Discussion :

[Monparnal]

Bonjour à tous,
Je suis étudiant en médecine et je fais dans mon cursus médical un M2 d'imagerie où l'on utilise pas mal MatLab.
Cependantt je suis un véritable débutant et je suis loin de maîtriser ce logiciel...
Je me dépatouille de certaines choses mais d'autres restent un mystère et je vous prie de m'excuser par avance si ma question vous paraît triviale...

Je dispose d'images (en l'occurrence ici jpeg mais que j'utiliserai probablement en png) où un polygone vert est déjà tracé (d'une image à l'autre ce polygone n'a pas la même forme donc impossible d'appliquer un masque prédéfini) :





L'idée est de ne conserver que ce qu'il y a à l'intérieur du polygone vert.

Est-ce simple à faire ? Pourriez-vous me donner des pistes pour y arriver ?

Merci de votre aide !

[gpcbitnik38]

c'est assez simple oui
ton image va être chargé sur 3 canaux
si ton image est en niveau de gris avec uniquement le polygone en vert, il te suffit de rechercher les pixel pour lesquel il y a un grand gap entre le canal vert et les 2 autre canaux
exemple :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ind=find(abs(I(:,:,2)-(I(:,:,1))>10)

[Monparnal]

c'est assez simple oui
ton image va être chargé sur 3 canaux
si ton image est en niveau de gris avec uniquement le polygone en vert, il te suffit de rechercher les pixel pour lesquel il y a un grand gap entre le canal vert et les 2 autre canaux
exemple :

ind=find(abs(I(:,:,2)-(I(:,:,1))>10)

Merci. Mais du coup cela me renvoie les pixels qui sont verts ?
Comment je peux faire ensuite pour ne garder que ce qu'il y a à l'intérieur du polygone ?

[Jerome Briot]

Pourrais-tu nous faire parvenir une image de taille réelle ?

[Monparnal]

Elles sont en taille réelle (je les exporte d'un logiciel d'échographie).
Là je les ai rognées pour n'avoir que la région qui m'intéresse!

[Jerome Briot]

OK, je te conseille donc de ne pas utiliser le format JPEG mais bien plutôt un format type BMP, GIF ou PNG

Car la compression JPEG fait des moyennes de pixels "voisins" (sauf dans sa version sans perte).
Donc les pixels verts deviennent un mélange de vert et des niveaux de gris des pixels voisins.

[Monparnal]

OK, je te conseille donc de ne pas utiliser le format JPEG mais bien plutôt un format type BMP, GIF ou PNG

Car la compression JPEG fait des moyennes de pixels "voisins" (sauf dans sa version sans perte).
Donc les pixels verts deviennent un mélange de vert et des niveaux de gris des pixels voisins.

Ca marche! J'aurai accès à ma base d'images demain matin, je pourrai les extraire en PNG probablement, et je vous les soumettrai à nouveau.
Merci beaucoup et à demain ;-)

[Jerome Briot]

Avec quel logiciel traces-tu les contours verts ?
N'y a-t-il pas moyen de les exporter différemment ?

[Monparnal]

Avec quel logiciel traces-tu les contours verts ?
N'y a-t-il pas moyen de les exporter différemment ?

En fait c'est un logiciel de traitement d'image d'échographies développé par le constructeur. La ligne verte correspond à la segmentation automatique de l'anneau aortique faite par le logiciel. Il y a éventuellement moyen d'exporter l'image en DICOM, en espérant pouvoir atteindre les coordonnées du contour vert et ensuite d'extraire ce qu'il y a dedans, mais grosso modo j'ai 3 semaines pour mener à bien ce projet, et j'ai peur de me lancer dans qq chose qui me dépasse.

En gros l'idée c'est :
- extraire ce qu'il y a dans le contour vert
- segmenter les pixels les plus intenses (correspondant à des signaux calciques) grâce à la méthode de Chan-Vese
- utiliser le masque obtenu pour appliquer un algorithme de croissance de région dans le masque sélectionné grâce au CV

Comme vous le constatez... je bloque déjà à cette étape

[Monparnal]

Bonjour à tous,

J'ai un peu prospecté à droite et à gauche, et pour l'instant je ne peux exporter mes images qu'en DICOM. Pas possible de les exporter en Lossless JPEG à priori.......

Vous pensez que c'est quand même jouable ? L'idée est de segmenter et de ne garder que ce qu'il y a à l'intérieur du cercle vert...Mais il est possible de ne pas se servir de la couleur pour segmenter (je ne sais pas si c'est techniquement réalisable ou non ?).

Merci de votre aide.

[Jerome Briot]

Voici un début de solution.

C'est très naïf et pas très robuste mais ça donne une idée de ce que l'on peut obtenir…

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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I = imread('Image1.jpg', 'jpg');
 
C = abs(I(:,:,2)-(I(:,:,1)))>20;
 
figure(1)
clf
subplot(221)
image(I)
axis image
subplot(222)
imagesc(C)
axis image
 
for i = 1:size(C,1)    
    idx = strfind(C(i,:), [0 1]);    
    if any(idx)
        for j = 1:numel(idx)-1           
            C(i,idx(j):idx(j+1)) = 1;            
        end
    end    
end
 
subplot(223)
imagesc(C)
axis image
 
subplot(224)
I = cat(3, I(:,:,1).*uint8(C),I(:,:,2).*uint8(C),I(:,:,3).*uint8(C));
image(I)
axis image

L'épaisseur du contour jaune vient de la compression JPEG.

Si tu veux te passer du contour vert sur l'image résultat, il suffit d'enregistrer la même image avec et sans le contour puis d'appliquer le masque binaire à l'image sans le contour vert.