Discussion :

[Lou.lou]

Bonjour,

je souhaite lisser une courbe réalisée à partir de la fonction plotmeans de la library(gplots). Cette fonction permet de modéliser l'effet de la durée d'une variable explicative sur une variable expliquée. Mes variables se trouvent dans l'objet exp :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

plotmeans(exp$x~exp$année, gap=0, barcol="black", ylab="x", xlab="années")

Ça donne ce résultat sans lissage :

Merci.

[VonVelten]

Bonjour,

Ce n'est pas l'objectif de la fonction plotmeans() que de lisser les courbes (cf description de la fonction sur le CRAN : Plot group means and confidence intervals)

Si vous désirez lisser la courbe, je vous conseille de vous tourner vers geom_smooth de ggplot2. Le lissage me paraît par contre peu adapté avec si peu de valeurs en x, mais cela dépend de votre question.

Cordialement

VV

[Lou.lou]

Bonjour VonVelten,

merci pour le tuyau, cependant j'ai beau lire et relire le PDF du package ggplot2, je n'est pas très bien compris les arguments de la fonction geom_smooth pour générer mon plot. mon datafram est simple, j'ai une colonne "x" une colonne "année" contenu dans un data frame nommé "chrono", intuitivement j'ai écrit mon code comme suit

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

> geom_smooth(data=chrono, formula=x~année)

mais ça marche pas. peut-tu m'aider ?

a+

[VonVelten]

Je l'aurai plutôt écrit comme cela :

Code R :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

p<-ggplot(data=chrono)+geom_smooth(aes(x=année,y=x))

Attention cependant à que la variable année soit bien en numérique, cela ne marchera pas sinon.

[Lou.lou]

ça marche, je vais me casser un p'tit peu les méninges pour trouver comment rajouter les intervalles (écart-type) et enlever la bande grise qui suit l'allure de la ligne.
cependant voici un lien qui serra surement utiles à ceux qui débutent comme moi avec ggplot2.

http://http://bioinfo-fr.net/categorie/suivez-l-guide

encore merci.