NetBeans+GlassFish c'est a mon avis un bon choix pour apprendre JEE, c'est simple et il y a tout. Ensuite, avec tes besoins qui vont evoluer, peut-etre tu changeras plus tard si besoin.
Il y a pas vraiment de difference entre Eclipse et NetBeans. Les 2 ont a peu pres le meme lot de fonctionnalites pour l'instant. Il faut choisir celui qui te semble le plus efficace, mais garder un oeil sur ce que fait la concurrence car il arrive que certaines nouvelles features vaillent vraiment le coup de changer d'IDE (et pareil, une fois que tu as change d'IDE, garder un oeil sur l'ancien aussi au cas ou il reprend un avantage net pour ton use-case).
A propos de Tomcat vs GlassFish (ou autre serveur JEE), vois mon commentaire plus haut. A mon avis, il n'y a plus aucune bonne raison de demarrer un projet JEE avec Tomcat. Les seuls arguments qui tenaient la route (notamment les perfs) sont maintenant completement perimes. La raison pour laquelle Tomcat reste encore bien ancre, c'est surtout que pas mal de developpeurs ont l'habitude de l'utiliser et ont mis en places quelques routines d'habitues qui leur donnent l'impression d'etre plus performant (a tord ou a raison, ca depend des personnes ).
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