[langage] mise en forme correcte

**Jasmine80** · 14/11/2006, 15h17

Bonjour,

J'aimerais quelques conseils pour la mise en forme d'un programme. Celui-ci fonctionne très bien mais vu que je débute, j'aimerais savoir si la façon dont je programme est une "bonne" façon. Comment optimiser un programme? Mon style est-il correct? J'imbrique des sous-programmes est ce une jolie façon de programmer? J'imbrique des "for" vaut-il mieux utiliser des expressions régulières?

Merci

Programme

Code :

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#!/usr/local/bin/perl -w
 
# Ce programme interroge une base de données possédant des séquences d'ADN et en extrait les sous-séquences
# comprises entre une amorce sens et une amorce anti-sens. Ce programme effectue une recherche sur les deux types
# de brins de la base de données (5'-3' et 3'-5') en réalisant une recherche avec les séquences 3'-5' et les
# séquences 5'-3' des amorces. Il donne en sortie un fichier contenant les sous-séquences (dans un sens unique) en
# format fasta et un fichier contenant la description des séquences trouvées (Accession et description).
 
 
use strict;
use FileHandle;
use DBI;
 
 
use Bio::Seq;
use Bio::SeqIO;
 
# amorces dégénérées S pour sens R pour reverse
# >nSP-S1
# Ggagaaagttcacgttgacat
# >nSP-S2
# Ggagaaggttcacgttgacat
# >nSP-S3
# Ggagaaggttcacgttgatat
# >nSP-S4
# ggagaaagttcacgttgatat
# >nSP-R1
# cgaaaacgctctggcatta
# >nSP-R2
# cgaaaacgctctagcgtta
# >nSP-R3
# cgagaacgctctggcgtta
# >nSP-R4
# cgaaaaggctctggcatta
# >nSP-R5
# cGaaaatgctctggcatta
 
my $Sens;
my $AntiSens;
 
my @R1=("T","C");
my @R2=("T","C");
my @R3=("A","G","C");
my @R4=("T","C");
 
my @S1= ("A","G");
my @S2= ("T","C");
 
 
 
 
my $File="Test";
my $Table="togaviridae";
 
 
my $driver   = "mysql";
my $server   = "localhost";
my $database = "virus";
my $url      = "DBI:$driver:$database:$server";
 
my $user     = "";
my $password = "";
my $DBconnect;
 
 
my $OutFileDB = FileHandle->new (">P:/Perl/CreerDB/Files/$File.txt");
my $OutFileDesc = FileHandle->new (">P:/Perl/CreerDB/Files/$File Desc.txt");
 
 
 
my $i=0;
my $j=0;
 
 
PASS();
 
$DBconnect=DBI->connect( $url, $user, $password ) or die "Failure!\n";
print $OutFileDB "\n";
 
 
 
Boucle();
 
my $sth;
my @row;
 
 
print "nombre d'entrees = $i\n";
print "nombre de sequences formatees = $j\n";
 
 
#$DBconnect->disconnect();
 
 
close;
 
 
 
 
 
sub Boucle
{
        for (my $a=0; $a<@R1; $a++)
        {
                for (my $b=0; $b<@R2; $b++)
                {
                        for (my $c=0; $c<@R3; $c++)
                        {
                                for (my $d=0; $d<@R4; $d++)
                                {
                                        for (my $e=0; $e<@S1; $e++)
                                        {
                                                for (my $f=0; $f<@S2; $f++)
                                                {
 
                                                        $Sens= uc("ggagaa$S1[$e]gttcacgttga$S2[$f]at");
                                                        $AntiSens= uc("taa$R1[$a]gc$R2[$b]agagc$R3[$c]tt$R4[$d]tcg");
                                                        print $OutFileDesc "\nNombre de sequences formatees avec les amorces $Sens et $AntiSens = $j\n";
                                                        #print "a=$a b=$b c=$c d=$d ".$nSPveeR."\t"."e=$e f=$f ".$nSPveeS."\n";
 
 
                                                        Recherche();
 
                                                }
                                        }
                                 }
                        }
                 }
        }
 
} # Fin sub Boucle
 
 
sub Recherche
 
 
{
 
my %ST;
my $Select=" Acc, sequence, Description";
my $Where=" 1";
#my $Where=" Description LIKE '%vaccinia%' AND description LIKE '%lister%' AND (Description like '%complete genome%' OR Description like '%14%')";
 
my$sql = "SELECT $Select FROM $Table WHERE $Where;";
 
 
 
$sth = $DBconnect->prepare($sql) or print "erreur de preparation SQL\n";
$sth->execute or die "Could not execute SQL statement ... maybe invalid?";
 
 
 
my @row;
while (@row=$sth->fetchrow_array)
{
 
        $i++;
        #sprint $Sens."\t".$AntiSens."\n";
        my $AmorceSens = Bio::Seq->new(-seq => $Sens);
        my $AmorceAntiSens= Bio::Seq->new(-seq => $AntiSens);
        my$s=index($row[1], $AmorceSens->seq);
        my$r=index($row[1],$AmorceAntiSens->seq);
        my$l=$r-$s+length($AntiSens);
 
        #print  $AmorceSens->seq."\n";
        #print  $AmorceAntiSens->seq."\n";
        #print "anti-sens \t s=$s \t r=$r \t l=$l\n";
 
        if(($l != -1) & ($s != -1) & ($r != -1))
        {
        $j++;
        print "anti-sens \t s=$s \t r=$r \t l=$l\n";
        print "Acc = $row[0]\n";
        my $seq=substr($row[1], $s, $l);
        my $seqComp= Bio::Seq->new(-id => $row[0], -seq => $seq);
        print $OutFileDB (">*".$seqComp->revcom->id."\n".$seqComp->revcom->seq."\n");
        print $OutFileDesc ($row[0]."  =>  ".$row[2]."\n");
        }
        else
        {
 
 
        my$s2=index($row[1],$AmorceSens -> revcom->seq);
        my$r2=index($row[1],$AmorceAntiSens -> revcom->seq);
        my$l2=$s2-$r2+length($Sens);
                if(($l2 != -1) & ($s2 != -1) & ($r2 != -1))
                {
                print "sens \t\t s2=$s2 \t r2=$r2 \t l2=$l2\n";
                print "Acc = $row[0]\n";
                $j++;
                my $seq2=substr($row[1], $r2, $l2);
                print $OutFileDB (">".$row[0]."\n".$seq2."\n");
                print $OutFileDesc ($row[0]."  =>  ".$row[3]."\n");
                }
 
        }
 
 
  }
$sth->finish;
 
 
 
}  # Fin sub  Recherche
 
 
 
 
 
 
 
sub PASS
        {
                my $InFilePass = "P:/Perl/InfoPass.txt";
                my $Ligne;
                my $u;
 
	       open (File,"$InFilePass")  or die "Can't open file\n";
 
	       while ($Ligne=<File>)
	       {
                        if ($Ligne =~ /^user/)
                        {
                                ($user)=($Ligne =~ /^user = (\w+)\s/)
                        }
                        if($Ligne =~ /^password = (\w+)\s/)
                        {
                                ($password)=($Ligne =~ /^password = (\w+)\s/)
                        }
                }
 
                close (File);
        }

**pospos** · 14/11/2006, 15h58

tu peux deja remplacer tes for( ; ; ) par des for(@) :

Code :

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for (my $a=0; $a<@R1; $a++) {
    $R1[$a]...
}

=>

Code :

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for my $r1 (@R1) {
    $r1...
}

tu devrais aussi utiliser les placeholders pour ton sql, et pourquoi pas carrement utiliser DBIx::Simple plutot que de conctruire tes clauses WHERE comme tu le fais ici.

ensuite met un "use warnings;" en plus de ton "use strict;"

et aussi pour tes assignations de tableau tu peux utiliseer qw() :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my @R3 = qw(A G C);

il a y aussi qq problemes d'indentation vers la fin (dans ton while surtout)

mais ca a l'air pas mal!

**Woufeil** · 14/11/2006, 17h55

Envoyé par pospos

tu peux deja remplacer tes for( ; ; ) par des for(@) :

Perso, je préfère utiliser for(;

et foreach(@) plutôt que for pour les deux structures. Je sais que c'est strictement équivalent, mais ça me semble plus clair.

Ensuite, les noms de fonction qui commence par des majuscules voir tout en majuscule, j'aime pas beaucoup... J'ai toujours fais ça pour mes classes en fait, voir pour les méthodes. Et je réserve le tout majuscule pour les constantes.

Après, ce n'est que ma vision des choses

**pospos** · 14/11/2006, 18h00

l'usage du perl "moderne" tant à ne plus utiliser foreach du tout et à lui preferer for(@)
en perl 6 d'ailleurs ce mot clé disparait et for le remplace (et loop( ; ; ) remplace for ( ; ; ) )

d'ailleurs ca doit bien faire 2 ou 3 ans que j'ai pas fait un for ( ; ; ) dans mon code!

**GnuVince** · 15/11/2006, 01h14

Voici une liste de choses que je modifierais:

1. Comme mentionné, utiliser for(@), ça simplifie le code et si ma mémoire est bonne, c'est plus efficace.

2. Comme mentionné, utiliser qw() pour créer des arrays de strings (qui n'ont pas d'espaces)

3. Pour les blocs, mettre l'accolade ouvrante sur la même ligne que le mot clé (sub, while, for, if, etc):

Code :

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sub ma_fonction {
  for my $var (@_) {
    if ($var eq "bonjour") {
      print "Bonjour à vous aussi!\n";
    }
  }
}

4. Éviter de mettre des guillemets inutiles, par exemple:

Code :

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# À éviter
open (File,"$InFilePass");
 
# À préférer
open (File, $InFilePass);

5. Pour les open, utiliser des indirect file handles:

Code :

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# À éviter
open(FILE, "fichier");
 
# À préférer
open(my $file, "fichier.txt");

6. Pour les variables et les fonctions, utiliser des lettres minuscules seulement en séparant les mots par des soulignements (_)

7. Séparer le 'my' de la variable.

8. Mettre un espace entre l'opérateur et ses opérandes (il y a toutefois des exceptions):

Code :

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# Mettre des espaces
2 + 2;
2 * 3 / 6;
"Bonjour " . "developpez.net";
3 > 10
 
# Pas d'espaces
$array_ref->[0];

9. Mettre un espace entre le mot-clé d'une structure de contrôle et sa condition:

Code :

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if ($foo) {
}

10. Essayer d'utiliser une seule langue pour le nom des variables et des fonctions. En cas de doute, utiliser l'anglais afin que plus de gens puissent lire le code. Les commentaires peuvent être en français, même si le code est en anglais.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# À éviter
valider($username, $password, $fichier);

Je crois qu'il y a assez de matériel là-dedans pour améliorer le style de ton code. Pour encore plus de pointeurs, tu peux te procurer le livre de Damian Conway, Best Perl Practices.

**Jasmine80** · 15/11/2006, 11h08

Bonjour à tous,

Merci beaucoup pour vos conseils. J'essaie dès de le début de prendre de bonnes habitudes. Cette semaine va être chargée car je suis en plein dans des manipulations pratiques (de la biologie moléculaire dans un labo), qui n'ont rien à voir avec l'informatique. Mais dès que j'ai un peu de temps, je reformaterai mon scripts selon vos conseils. (sauf les accolades décalées j'aime pas du tout

)

Un grand merci,

Jasmine,

**GnuVince** · 15/11/2006, 13h29

Jasmine80: comme tu veux, par contre la plupart du code Perl que tu verras aura l'accolade ouvrante sur la même ligne, aussi bien t'y habituer.

**Jasmine80** · 16/11/2006, 09h21

Pour mon

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

while (@row=$sth->fetchrow_array)

J'utilise une variable $i et je l'incrémente à chaque passage dans la boucle afin de compter le nombre d'entrées.
Y a t'il une façon moins lourde de faire cela?
J'ai essayé @row mais cela ne fonctionne pas.

Merci,

[langage] mise en forme correcte

Langage Perl

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