Discussion :

[jack-ft]

Pourrais-tu relire tranquillement ta demande et la corriger (cliquer "modifier le message") en ajoutant les mots et la ponctuation qui manquent?
Merci d'avance.

[mido1951]

je n'ai pas trouvé le bouton "modifier le message"!!
je reprend mon message.

Mon problème est de faire plusieurs fois qsub.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 for i in $(seq 1 5)
do
qsub python_prog_submit.sh -F "f1_${i}.fasta f2.fa ftemp${i}.fasta ftemp${i}_2.fasta results${i}_s log${i}.txt ff_${i} file3.txt"
done

ici le serveur ne cannait pas la commande -F malgré que dans un autre serveur cette option a marché.
Sinon comment passer en parametres des arguments à un script avec la commande qsub.

merci pour votre aide

[jack-ft]

Mon problème est de faire plusieurs fois qsub.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 for i in $(seq 1 5)
do
qsub python_prog_submit.sh -F "f1_${i}.fasta f2.fa ftemp${i}.fasta ftemp${i}_2.fasta results${i}_s log${i}.txt ff_${i} file3.txt"
done

ici le serveur ne cannait pas la commande -F malgré que dans un autre serveur cette option a marché.

Euh... -F n'est pas une commande, mais une option.
Et j'ai un peu de mal à comprendre comment un serveur pourrait connaître ou ne pas connaître une option...

Sinon comment passer en parametres des arguments à un script avec la commande qsub.

Hum... Je ne connais pas qsub, mais, d'après le manuel, il semble qu'il attende un script sans argument.

Si c'est bien le cas, du coup, il faudrait peut-être envisager de faire quelque chose comme:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 for i in $(seq 1 5)
do
script=python_script_submit_$i.txt
echo "python_prog_submit.sh -F 'f1_${i}.fasta' 'f2.fa' 'ftemp${i}.fasta ftemp${i}_2.fasta results${i}_s log${i}.txt' 'ff_${i}' 'file3.txt'" > "${script}"
qsub "${script}"
done