciels Informations forums : Inscription : mai 2011 Messages : 4 Points : 5 Points : 5	Bonsoir à vous, Ce programme existe il en C++ / C ? Ou dans une fonction OpenCV ?? Merci.
	00

29/05/2011, 10h42	#38
MehdiDrissi Invité régulier Mehdi Drissi Étudiant Inscription : mai 2011 Messages : 4 Détails du profil Informations personnelles : Nom : Mehdi Drissi Localisation : France, Nord (Nord Pas de Calais) Informations professionnelles : Activité : Étudiant Secteur : High Tech - Éditeur de logiciels Informations forums : Inscription : mai 2011 Messages : 4 Points : 5 Points : 5	Je ne sais pas si le double post est permis ou pas. ^^ desolé d'avance.. Je voulais demander cette fois ci, si il y'avait seulement la partie de détection des points de bifurcations. Et si vous connaissez une méthode à utiliser pour avoir les points de bifurcations d'un squelette. Voilà Merci.
	00

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