[Sondage] Une FAQ Bioinfo et des tutoriaux

[djibril]

Envoyé par Mayeu

Bonjour,

J'ai vu que le sondage étais un peu vieux, mais j'ai quand même ajouté ma voix pour dire que je suis entièrememt pour!

Salutation

Mayeu

Non il n'est pas vieux; mais toujours d'actualité
Avec plus de voix et surtout de contributions de chacun, on pourra commencer à mettre quelque chose en place.

[Mayeu]

A propos de participation j'ai fait un petit bilan de l'utilisation du logiciel Fuzznuc, si ca peu interesser quelque personne Et c'est par ici que ca se passe!

[sohnic]

Bonjour,
Bien sur je suis 100 % pour !
Sohnic

[djibril]

A propos de la FAQ section BIOINFO,
je n'en ai toujours pas crée car j'attends de voir l'évolution du sous forum bioinformatique.
Ca avance pas à pas, c'est bien mais pas encore suffisant.
Donc je pense qu'il serait plus intéressant de faire dans la section futur de bioinfo des questions simples et des suggestions suivantes :
- Qu'est ce que la bioinformatique ?
- Y a t il des modules CPAN spécifiques à la bioinfo?
Oui => bioperl et autres
leur installation, etc.
- Quelques scripts utiles en bioinfo!
Et là il faudrait des scripts intéressants simples et utiles.
Par exemple :

1. Parser un fichier fasta, Genbank ou autres
2. Parser un fichier Blast
3. traduire une séquence d'ADN en sequence protéique (tous les cadres de lectures)
4. complémentaires d'une séquences
5. etc.

Bref, de tels scripts sont faciles à mettre en place et disponibles sur google, mais au moins ça donnerait un léger aperçu de scripts bioinfo.
Donc si vous avez une idée sur le contenu de la liste citée si dessus, je suis preneur.

Merci

[crochepatte]

Pour ma part, j'ajouterai

-> Taux de GC d'une séquence: selon l'algorithme choisi, on peut augmenter considerablement le temps de calcul!!!
-> Recherche de motifs: je sais que c'est plutot vague mais c'est le genre de problème typique de bioinfo!!! Ca peut aller de la recherche simple de microsattelites à la recherche floue (compliqué, je trouve!!!) de motifs...

Voila, pas d'autres d'idées pour de petits scripts pour l'instant

A plus

[CKLN00]

je suis pour et je pense que crée une mini FAQ avec le contenu que tu a prévu serais déjà bien mais surtout inciterais les gens à découvrir ces outils et d'autre approchant.
Et donnerais envis à ces personnes d'augmenter la FAQ, p-e

[bluemartini]

Alors elle est où cette FAQ???
Sérieux j'ai quelques idées d'articles et de FAQ qu'il me plairait de faire, mais il faudrait déjà savoir dans ce cas le format que cela doit prendre.

[djibril]

Pour l'instant, la FAQ bioinformatique n'est pas en cours de création car pour cela, il est nécessaire de savoir ce qu'on peut y mettre.

Quand aux articles, si tu souhaites en rédiger, tu es le bienvenu. Tu t'adresses à moi et on en discute.

Il y en a déjà eu un de rédigé. Tu peux le voir ici

[bluemartini]

Merci! je n'avais pas vu cet article d'ailleurs très intéressant! Je ne suis pas habitué à devoir aller dans la section perl pour arriver aux article bioinfo.

[Beniou]

Même si le sondage a débuté il y a un bon moment déjà, je suis pour pour que la bioinformatique mérite une bonne FAQ et de bons cours car étant dans le domaine, je sais comment il n'est pas aisé de débuter pour s'approprier ses termes, son "mode d'emploi" etc. Et Perl étant très usité dans ce domaine pour tout ce qui est traitement du texte, je pense donc que c'est une excellente idée si elle est toujours d'actualité.

Petit complément :

Envoyé par bluemartini

Merci! je n'avais pas vu cet article d'ailleurs très intéressant! Je ne suis pas habitué à devoir aller dans la section perl pour arriver aux article bioinfo.

Est-ce qu'il ne serait pas possible de créer une "vraie" rubrique bioinfo visible parce qu'effectivement Perl est très utilisé mais n'est pas la seule solution, surtout si le traitement des données est lourd ou si Perl ne s'adapte pas au cas (ex : statistiques, utilisation de programmes ciblés bioinfo comme comparaison de séquences, recherche de structure etc.) . (je me répète mais bon ). De plus le côté algorithmie pour la bioinfo est je pense nécessaire à qui veut toucher un peu à ce domaine.
Je pense donc qu'une vraie rubrique à part entière mériterait peut être de voir le jour même si la communauté est encore petite ,mais ca ne regarde que moi.
Enfin, pensons à nos amis biologistes qui essayent de s'y mettre.

[3logy]

Envoyé par Beniou

Même si le sondage a débuté il y a un bon moment déjà, je suis pour pour que la bioinformatique mérite une bonne FAQ et de bons cours car étant dans le domaine, je sais comment il n'est pas aisé de débuter pour s'approprier ses termes, son "mode d'emploi" etc. Et Perl étant très usité dans ce domaine pour tout ce qui est traitement du texte, je pense donc que c'est une excellente idée si elle est toujours d'actualité.

Petit complément :

Est-ce qu'il ne serait pas possible de créer une "vraie" rubrique bioinfo visible parce qu'effectivement Perl est très utilisé mais n'est pas la seule solution, surtout si le traitement des données est lourd ou si Perl ne s'adapte pas au cas (ex : statistiques, utilisation de programmes ciblés bioinfo comme comparaison de séquences, recherche de structure etc.) . (je me répète mais bon ). De plus le côté algorithmie pour la bioinfo est je pense nécessaire à qui veut toucher un peu à ce domaine.
Je pense donc qu'une vraie rubrique à part entière mériterait peut être de voir le jour même si la communauté est encore petite ,mais ca ne regarde que moi.
Enfin, pensons à nos amis biologistes qui essayent de s'y mettre.

Tout a fait d'accord

[Marciane]

D'accord aussi pour créer une vraie catégorie bioinfo... Personnellement bien qu'étant en master de bioinfo je ne connais pas du tout perl, et suis tombée sur ce sous-forum un peu par hasard...

D'ailleurs pour reprendre le sujet du sondage, je suis plus que d'accord pour avoir accès à des tutos notamment sur perl, puisque ce n'est pas prévu au programme de ma formation alors que ça a l'air très utilisé en labo... Bref une mise à niveau dans ce domaine serait plus qu'utile !

[-SKUD-]

- Des traducteurs prot/nucl et nucl/prot
- Des parsers de tous les formats
- Des chercheurs d'ORFs
- ETC

Pourquoi vouloir réinventer la roue, le feu etc à chaque fois ???
Je sais que les bioinformaticiens (terme général) adorent les défis, et je susi le premier à le concéder, mais bon dieu renseignez vous un minimum avant de vous lancer dans des microscipts qui ont déjà été ré-ré-ré-inventés des milliers de fois !!

TOUS, j'ai bien dit TOUS ces scripts ont été rassemblés dans la suite EMBOSS (mEMBOSS pour Windows) et ont bénéficié d'un certain nombre d'années d'utilisation et donc de correction de bugs, d'optimisation de rendement etc etc !

Si vous regardez mes post j'en parle pratiquement dans 9 cas sur 10, mais c'est normal vous questions sont toutes les mêmes et toutes les solutions à celles-ci se trouvent dans cette suite qui dispose d'un nombre incalculable de tutos (des manuels online, en local, des tutos d'help, des exemples etc) et c'est GRATOS.

J'espère qu'au moins l'un d'entre vous aura le courage (càd 3 minutes de son temps et 4 clics puor l'installation) de tester EMBOSS. Car, disons le clairement, bioperl c'est dépassé, contre productif et vous ramène à l'époque des pistolets à silex alors que nous sommes en 2011 !

La science avance à petit pas malgré tout ce que l'on dit, et l'unique cause de ce manque à gagner et que tout le monde fait son petit truc de son côté, les erreurs ne sont pas communiquées, donc elle sont reproduites à tour de bras, et personne n'avance. EMBOSS est l'opposé de ce problème.

J'ai fait 2 ans de bachelier, je n'ai clairement pas un nombre d'étude aussi important que la plupart d'entre vous (docteurs, ingénieurs, bref master docteurs et j'enn passe) et toutes vos questions me font penser à mon examen partiel de 1er BAC.!!!

Bien travailler, c'ets d'abord utiliser les bons outils.

J'ai fini mon petit monologue, en espérant qu'il vous ouvrira les yeux.

[djibril]

Envoyé par -SKUD-

J'espère qu'au moins l'un d'entre vous aura le courage (càd 3 minutes de son temps et 4 clics puor l'installation) de tester EMBOSS. Car, disons le clairement, bioperl c'est dépassé, contre productif et vous ramène à l'époque des pistolets à silex alors que nous sommes en 2011 !

Avant d'avancer des propos pareils, tu devrais te renseigner un minimum. Personne n'a dit qu'EMBOSS n'est pas utile ou ne contient pas beaucoup de tutoriels ou programmes utiles, mais tu devrais te renseigner sur la communauté BioPerl pour voir qu'il y a un paquet de développeurs travaillant dessus et mettant à jour les modules régulièrement. De plus, dans la même logique il existe BioPyton, bioJava... et ce n'est pas juste pour le plaisir de développer dans le vent. Toutes ces librairies sont toujours existantes car utiles. Lorsque l'on cherche à faire de gros développements en Perl ou autre langage (Programmes, logiciel ou autre) il est très souvent plus simple de packager ses applications dans le langage natif que de chercher à rattacher une autre suite logiciel.

[stoyak]

Je ne me sens pas concernée, mais je te trouve un peu agressif.

Tout d'abord, j'utilise mEMBOSS. Car oui, je suis d'accord, pour identifier des ORF dans mes séquences d'intérêt par exemple, je ne ré-invente pas la roue.

Par contre, j'utilise également BioPerl. Dans mes gros projets, analyse de séquences NGS ou design custom, certaines librairies me sont TRES utiles. Et oui, dans le cas de la création d'un pipeline d'analyse, c'est très pratique, très utile, et bien documenté.

Je te conseillerai de visiter à nouveau BioPerl, et de regarder un petit peu les nouveaux modules qui s'y développent. D'ailleurs, sincèrement, je ne crois pas que quelqu'un perde du temps à la création d'un module obsolète et ringard.
Et puis, il ne faut pas mélanger ce qui se passe sur un forum et dans le milieu professionnel.
Tu as peut-être ici des étudiants, tout emoustillés de découvrir la programmation, et à qui cela fait plaisir de poster du code. Dans la vie pro, le temps, c'est de l'argent ... et ça devient différent.


PS: Et oui, pour info, je suis diplômée, j'ai beaucoup d'expériences, et des responsabilités. Je parle en connaissance de cause.

Cordialement,