comparaison de deux hash de tableaux

**abdou3058** · 25/11/2016, 06h36

bonjour;
desoler de vous de déranger encore mais j'ai un probleme avec cette boucle
j'ai fait une petite exemple pour simplifier
en faite j'ai deux hash de tableaux , j'essaie de tester si tous les élements d'un keys de mon tableau %hash se trouve tous dans une meme clé de mon %h et afficher avec quel keys voilà mon code actuellement mais y'a des erreurs dans la boucle que j'ai faite , je sais pas exatement en kel moment je déclare mon variable et en kel moment je récupere son contenu et en kel moment je remets le compteur à zéro , voilà mon code actuellement

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
use Data::Dumper;
 
my %h;
%h = (
     K1=> ["has","hsgz","hsgz"],
     K2=> ["dax","pip","pip","has",],
	 K3=> ["dax","hsa"],
	 K4=> ["dax"],
	 K5=> ["pip","pip","mas","mna","maa"],
 
	);
my %hash;
%hash = (
     clone1=> ["has","hsgz","hsgz"],
     clone2=> ["dax","mac" ],
	 clone3=> ["max","pip","nana","has",],
	 clone4=> ["dax","hsa"],
	 clone5=> ["pip","pip","chu","mna","mna"],
 
	);
print "$#{$hash{clone1}} \n";
my @liste ;
@liste=("has","hsgz",);
my @liste1=("has","hsgz",);
my @liste2=("has","hsgz","hsgz");
my @liste_controle;
foreach my $x(@liste1){
   foreach my $y(@liste2){
     if ($x=~m/$y/){push (@liste_controle,1);}
 
   }
}
my $long_liste1=$#liste1+1;
my $long_liste2=$#liste2+1; 
if ($long_liste2>=$long_liste1){print "reussi\n";}
else {print "non reussi\n";}
#if ($#@liste1=$#liste2){print "vrai reussi\n";}
#else {print "non reussi\n";}
my @clone_clade;
foreach my $f(keys(%hash)  ) {my $compteur_clone_clade=0;
 
   foreach my $x(@{$hash{$f}} ){
 
      foreach my $g(keys (%h) ){
	    my $compteur_element_clade=0;
        my $compteurXvsY=0;
 
         foreach my $y(@{$h{$g} } ){
 
             if ($x=~m/$y/){ $compteurXvsY=1 ; }else {$compteurXvsY=0 ;}
   }
 if($compteurXvsY==1)  {$compteur_element_clade=1;
                       $compteur_clone_clade+=$compteur_element_clade;}
 
 
 
 
}
my $p=$#{$hash{$f}}+1;
 if ($compteur_clone_clade==$p) {
 
 print "tous les especes de $f se trouve dans la meme clade   $compteur_clone_clade  $p          \n";}
 
 
 
 }
 
 }
 
 
<>;

merci d'avance bonne journée à tous

**Philou67430** · 25/11/2016, 10h03

Comment fais-tu la correspondance entre les clés de %h (Kn) et les clés de %hash (clonen) ?

**Lolo78** · 25/11/2016, 13h12

Bonjour,

c'est la même question, me semble-t-il, que celle que tu poses ici: http://www.developpez.net/forums/d16...d-fichier-txt/

Il vaut mieux éviter de poser la même questions à des endroits différents, ça tend à disperser les éventuelles réponses.

**Lolo78** · 25/11/2016, 14h26

S'il s'agit de trouver les éléments du second hash non présents dans le premier, tu peux essayer ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
use Data::Dumper;
 
my %h = (
     K1=> ["has","hsgz","hsgz"],
     K2=> ["dax","pip","pip","has",],
	 K3=> ["dax","hsa"],
	 K4=> ["dax"],
	 K5=> ["pip","pip","mas","mna","maa"],
 	);
my %hash = (
     clone1=> ["has","hsgz","hsgz"],
     clone2=> ["dax","mac" ],
	 clone3=> ["max","pip","nana","has",],
	 clone4=> ["dax","hsa"],
	 clone5=> ["pip","pip","chu","mna","mna"],
	);
 
my %items = map { $_ => 1 } map { @$h{$_} } keys %h;
 
# print Dumper \%items;
 
for my $key (%hash) {
    push @missing, grep { not exists $items{$_} } @{$hash{$key}}
}
print "@missing\n";

Ce qui donne:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
mac chu max nana

Si ton besoin est différent, explique de façon plus approfondie.

**abdou3058** · 25/11/2016, 21h02

bsr ,
non en faite je compare pas les clés mais je compare les élements de de chaque clé de mon premier tableaux avec les éléments qui se trouvent dans chaque clé de mon 2 eme tableau j'essaie d'avance mais les résultats qui me donnent sont encore erroné , ca détecte pas le premier élément

**Lolo78** · 25/11/2016, 21h07

Oui, mais comme tes clefs ne sont pas les mêmes, tu ne peux pas comparer les deux hachages.

Une solution consisterait à utiliser les éléments concaténés comme clefs d'un nouveau hachage, mais je n'ai pas le temps tout de suite, je reviendrai plus tard.

**abdou3058** · 25/11/2016, 21h24

bsr;
j'y suis presque arriver , c'est vraiment compliqué mais voilà le code

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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foreach my $z(keys %hash){
my $compteurT=0; 
my $compteurS;
my $delta=0;
 
foreach my $g(keys (%h) ){
my @t;
foreach my $x(@{$hash{$z} }  ){
 
 my $compteB =0;
 
 
 
 $compteurS=0;
 my  $B=0;
  foreach my $y(@{$h{$g}  }  ){if ($x eq $y){$B++;  }else {$B=0; } 
 
 
#print "$B\t";
if ($B>=1){$B=1;$compteB+=$B;  }
elsif($B==0){$B=0;$compteB+=$B;}}
 
 
if ($compteB>=1){$compteB=1;}
#print "$z:$x:=>$g    $compteB     \n";
 
push(@t, $compteB);
$compteB+=$compteB;
 
}
my $somm;
$somm=0;
foreach (@t){$somm+=$_;}
 
print "$z:$g:   $somm\n";
 
}
 
 
 
}
 
 
print "fin\n";	
<>;

et voilà les résultat en capture écran Nom : Cap.PNG
Affichages : 336
Taille : 21,3 Ko

j'ai pas encore fini parceque il faut que je compare le nombre de match avec la taille de keys clonne , si elles sont égaux c à d que tous les élements de la keys clone1 ont matché dans keys K1 par exp comme dans l'exemple clone1 et K1 tous les élements de clone un ont matché dans K1

si ya des erreurs dans mon code merci de me le dire SVP
bonne soirée à tous

**Lolo78** · 25/11/2016, 21h34

Voici une solution possible:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
use Data::Dumper;
 
my %h = (
     K1=> ["has","hsgz","hsgz"],
     K2=> ["dax","pip","pip","has",],
     K3=> ["dax","hsa"],
     K4=> ["dax"],
     K5=> ["pip","pip","mas","mna","maa"],
     );
my %hash = (
     clone1=> ["has","hsgz","hsgz"],
     clone2=> ["dax","mac" ],
     clone3=> ["max","pip","nana","has",],
     clone4=> ["dax","hsa"],
     clone5=> ["pip","pip","chu","mna","mna"],
    );
 
 
my %items;
for my $key (keys %h) {
    my @elements = sort @{$h{$key}};
    $items{"@elements"} = $key;
}
 
# print Dumper \%items;
 
for my $key (keys %hash) {
    my @elements = sort @{$hash{$key}};
    if (exists $items{"@elements"}) {
        print "Eléments identiques: $key et ", $items{"@elements"}, ": @elements \n";
    } else {
        print "Eléments différents: $key, @elements\n";
    }
}

Ce qui affiche:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Eléments différents: clone2, dax mac
Eléments identiques: clone1 et K1: has hsgz hsgz
Eléments identiques: clone4 et K3: dax hsa
Eléments différents: clone5, chu mna mna pip pip
Eléments différents: clone3, has max nana pip

**abdou3058** · 25/11/2016, 21h38

un truc dans le code est que j'ai rendu tous les elements qui match plus qu'une fois dans la meme keys comme si il a matché pour une fois si pour ca j'ai met if ($compte>=1){$compteB =1}
voilà le code final et les résultats de ce que je cherche

Code :

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foreach my $z(keys %hash){
my $compteurT=0; 
my $compteurS;
my $delta=0;
 
foreach my $g(keys (%h) ){
my @t;
foreach my $x(@{$hash{$z} }  ){
 
 my $compteB =0;
 
 
 
 $compteurS=0;
 my  $B=0;
  foreach my $y(@{$h{$g}  }  ){if ($x eq $y){$B++;  }else {$B=0; } 
 
 
#print "$B\t";
if ($B>=1){$B=1;$compteB+=$B;  }
elsif($B==0){$B=0;$compteB+=$B;}}
 
 
if ($compteB>=1){$compteB=1;}
#print "$z:$x:=>$g    $compteB     \n";
 
push(@t, $compteB);
$compteB+=$compteB;
 
}
my $somm;
$somm=0;
foreach (@t){$somm+=$_;}
my $taille_clone=$#{$hash{$z}}+1;
if ($somm==$taille_clone){print"tous les especes de $z sont dans  $g\n";  }
 
#print "$z:$g:  taille_clone:$taille_clone nombre de match:$somm\n";
 
}
 
 
 
}
 
 
print "fin\n";	
<>;

Nom : neu.PNG
Affichages : 368
Taille : 27,9 Ko

merci bcp;

**abdou3058** · 25/11/2016, 21h46

en faite c'est pas ce qui'est demandé , parceque eux ils cherchent de savoir si les esepeces dont ADN a été séquencé ; est ce que ces especes appartiennent à un meme groupe taxonomique pour répondre au final à une question ?? la biodeversité de cet écosysteme ou pas de diversités parceque tous les especes qu'on a séquencé leurs ADN sont de la meme clade ,

pour le code il me fallait créer une liste et stocker les matche de chaque clone puis de sommer les elements de la liste parceque j'ai pas trouvé de solution

l'important est qu'on a découvert que c'est possible

**abdou3058** · 26/11/2016, 00h49

mais encore un probleme avec un autre fichier , j'arrive pas à le lire comme il faut il me donne un message d'erreur le code est

Code :

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open($metabolit ,'<','pathways');
my @path;
my $comte_xeno;
 
 
while (my $line =<$metabolit>){chomp $line;push(@path,$line);}
####### PARTIE IV question 1 #######
my $compte_path=0;
my $compte_xeno=0;
  foreach (@path){
     if ($_=~m/(\[PATH:ko\d{5}\])/){$compte_path++;
#	 print "$1\n";
	 }
 
         }
      print "le nombre de voies metaboliques est :$compte_path\n";
my %table;
print "$metabolit\n";
 
my $facto;
foreach my $x(@path){
 
    if ($x=~m/(.*\[PATH:ko\d{5}\].*)/){$facto=$1;}
    else {push (@{$table{$facto}  },$x   );      } 
 
}
 
my @palm= keys (%table) ;
#print "@palm\n";	  
#print Dumper \%table;
my $com=0;
foreach my $x(keys %table){
     if ($x=~m/xenobiotics/i){$com++;}
	 foreach my $y(@{$table{$x}  }   ){
	   if ($y=~m/xenobiotics/i){$com++;}
 
	 }
 
 
}
print "le nombe de voies xenobiotics est $com\n";
print "fin\n";

Nom : erreur.PNG
Affichages : 392
Taille : 69,8 Ko

**Lolo78** · 26/11/2016, 09h59

Bonjour,
en prenant le soin de bien formater ton code, tu verrais sans doute mieux ce problème:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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foreach my $x(@path){
    if ($x=~m/(.*\[PATH:ko\d{5}\].*)/) {
        $facto=$1;
    } else {
        push (@{$table{$facto}  },$x   );     
    } 
}

La variable $facto n'est correctement définie que si la condition du if est satisfaite, mais tu n'utilises cette variable que dans le cas contraire (dans le else).

**abdou3058** · 27/11/2016, 01h22

bonsoir
oui mais ca marche encore pas le message d'erreur se presente à chaque fois mais c'est pas un gros probleme ca je trouvrerais une solution , j'ai un autre probleme en faite avec le dernier fichier du projet , voila quelque lignes

=K02946 small subunit ribosomal protein S10 ; ko03010
=K03784 purine-nucleoside phosphorylase [EC:2.4.2.1] ; ko00230 ko00240 ko00760
=K01497 GTP cyclohydrolase II [EC:3.5.4.25]; K02858 3,4-dihydroxy 2-butanone 4-phosphate synthase ; ko00740

j'ai enlevé le debut de la ligne et j'ai mets un signe = pour signaler un début de ligne , ce que j'essaie de faire est de quatifier tous ko\d{5} qui se trouve dans les lignes ou il ya KO\d{4} le probleme est que dés qu'il trouve un il s'arrete et recommence la recherche dans la ligne suivante par ex dans la 2 eme ligne ici il détecte que ko00760 mais pas les deux autres
voila le code que j'ai fait jusqu'au mnt

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my %ortho_metabo;
my $orthologue;
foreach my $x(@genes){
   if ($x=~m/(K0\d{4}).*(ko\d{5}).*/g){@{$ortho_metabo{$1}=$2};}
 
 
 
}
 
 
print Dimper \%ortho_metabo;

merci d'avance bonne soirée

**Lolo78** · 27/11/2016, 11h35

Bonjour,

ton problème est que le premier motif ".*" est "gourmand" (ou "avide"), c'est-à-dire qu'il cherche à reconnaître le plus possible de la chaîne tout en permettant la reconnaissance de la suite: dans ta deuxième ligne, il reconnaît " purine-nucleoside phosphorylase [EC:2.4.2.1] ; ko00230 ko00240 ", puisque cela permet à l'expression régulière de réussir.

Le première chose à faire serait d'utiliser un motif "frugal", en ajoutant un point d'interrogation après le quantificateur: ".*?".

Par exemple:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $x = "K03784 purine-nucleoside phosphorylase [EC:2.4.2.1] ; ko00230 ko00240 ko00760";
print $2 if $x =~ m/(K0\d{4}).*?(ko\d{5}).*/;

permet de récupérer le premier des "ko\d{5}", et non le dernier, parce que le motif frugal ".*?" cherche à reconnaître le moins possible permettant à l'expression régulière de réussir.

Si tu veux récupérer plusieurs groupes il faut ajouter des motifs et mettre le résultat dans un tableau. Par exemple, si ta ligne est dans la variable $_, tu peux essayer:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
my @c =  m/(K0\d{4}).*?(ko\d{5})\s(ko\d{5})?\s(ko\d{5})?/;

Le tableau @c contient maintenant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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0  'K03784'
1  'ko00230'
2  'ko00240'
3  'ko00760'

Sinon, tu peut aussi utiliser le modificateur "g" dans une boucle while.

Ou utiliser split (avec par exemple le motif " : ") pour récupérer la fin de la ligne, et un nouveau split pour récupérer chacun des groupes présents.

**abdou3058** · 27/11/2016, 21h30

bonsoir ;
merci beaucoup @lolo78
j'ai galeré toute la nuit d'hier et aujourhui , je crois que c'es bon mnt avec le while et l'option \g , parceque j'ai tous le temps essayer avec if et option du petit g \g ca na pas marché mais là ca détecte tous je crois merci bcp

bonne soirée

**Lolo78** · 27/11/2016, 22h55

Bonsoir,

un exemple sous le debugger Perl avec un while et le modificateur g:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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  DB<1> $x =  "K03784 purine-nucleoside phosphorylase [EC:2.4.2.1] ; ko00230 ko00240 ko00760";
 
  DB<2> print "$1\n" while $x =~ /(ko\d{5})/g;
ko00230
ko00240
ko00760

**abdou3058** · 28/11/2016, 04h02

bsr ;
oui franchement c'est impecable j'ai pas pensé qu'il ya une différence avec le while et le if , ca m'as donné des résultats parfaite , il me reste encore 3 questions dans le projet , et deux jours avant de le rendre , trés long
merci bcp pour l'aide que tu m'as apporté
bonne soirée à tous

**abdou3058** · 28/11/2016, 07h40

j'ai une petite qst par apport à une discussion qu'on a ouvert avant
pour l'exemple que tu m'as donné pour les couleur
my @couleurs = qw /
##bleus
ciel
marine
outremer
##rouges
cerise
brique
sang_de_boeuf
ecarlate
##jaune
d-or
serein /;
imaginons que je veux compter qu'à partir de la ligne ##rouges et s'arreter ##jaune cà d j'attend à une valeur de 4, t'as une idée comment j'arrete mon compteur exactement à un endroi précis et récupérer que la derniere valeur stp ??

**Lolo78** · 28/11/2016, 08h10

Quand tu lis une ligne commençant pas ##, tu récupères le libellé (par ex. rouge) avec une expression régulière et initialises un compteur à 0. Ensuite tu incrémentes le compteur pour chaque ligne sans ##.

Quand tu arrives à une nouvelle ligne avec ##, ton compteur a mesuré le nombre de valeurs (les sous-catégories de rouges, par exemple), tu t'en sers par exemple pour imprimer le nombre de rouges; ensuite tu récupères le nouveau libellé, réinitialise le compteur à 0, et ainsi de suite. Une fois la boucle de lecture finie, il faut encore afficher le dernier compteur.

**abdou3058** · 28/11/2016, 08h18

bjr , oui comme ca ca marche , mais si je veux compter que les sous categorie de rouge , ca me donne en faite tous la liste d'apres , dans l'exemple ca maffiche 6 par ex alors que j'attend 4

comparaison de deux hash de tableaux

Langage Perl

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