Publicité

Affichage des résultats du sondage: Voulez-vous une FAQ et des tutoriaux sur la bioinformatique ?

Votants
81. Vous ne pouvez pas participer à ce sondage.
  • Oui

    76 93,83%
  • Non

    1 1,23%
  • NSPP

    4 4,94%
+ Répondre à la discussion Actualité déjà publiée
Page 2 sur 2 PremièrePremière 12
Affichage des résultats 21 à 35 sur 35
  1. #21
    Responsable Perl et Outils

    Avatar de djibril
    Homme Profil pro
    Inscrit en
    avril 2004
    Messages
    16 857
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Localisation : France

    Informations forums :
    Inscription : avril 2004
    Messages : 16 857
    Points : 491 012
    Points
    491 012

    Par défaut

    Citation Envoyé par Mayeu
    Bonjour,

    J'ai vu que le sondage étais un peu vieux, mais j'ai quand même ajouté ma voix pour dire que je suis entièrememt pour!

    Salutation

    Mayeu
    Non il n'est pas vieux; mais toujours d'actualité
    Avec plus de voix et surtout de contributions de chacun, on pourra commencer à mettre quelque chose en place.

    Pas de questions technique par messagerie privée (lisez les règles du forum Perl) et pour les nouveaux !

  2. #22
    Futur Membre du Club
    Étudiant
    Inscrit en
    janvier 2007
    Messages
    57
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Âge : 28

    Informations professionnelles :
    Activité : Étudiant

    Informations forums :
    Inscription : janvier 2007
    Messages : 57
    Points : 18
    Points
    18

    Par défaut

    A propos de participation j'ai fait un petit bilan de l'utilisation du logiciel Fuzznuc, si ca peu interesser quelque personne Et c'est par ici que ca se passe!

  3. #23
    Membre éclairé Avatar de sohnic
    Femme Profil pro
    bioinfo
    Inscrit en
    mai 2003
    Messages
    413
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Femme
    Localisation : France

    Informations professionnelles :
    Activité : bioinfo

    Informations forums :
    Inscription : mai 2003
    Messages : 413
    Points : 399
    Points
    399

    Par défaut

    Bonjour,
    Bien sur je suis 100 % pour !
    Sohnic
    http://www.noctinfo.fr/

    (\ _ /)
    (='.'=) Voici Lapinou. Aidez-le à conquérir le monde en le reproduisant.
    (")-(")

  4. #24
    Responsable Perl et Outils

    Avatar de djibril
    Homme Profil pro
    Inscrit en
    avril 2004
    Messages
    16 857
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Localisation : France

    Informations forums :
    Inscription : avril 2004
    Messages : 16 857
    Points : 491 012
    Points
    491 012

    Par défaut

    A propos de la FAQ section BIOINFO,
    je n'en ai toujours pas crée car j'attends de voir l'évolution du sous forum bioinformatique.
    Ca avance pas à pas, c'est bien mais pas encore suffisant.
    Donc je pense qu'il serait plus intéressant de faire dans la section futur de bioinfo des questions simples et des suggestions suivantes :
    - Qu'est ce que la bioinformatique ?
    - Y a t il des modules CPAN spécifiques à la bioinfo?
    Oui => bioperl et autres
    leur installation, etc.
    - Quelques scripts utiles en bioinfo!
    Et là il faudrait des scripts intéressants simples et utiles.
    Par exemple :
    1. Parser un fichier fasta, Genbank ou autres
    2. Parser un fichier Blast
    3. traduire une séquence d'ADN en sequence protéique (tous les cadres de lectures)
    4. complémentaires d'une séquences
    5. etc.

    Bref, de tels scripts sont faciles à mettre en place et disponibles sur google, mais au moins ça donnerait un léger aperçu de scripts bioinfo.
    Donc si vous avez une idée sur le contenu de la liste citée si dessus, je suis preneur.

    Merci

    Pas de questions technique par messagerie privée (lisez les règles du forum Perl) et pour les nouveaux !

  5. #25
    Membre habitué Avatar de crochepatte
    Profil pro
    Inscrit en
    mars 2005
    Messages
    206
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Âge : 31
    Localisation : France, Rhône (Rhône Alpes)

    Informations forums :
    Inscription : mars 2005
    Messages : 206
    Points : 113
    Points
    113

    Par défaut

    Pour ma part, j'ajouterai

    -> Taux de GC d'une séquence: selon l'algorithme choisi, on peut augmenter considerablement le temps de calcul!!!
    -> Recherche de motifs: je sais que c'est plutot vague mais c'est le genre de problème typique de bioinfo!!! Ca peut aller de la recherche simple de microsattelites à la recherche floue (compliqué, je trouve!!!) de motifs...

    Voila, pas d'autres d'idées pour de petits scripts pour l'instant

    A plus

  6. #26
    Membre confirmé Avatar de CKLN00
    Homme Profil pro Charles Beauchamps
    Bioinformaticien Java/Perl
    Inscrit en
    avril 2008
    Messages
    208
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Nom : Homme Charles Beauchamps
    Âge : 29
    Localisation : France, Vienne (Poitou Charente)

    Informations professionnelles :
    Activité : Bioinformaticien Java/Perl
    Secteur : Santé

    Informations forums :
    Inscription : avril 2008
    Messages : 208
    Points : 239
    Points
    239

    Par défaut Pour bien sûr

    je suis pour et je pense que crée une mini FAQ avec le contenu que tu a prévu serais déjà bien mais surtout inciterais les gens à découvrir ces outils et d'autre approchant.
    Et donnerais envis à ces personnes d'augmenter la FAQ, p-e
    CKL
    N°°b forever
    --
    may the be with you

  7. #27
    Membre actif Avatar de bluemartini
    Profil pro
    Inscrit en
    avril 2006
    Messages
    154
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Âge : 34
    Localisation : France, Hérault (Languedoc Roussillon)

    Informations forums :
    Inscription : avril 2006
    Messages : 154
    Points : 154
    Points
    154

    Par défaut

    Alors elle est où cette FAQ???
    Sérieux j'ai quelques idées d'articles et de FAQ qu'il me plairait de faire, mais il faudrait déjà savoir dans ce cas le format que cela doit prendre.

  8. #28
    Responsable Perl et Outils

    Avatar de djibril
    Homme Profil pro
    Inscrit en
    avril 2004
    Messages
    16 857
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Localisation : France

    Informations forums :
    Inscription : avril 2004
    Messages : 16 857
    Points : 491 012
    Points
    491 012

    Par défaut

    Pour l'instant, la FAQ bioinformatique n'est pas en cours de création car pour cela, il est nécessaire de savoir ce qu'on peut y mettre.

    Quand aux articles, si tu souhaites en rédiger, tu es le bienvenu. Tu t'adresses à moi et on en discute.

    Il y en a déjà eu un de rédigé. Tu peux le voir ici

    Pas de questions technique par messagerie privée (lisez les règles du forum Perl) et pour les nouveaux !

  9. #29
    Membre actif Avatar de bluemartini
    Profil pro
    Inscrit en
    avril 2006
    Messages
    154
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Âge : 34
    Localisation : France, Hérault (Languedoc Roussillon)

    Informations forums :
    Inscription : avril 2006
    Messages : 154
    Points : 154
    Points
    154

    Par défaut

    Merci! je n'avais pas vu cet article d'ailleurs très intéressant! Je ne suis pas habitué à devoir aller dans la section perl pour arriver aux article bioinfo.

  10. #30
    Membre expérimenté Avatar de Beniou
    Homme Profil pro
    Inscrit en
    novembre 2009
    Messages
    357
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Âge : 34
    Localisation : France, Nord (Nord Pas de Calais)

    Informations forums :
    Inscription : novembre 2009
    Messages : 357
    Points : 513
    Points
    513

    Par défaut

    Même si le sondage a débuté il y a un bon moment déjà, je suis pour pour que la bioinformatique mérite une bonne FAQ et de bons cours car étant dans le domaine, je sais comment il n'est pas aisé de débuter pour s'approprier ses termes, son "mode d'emploi" etc. Et Perl étant très usité dans ce domaine pour tout ce qui est traitement du texte, je pense donc que c'est une excellente idée si elle est toujours d'actualité.

    Petit complément :
    Citation Envoyé par bluemartini Voir le message
    Merci! je n'avais pas vu cet article d'ailleurs très intéressant! Je ne suis pas habitué à devoir aller dans la section perl pour arriver aux article bioinfo.
    Est-ce qu'il ne serait pas possible de créer une "vraie" rubrique bioinfo visible parce qu'effectivement Perl est très utilisé mais n'est pas la seule solution, surtout si le traitement des données est lourd ou si Perl ne s'adapte pas au cas (ex : statistiques, utilisation de programmes ciblés bioinfo comme comparaison de séquences, recherche de structure etc.) . (je me répète mais bon ). De plus le côté algorithmie pour la bioinfo est je pense nécessaire à qui veut toucher un peu à ce domaine.
    Je pense donc qu'une vraie rubrique à part entière mériterait peut être de voir le jour même si la communauté est encore petite ,mais ca ne regarde que moi.
    Enfin, pensons à nos amis biologistes qui essayent de s'y mettre.

  11. #31
    Membre actif Avatar de 3logy
    Homme Profil pro Aubry
    Développeur informatique
    Inscrit en
    août 2007
    Messages
    281
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Nom : Homme Aubry
    Âge : 32
    Localisation : Allemagne

    Informations professionnelles :
    Activité : Développeur informatique
    Secteur : Finance

    Informations forums :
    Inscription : août 2007
    Messages : 281
    Points : 189
    Points
    189

    Par défaut

    Citation Envoyé par Beniou Voir le message
    Même si le sondage a débuté il y a un bon moment déjà, je suis pour pour que la bioinformatique mérite une bonne FAQ et de bons cours car étant dans le domaine, je sais comment il n'est pas aisé de débuter pour s'approprier ses termes, son "mode d'emploi" etc. Et Perl étant très usité dans ce domaine pour tout ce qui est traitement du texte, je pense donc que c'est une excellente idée si elle est toujours d'actualité.

    Petit complément :

    Est-ce qu'il ne serait pas possible de créer une "vraie" rubrique bioinfo visible parce qu'effectivement Perl est très utilisé mais n'est pas la seule solution, surtout si le traitement des données est lourd ou si Perl ne s'adapte pas au cas (ex : statistiques, utilisation de programmes ciblés bioinfo comme comparaison de séquences, recherche de structure etc.) . (je me répète mais bon ). De plus le côté algorithmie pour la bioinfo est je pense nécessaire à qui veut toucher un peu à ce domaine.
    Je pense donc qu'une vraie rubrique à part entière mériterait peut être de voir le jour même si la communauté est encore petite ,mais ca ne regarde que moi.
    Enfin, pensons à nos amis biologistes qui essayent de s'y mettre.
    Tout a fait d'accord

  12. #32
    Futur Membre du Club
    Inscrit en
    janvier 2010
    Messages
    43
    Détails du profil
    Informations forums :
    Inscription : janvier 2010
    Messages : 43
    Points : 15
    Points
    15

    Par défaut

    D'accord aussi pour créer une vraie catégorie bioinfo... Personnellement bien qu'étant en master de bioinfo je ne connais pas du tout perl, et suis tombée sur ce sous-forum un peu par hasard...

    D'ailleurs pour reprendre le sujet du sondage, je suis plus que d'accord pour avoir accès à des tutos notamment sur perl, puisque ce n'est pas prévu au programme de ma formation alors que ça a l'air très utilisé en labo... Bref une mise à niveau dans ce domaine serait plus qu'utile !

  13. #33
    Candidat au titre de Membre du Club
    Inscrit en
    mars 2011
    Messages
    7
    Détails du profil
    Informations forums :
    Inscription : mars 2011
    Messages : 7
    Points : 10
    Points
    10

    Par défaut

    - Des traducteurs prot/nucl et nucl/prot
    - Des parsers de tous les formats
    - Des chercheurs d'ORFs
    - ETC

    Pourquoi vouloir réinventer la roue, le feu etc à chaque fois ???
    Je sais que les bioinformaticiens (terme général) adorent les défis, et je susi le premier à le concéder, mais bon dieu renseignez vous un minimum avant de vous lancer dans des microscipts qui ont déjà été ré-ré-ré-inventés des milliers de fois !!

    TOUS, j'ai bien dit TOUS ces scripts ont été rassemblés dans la suite EMBOSS (mEMBOSS pour Windows) et ont bénéficié d'un certain nombre d'années d'utilisation et donc de correction de bugs, d'optimisation de rendement etc etc !

    Si vous regardez mes post j'en parle pratiquement dans 9 cas sur 10, mais c'est normal vous questions sont toutes les mêmes et toutes les solutions à celles-ci se trouvent dans cette suite qui dispose d'un nombre incalculable de tutos (des manuels online, en local, des tutos d'help, des exemples etc) et c'est GRATOS.

    J'espère qu'au moins l'un d'entre vous aura le courage (càd 3 minutes de son temps et 4 clics puor l'installation) de tester EMBOSS. Car, disons le clairement, bioperl c'est dépassé, contre productif et vous ramène à l'époque des pistolets à silex alors que nous sommes en 2011 !

    La science avance à petit pas malgré tout ce que l'on dit, et l'unique cause de ce manque à gagner et que tout le monde fait son petit truc de son côté, les erreurs ne sont pas communiquées, donc elle sont reproduites à tour de bras, et personne n'avance. EMBOSS est l'opposé de ce problème.

    J'ai fait 2 ans de bachelier, je n'ai clairement pas un nombre d'étude aussi important que la plupart d'entre vous (docteurs, ingénieurs, bref master docteurs et j'enn passe) et toutes vos questions me font penser à mon examen partiel de 1er BAC.!!!

    Bien travailler, c'ets d'abord utiliser les bons outils.

    J'ai fini mon petit monologue, en espérant qu'il vous ouvrira les yeux.

  14. #34
    Responsable Perl et Outils

    Avatar de djibril
    Homme Profil pro
    Inscrit en
    avril 2004
    Messages
    16 857
    Détails du profil
    Informations personnelles :
    Sexe : Homme
    Localisation : France

    Informations forums :
    Inscription : avril 2004
    Messages : 16 857
    Points : 491 012
    Points
    491 012

    Par défaut

    Citation Envoyé par -SKUD- Voir le message
    J'espère qu'au moins l'un d'entre vous aura le courage (càd 3 minutes de son temps et 4 clics puor l'installation) de tester EMBOSS. Car, disons le clairement, bioperl c'est dépassé, contre productif et vous ramène à l'époque des pistolets à silex alors que nous sommes en 2011 !
    Avant d'avancer des propos pareils, tu devrais te renseigner un minimum. Personne n'a dit qu'EMBOSS n'est pas utile ou ne contient pas beaucoup de tutoriels ou programmes utiles, mais tu devrais te renseigner sur la communauté BioPerl pour voir qu'il y a un paquet de développeurs travaillant dessus et mettant à jour les modules régulièrement. De plus, dans la même logique il existe BioPyton, bioJava... et ce n'est pas juste pour le plaisir de développer dans le vent. Toutes ces librairies sont toujours existantes car utiles. Lorsque l'on cherche à faire de gros développements en Perl ou autre langage (Programmes, logiciel ou autre) il est très souvent plus simple de packager ses applications dans le langage natif que de chercher à rattacher une autre suite logiciel.

    Pas de questions technique par messagerie privée (lisez les règles du forum Perl) et pour les nouveaux !

  15. #35
    Rédactrice/Modératrice

    Avatar de stoyak
    Inscrit en
    juin 2005
    Messages
    404
    Détails du profil
    Informations forums :
    Inscription : juin 2005
    Messages : 404
    Points : 1 404
    Points
    1 404

    Par défaut

    Je ne me sens pas concernée, mais je te trouve un peu agressif.

    Tout d'abord, j'utilise mEMBOSS. Car oui, je suis d'accord, pour identifier des ORF dans mes séquences d'intérêt par exemple, je ne ré-invente pas la roue.

    Par contre, j'utilise également BioPerl. Dans mes gros projets, analyse de séquences NGS ou design custom, certaines librairies me sont TRES utiles. Et oui, dans le cas de la création d'un pipeline d'analyse, c'est très pratique, très utile, et bien documenté.

    Je te conseillerai de visiter à nouveau BioPerl, et de regarder un petit peu les nouveaux modules qui s'y développent. D'ailleurs, sincèrement, je ne crois pas que quelqu'un perde du temps à la création d'un module obsolète et ringard.
    Et puis, il ne faut pas mélanger ce qui se passe sur un forum et dans le milieu professionnel.
    Tu as peut-être ici des étudiants, tout emoustillés de découvrir la programmation, et à qui cela fait plaisir de poster du code. Dans la vie pro, le temps, c'est de l'argent ... et ça devient différent.


    PS: Et oui, pour info, je suis diplômée, j'ai beaucoup d'expériences, et des responsabilités. Je parle en connaissance de cause.

    Cordialement,
    Cela demande du courage d'en tirer du plaisir
    Quand on n'a qu'un marteau, tous les problèmes ressemblent à un clou

Liens sociaux

Règles de messages

  • Vous ne pouvez pas créer de nouvelles discussions
  • Vous ne pouvez pas envoyer des réponses
  • Vous ne pouvez pas envoyer des pièces jointes
  • Vous ne pouvez pas modifier vos messages
  •